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基因组学之外显子组测序

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    基因组研究包括两方面的内容:以全基因组测序为目标的结构基因组学(structural genomics)和以基因功能鉴定为目标的功能基因组学(functional genomics),又被称为后基因组(postgenome)研究,是系统生物学的重要方法。

    在医学领域,基因组学能为一些疾病提供新的诊断、治疗方法,有助于医生获得更多的治疗信息并进行个性化医疗。在食品、农业、环境等研究领域,基因组学的应用也十分广泛。基因组学的主要工具和方法包括生物信息学,遗传分析,基因表达测量和基因功能鉴定。

     

    一、外显子组测序:

    外显子组测序(Whole Exome Sequencing,WES)是利用探针杂交富集外显子区域的DNA序列,通过高通量测序,发现与蛋白质功能变异相关遗传突变的技术手段。相比于全基因组测序,外显子组测序更高深度、更经济高效。

     

    二、技术优势:

    1、直接对蛋白编码序列进行测序,找出影响蛋白结构的变异;

    2、高深度测序,可发现常见变异、低频变异及罕见变异;

    3、外显子区段大小约为全基因组的1%,有效降低费用及周期。

     

    三、实验路线:

    (1)材料选取;

    (2)DNA样品≥0.6ug;

    (3)文库构建180-280bp;

    (4)PE150测序;

    (5)生物信息学分析。

     

    四、生物信息学分析:

    图片

     

    五、应用领域:

    识别和研究与疾病相关的编码区的基因组变异、排除无害突变及解释变异信息之间的关联和致病机理。

     

    六、样品要求:

    样品类型

    样品量

    DNA(提取自新鲜及冻存样本)

    ≥0.6 ug

    DNA(提取自FFPE样本)

    ≥1 ug

    图片

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