Visium HD 高分辨率空间转录组

10X Genomics 公司的 Visium HD 是一种高分辨率的空间转录组技术，空间分辨率可以达到2微米。

目前，这项技术可以检测人和小鼠的全转录组。

并且，这项技术既可检测新鲜样本，也可以检测FFPE石蜡切片样本。

实验原理

一张芯片上有两个样本位。

每个样本位，都是 6.5 * 6.5 mm 的放样本的面积。一个样本位是分成约 1100万个边长为 2 微米的小格子。

每个小格子上，都带有特定空间标签序列的DNA标签链。

探针对的设计：每一对探针，都针对一个mRNA上相邻的两个位置。

如果样本中有这个探针对的目标mRNA，那么这个探针对就会杂交到目标mRNA的相邻位置上。

接下来，会在依赖RNA模板的DNA连接酶的作用下，把相邻的两个探针连接成一条DNA链。

这里，用连接反应，来替代了逆转录反应。连接反应只需要有一小段目标mRNA的片段，就能作为模板，完成连接反应。这就绕开了石蜡样本中，mRNA降解成小片段的问题。

在连接反应完成之后，mRNA被用酶消化掉，对样本进行透化。

连接好的探针链，就会从样本中渗透出来。

当渗透出来的探针链遇到芯片上的标签链，探针链上的poly(A)就会和标签链上的poly(dT)互补杂交。

接下来，聚合酶会把探针链进行延长，并在探针链上加上标签链的序列。

加上了空间标签序列的探针链，被从芯片上洗脱下来，然后，经过PCR扩增，变成高通量测序文库。

文库上机测序，然后进行生物信息学分析。