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北京百泰派克生物科技有限公司
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非靶向代谢组学的定义
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非靶向代谢组学的定义与研究进展
代谢组学作为系统生物学的重要分支,致力于全面研究生物体内所有小分子代谢物的动态变化规律。在这一领域中,非靶向代谢组学的定义可以理解为一种无偏向性的全局分析策略,它不预设目标化合物,而是通过高通量分析技术对生物样本中尽可能多的代谢物进行系统性检测和鉴定。这种研究范式与靶向代谢组学形成鲜明对比,后者仅针对已知的特定代谢物进行分析。非靶向代谢组学的定义核心在于其探索性和发现性特征,这使得研究人员能够在无先验假设的条件下揭示生物系统中潜在的代谢标志物和通路变化。
从技术实现层面来看,非靶向代谢组学的定义涵盖了多种先进分析平台的整合应用。质谱技术(包括液相色谱-质谱联用LC-MS和气相色谱-质谱联用GC-MS)与核磁共振波谱(NMR)构成了当前非靶向代谢组学研究的主要技术支柱。这些技术平台能够检测到浓度跨度达6-8个数量级的代谢物,从高丰度的初级代谢产物到低丰度的次级代谢物均可覆盖。具体费用需要根据实验需求和样品情况来确定,但技术选择主要取决于研究目标和代谢物的理化性质。LC-MS因其高灵敏度和广泛的代谢物覆盖范围,已成为非靶向代谢组学定义实践中zuì常用的分析工具,特别适合于极性代谢物的检测;而GC-MS则在挥发性化合物和经衍生化处理的代谢物分析中展现出dútè优势。
非靶向代谢组学的定义还体现在其数据分析流程的复杂性上。原始数据经过预处理后,通常需要进行多变量统计分析(如主成分分析PCA、偏zuì小二乘判别分析PLS-DA)来识别组间差异代谢物。随着计算代谢组学的发展,非靶向代谢组学的定义已扩展到包含代谢通路分析和网络构建等系统生物学方法。值得注意的是,代谢物鉴定始终是非靶向代谢组学研究中的关键挑战,研究者需要结合jīngquè质量数、二级质谱碎片、保留时间和标准品比对等多维信息来实现可靠的代谢物注释。近年来,离子淌度质谱的引入进一步提升了非靶向代谢组学定义框架下的代谢物分离和鉴定能力。
在应用价值方面,非靶向代谢组学的定义决定了其在新生物标志物发现、疾病机制阐明和药物作用靶点鉴定等领域的重要地位。例如,在肿瘤代谢重编程研究中,非靶向代谢组学方法已成功揭示了多种癌症特异的代谢异常;在植物科学领域,该技术被广泛应用于次生代谢产物研究和逆境响应机制解析。随着代谢物数据库的不断完善和人工智能算法的引入,非靶向代谢组学的定义边界正在不断扩展,其解决复杂生物学问题的能力也在持续增强。
常见问题:
Q1. 非靶向代谢组学研究中如何解决代谢物鉴定率低的问题?
A:提高鉴定率需要多策略并行:采用互补的分析平台(如LC-MS和GC-MS联用)扩大代谢物覆盖范围;利用离子淌度技术增加分离维度;建立实验室自建数据库补充公共数据库;开发基于机器学习的预测算法辅助注释;必要时进行标准品验证。zuìxīn发展的代谢物网络推理方法也能通过代谢相关性提高未知峰的注释可靠性。
Q2. 非靶向代谢组学数据如何有效区分真正的生物学差异与技术变异?
A:关键在于严格的质量控制体系:插入QC样本监控仪器稳定性;应用批次校正算法消除系统误差;采用适当的数据归一化方法(如PQN);通过实验设计确保足够的生物学重复;使用混合样本作为技术重复评估重现性。统计上可采用CV过滤和方差分析来区分技术变异与生物变异。
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。 与核磁共振等技术相比,色谱/质谱联用技术具有灵敏度高、选择性好、动态范围宽、信息丰富等优点,已成为代谢组学研究的主流技术平台。具体应用而言,对于非靶向分析:色谱与高分辨质谱的联用必不可少;而对于靶向分析:基于多反应监测模式的三重四极杆质谱被认为是质谱定量的 “金标准”,也是靶向分析使用较多的方法;综合了两种技术优势的拟靶向代谢组技术是代谢组研究的新方向(图 3)。 图 3 | 拟靶向代谢组学的建立【2】(Zheng F.J. et al., Nature Protocols, 2020
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