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基因组DNA甲基化测序分析
广州瑞科基因科技有限公司
1 ml at 1 mg/ml
甲基化通常发生在胞嘧啶的C5 位,形成5- 甲基胞嘧啶(5mC),甲基化的胞嘧啶多位于CpG 岛上。 DNA 甲基化对生命活动非常重要,是基因调控的手段之一(可通过对位于启动子及第一外显子区的 CpG 岛的甲基化而抑制基因的表达),DNA 甲基化在维持细胞正常功能、传递基因组印记,胚胎发育、肿瘤发生等方面发挥重要作用,目前已经成为表观遗传学和表观基因组学的研究热点。
Bisulfite-Seq测序原理:利用Bisulfite(亚硫酸盐)对基因组DNA进行处理,所有未发生甲基化的胞嘧啶(C被转化成尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶C则不变。基因组DNA经Bisulfite处理后,设计相应引物扩增目的片段,此时尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶,对PCR产物进行测序,再与原始基因组序列进行信息比较分析,能够将基因组中未甲基化的C碱基与甲基化的C碱基完全区分开来。Bisulfite-Seq可在全基因组水平上最大限度的获取完整甲基化信息,精确绘制全基因组甲基化图谱。
应用领域:全基因组DNA甲基化图谱制作;疾病关联分析;基因调控分析等。
基因组甲基化测序数据主要分析内容:
① 测序数据基础分析与评估;
② 测序序列与参考序列的比对;
③ C碱基有效测序深度和不同reads测序深度下的基因组覆盖度;
④ 基因组甲基化水平分析:C碱基的甲基化水平,CG、CHG与CHH的比例;
⑤ 甲基化区域序列特征分析;
⑥ 不同样品甲基化差异分析,差异甲基化区域(DMR)分析;
⑦ 甲基化与基因表达相关性;
⑧ 全基因组DNA 甲基化图谱。
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