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- 2025年07月14日
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10X Visium
以55 μm的spot点进行基因信息捕获。不同spot点间距的组织基因信息无法有效获取。同时，Spot点内部可能存在多个细胞混合信息，即使后期与单细胞转录组联合分析，也是通过映射/反卷积算法进行，准确度可能受限。
10X Visium HD
Visium HD能够捕获的组织区域无gap，这更接近真实的组织信息，可能会在后续分析中，探索和发现更多的细胞类群，更加精确的区分细胞的多样性和样本状态。
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文献和实验Nat Methods 2020 年度技术方法：空间转录组到底是什么，怎么做，怎么用
方法。一种是可以用显微镜通过原位测序或多重荧光原位杂交技术测得；另一种方法是在测序的时候，以一种保留空间信息的方式捕获 mRNA。目前，两种方法在目标覆盖范围、空间分辨率和通量方面往往是互补的。选择哪种方法，必须依据相应的生物学问题。 在 Nature Methods 的报道中，作者汇总了目前已有的和未来会推广应用的多种空间转录组技术方法。其中，大篇幅介绍了 10x Genomics 空间转录组技术的前世今生以及未来的发展方向。早在 2018 年，10x Genomics 公司就收购了位于瑞典斯德哥尔摩
10x Visium空间转录组测序针对FFPE样本的实验已经开展有一段时间了，今天小编就来总结一下整个实验的详细流程。 首先来一张实验流程导图： 10xVisium FFPE的实验流程 FFPE样本Visium空间转录组技术流程（图片引自10x官方） 一、取材 FFPE样本取材要求组织不要大于6.5mm*6.5mm，因为10x visum的每张切片的捕获区域只能容纳6.5*6.5的组织大小，≤6.5 x 6.5 mm的组织块可与Visium
随着对细胞生理研究的不断深入，从整体水平分析一个细胞群体内的基因表达已无法满足科研需求，科学家们开始关注单细胞研究。10x Genomics 单细胞 3’端转录组测序及单细胞 V(D)J 测序，利用其微流控芯片技术，能让研究者从一个细胞群体中获得高质量的单细胞表达情况，帮助研究者们更准确的解析单个细胞的行为。10x 单细胞转录组细胞异质性（heterogeneity）：同一类型细胞中可以存在很多不同的基因型或者亚型的细胞，因此同一种类型细胞在不同的个体甚至同一个体中存在分子生物学、表型、功能
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