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- 2025年11月19日
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10X Genomics 公司的 Visium HD 是一种高分辨率的空间转录组技术，空间分辨率可以达到2微米。
目前，这项技术可以检测人和小鼠的全转录组。
并且，这项技术既可检测新鲜样本，也可以检测FFPE石蜡切片样本。
实验原理
一张芯片上有两个样本位。
每个样本位，都是 6.5 * 6.5 mm 的放样本的面积。一个样本位是分成约 1100万个边长为 2 微米的小格子。
每个小格子上，都带有特定空间标签序列的DNA标签链。
探针对的设计：每一对探针，都针对一个mRNA上相邻的两个位置。
如果样本中有这个探针对的目标mRNA，那么这个探针对就会杂交到目标mRNA的相邻位置上。
接下来，会在依赖RNA模板的DNA连接酶的作用下，把相邻的两个探针连接成一条DNA链。
这里，用连接反应，来替代了逆转录反应。连接反应只需要有一小段目标mRNA的片段，就能作为模板，完成连接反应。这就绕开了石蜡样本中，mRNA降解成小片段的问题。
在连接反应完成之后，mRNA被用酶消化掉，对样本进行透化。
连接好的探针链，就会从样本中渗透出来。
当渗透出来的探针链遇到芯片上的标签链，探针链上的poly(A)就会和标签链上的poly(dT)互补杂交。
接下来，聚合酶会把探针链进行延长，并在探针链上加上标签链的序列。
加上了空间标签序列的探针链，被从芯片上洗脱下来，然后，经过PCR扩增，变成高通量测序文库。
文库上机测序，然后进行生物信息学分析。
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文献和实验10x Visium空间转录组测序针对FFPE样本的实验已经开展有一段时间了，今天小编就来总结一下整个实验的详细流程。 首先来一张实验流程导图： 10xVisium FFPE的实验流程 FFPE样本Visium空间转录组技术流程（图片引自10x官方） 一、取材 FFPE样本取材要求组织不要大于6.5mm*6.5mm，因为10x visum的每张切片的捕获区域只能容纳6.5*6.5的组织大小，≤6.5 x 6.5 mm的组织块可与Visium
2020年夏天，空间转录组技术（Visium）横空出世，空间转录组技术将组织学影像与RNA测序的高通量和发现能力相结合，对样本进行全转录组（WTA）分析，获得基因在空间位置上的表达信息，但初代Visium技术实验只能用冰冻组织样本，时隔一年该技术已经适用于石蜡包埋组织样本，今天咱就来唠唠，看着风很大的Visium FFPE 空间转录组到底是什么，和之前的Visium冰冻组织样本(以下称visium）区别在哪？ 什么是FFPE FFPE（石蜡包埋）样本是目前绝大多数科研人员和临床医生首选
正所谓“九层之台,起于垒土”，同样，要想拿到优秀的空间转录组实验结果，样本制备也是至关重要的！目前10x Genomics推出的Visium空间基因表达解决方案，支持新鲜/冷冻切片，优化升级后还可以支持FFPE样本，甚至结合免疫荧光染色。今天小编着重为大家介绍一下Visium 空间基因表达解决方案样本冰冻包埋的那些事儿！ Visium 空间基因表达解决方案支持的样本类型 目前，10x Genomics官网已经测试过的组织类型包括： 人类：心脏，肾脏（正常和肾炎），卵巢，乳腺
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