Visium 空间转录组学服务

细胞之间的关系以及它们在组织样本中的相对位置对于理解疾病病理学至关重要。逆耳公司提供基于10X Genomics公司空间转录组技术（spatial transcriptomics）的科研服务，让科学家能够测定组织样本中的所有基因活动，并定位该活动发生的位置。这项技术已经促成了一系列的新发现，这些成果正在帮助科学家更好地了解生物过程和疾病。

 

 

一、工作原理

 

空间捕获技术通过使用空间条形码mRNA结合寡核苷酸条形码来识别mRNA的原始空间位置。mRNA分子获得空间条形码有两种方法。

 

在新鲜冷冻组织中，组织被固定并透化以释放与相邻捕获探针结合的RNA，从而捕获基因表达信息。然后从捕获的RNA和测序文库合成cDNA。

 

在FFPE组织中，组织被透化以释放与玻片上相邻捕获探针结合的连接探针对，从而捕获基因表达信息。对蛋白质编码转录组中每个基因特异的成对探针与它们的基因靶标杂交，然后彼此连接。探针对被延长以包含空间条形码和准备测序的文库接头。

 

二、技术亮点

 

空间转录组学技术产生的数据可帮助科学家选择感兴趣的基因，并在原始的组织切片上显示其空间可辨的表达。由于捕获了所有mRNA，因此科学家不再受限于只查看单个基因，而能够以任意组合的形式选择任意数量的基因来一起查看和分析。

 

 

1、可视化控件

 

使用组织图像下的滑动条调整组织图像和基因表达数据的可视化和组合方式。不同颜色标记由差异表达基因识别的簇。

 

2、基因鉴定

 

通过将光标放在表格中基因名称的上方，组织图像中的点将根据该基因的表达进行着色。或者，通过将光标放在表中某个值的上方，就可以突出显示来自单个集群的点来观察特定基因的表达。

 

3、超越基因表达

将转录组和蛋白质组数据叠加到染色的图像上，以新的方式了解组织微环境。揭示新发现的细胞类型、细胞状态和生物标志物的空间排布。

 

4、整体解决方案

 

简化的工作流程与不同物种（人、小鼠、大鼠等）的多个样本类型兼容，能够实现在一天之内完成从组织切片到可测序文库的全过程。

 

5、标准工具

 

与实验室现有的组织分析方法和工具轻松整合。将免疫荧光染色与成像相结合，在空间背景下实现多组学鉴定。

 

6、简化的数据分析

 

通过Space Ranger分析软件来处理数据，并通过Loupe Browser可视化软件来交互式探索结果，您可以分析和了解基因和蛋白表达的异质性。