
基于分子对接的虚拟筛选
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- 小分子药物筛选:基于分子对接,对海量的小分子进行个性化的虚拟筛选,提高先导化合物的命中率。
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- 2025年10月09日
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- 提供商:
中科圣安
- 服务名称:
小分子药物筛选、分子对接
- 规格:
5500
分子对接是一种基于靶标蛋白三维结构的药物筛选方式。通过小分子化合物与靶标进行分子对接,综合分析得分及空间构象情况,包括静电作用、氢键作用、疏水作用、范德华作用等性质,可以探索配体小分子与受体生物大分子具体作用方式和结合构型,解释化合物产生活性的原因,为合理地优化化合物结构提供指导;通过结合亲合性打分函数,小分子化合物与靶蛋白的结合能力可以定量地得到评价,为候选化合物的挑选捉供依据,筛选潜在活性化合物,为实验提供参考。基于分子对接的小分子化合物的虚拟筛选是目前较有潜力的药物开发工具,由于分子对接过程对化合物结构并没有限制,基于分子对接的虚拟选完全有可能获得结构新颖的先导化合物。可以有效的节约时间和费用,这对于发展创新药物无疑起到积极的推动作用
适用范围
分子对接:运用AutoDock Vina进行蛋白-小分子、蛋白-蛋白的分子对接,综合分析空间构象。
小分子药物筛选:基于分子对接,对海量的小分子进行个性化的虚拟筛选,提高先导化合物的命中率。
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文献和实验今天我们就用一个号称精度高,对接速度快的软件 AutoDock Vina 做一个案例讲解。这图表示用 AutoDock4 对接的话,有 50% 的概率是比较准的,还有 50% 的概率不太准。而用 AutoDock Vina 对接的话,比较准(衡量的标准是 RMSD我们还是以之前教程中的 3uf0 为例,来看看 vina 的准确性如何,同时如何提高对接的准确性。首先来看看 3uf0 模型中真实的结合方式是怎样的,见下图:好了,我们开始用 Vina 做对接了。用到两个程序:vina.exe
分子对接(Molecular Docking)是药物设计、蛋白质工程、生命科学领域最常用的计算技术之一。但你真的看懂对接结果图了吗?有些做完对接为什么还要跑分子动力学(MD)?本文将基于典型科研案例,逐图拆解分子对接的“看图要点”与“技术边界”,帮助你从入门到进阶。 一、什么是分子对接?—— 电脑模拟的“锁与钥匙” 分子对接是一种基于计算机模拟的理论方法,旨在预测两个或多个分子(如小分子配体与蛋白质受体)之间的结合模式和亲和力。 用一个经典的比喻来理解: ●生物大分
埃博拉病毒(EBOV)复制周期中的关键步骤会涉及到病毒糖蛋白 2(GP2)的构象改变,从而促进宿主 - 病毒膜融合,释放病毒基因组的过程。这个蛋白的作用和 HIV 的 GP41 的作用机制类似。这篇文章针对 EBOV 的 GP2 蛋白为靶点进行虚拟筛选,所选用的分子库包含大约 170 万个分子,使用传统的 DOCK 软件进行对接,从排名前列的化合物中,选出 165 种购买并进行生物活性检测,发现了 4 个良好的候选化合物,其 IC50 在 3 - 26uM 之间。在随后的分子动力学模拟中,发现
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