SNP检测服务

SNP，即单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。与其它分子标记相比，SNP 分辨率最高也最为丰富，覆盖基因组范围大，遗传上比较稳定。

在人类基因组中，估计平均每1,000 个碱基对就有1 个SNP，估计其总数可达300 万个甚至更多，是继微卫星之后的第三代遗传标记。SNP 分布不均匀，在非转录序列中要多于转录序列，绝大多数位于蛋白的非编码区。通常情况下是一种二等位基因的变异，多为转换，即一种嘧啶碱基换为另一种嘧啶碱基，或一种嘌呤碱基换为另一种嘌呤碱基，转换与颠换之比为2:1。SNP 在CG 序列上出现最为频繁，而且多是C→T，因为CG 中C 即胞嘧啶常被甲基化，自发脱氨后即变为胸腺嘧啶。

SNP 技术服务平台：测序分型、Taqman 探针分型、Multiplex SNaPshot 分型、飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）分型、LDR（高温连接酶法）分型、HRM（高分辨率熔解曲线）分型等技术平台。科沿有道技术平台涵盖了从低通量、中等通量到高通量的完整SNP 分型平台，能满足不同规模项目的需求，为您量身打造个性化的服务。

★ 服务内容：

1、测序法

在所有SNP的检测方法中，对欲检测片段进行直接扩增、测序是最为准确的方法。通常情况下，纯合型SNP位点的测序峰为单一峰型，而杂合型SNP位点的测序峰为套峰，因而很容易将其区分开来，并且检出率接近100%。

2、探针法

针对SNP位点设计1对PCR引物和1条TaqMan探针（该探针的5’端和3’端分别标记报告荧光基团和淬灭荧光基团)，进行实时荧光PCR。当溶液中有PCR产物时，该探针与模板退火，产生适合于核酸外切酶活性的底物，从而将探针5’端的荧光基团切割下来，破坏两荧光分子间的PRET，发出荧光，最终达到检测SNP位点的目的 。

3、SNaPshot法

该技术基于荧光标记单碱基延伸原理，主要针对中等通量的SNP分型检测。在一个含有测序酶，四种荧光标记ddNTP，紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪电泳后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本的SNP位点。通常用于5-30个SNP位点分析。

 

★ 需要提供的信息：

1.新鲜的动植物材料，请您采样后-20℃或-70℃保存。

2.基因组DNA，浓度大于10 ng/ul，总量大于5 ug。

3.目的基因名称及外显子序列。

 

★ 服务周期：

20个工作日。

只针对除特殊样品（目的序列长度低，核酸含量少或目的序列较长的样本等）或大量样品外的正常实验样品。

 

★ 结果内容：

提供合成引物信息，测序结果，外显子序列及完整的实验分析报告等信息。

 

★ 实验须知：

1.由于样品的个体差异，我们不能保证获取的基因与参考序列的碱基完全一致。

2.DNA序列中，有时会有G、A、C、T的连续结构、G/C rich等复杂的立体结构出现，此部分有可能无法测序或出现套峰。因此，我们不保证所有测序反应都获得较好的测序结果。