Small RNA是一类高度保守的长度在18-30 nt的具有调节功能的内源性非蛋白质编码RNA分子,主要包括:miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等,主要位于基因间和内含子区域。Small RNA几乎存在于所有的生物体内,通过与靶mRNA的特异结合导致靶mRNA降解或者翻译受抑制,最终调控基因的表达,对生物个体发育、代谢及疾病的发生等起着重要的影响。
主要生物信息分析内容:
① 序列去杂,测序质量评估;
② 小RNA长度分布;
③ Small RNA的分类注释;
④ 鉴定已知的miRNA,预测新的miRNA和miRNA前体;
⑤ miRNA表达量分析与表达差异分析(表达差异需2个以上样品);
⑥ miRNA的靶基因预测,预测miRNA在生长发育过程中的作用;
⑦ miRNA的靶基因GO,KEGG分析;
⑧ miRNA与物种转录组数据联合分析(定制化);
⑨ miRNA靶基因与降解组联合研究(定制化)。