亚细胞空间 |Xenium 原位分析

在生物学研究中，几乎一切都与结构有关，甚至可以说，功能也是结构的产物。因此，以亚细胞分辨率在空间原位进行多组学分析，对于生物学科学研究而言重要性不言而喻。Xenium 原位技术平台可帮助用户实现亚细胞分辨率的靶向基因和蛋白表达原位分析。该平台可以将单分子 RNA 和蛋白检测的功能与强大的光学元件、数据采集和精确解码技术相结合，能够以亚细胞分辨率在整张切片上快速检测大量靶点的组织原位表达水平。可以兼容多种样品类型，包括新鲜冷冻（FF）组织和福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织。

1.  新鲜样本：需要 OCT 包埋，干冰法或者异戊 烷法皆可。

2.  石蜡样本：需要送石蜡块。（与空转 V2 版本不同，Xenium 样本只能贴在正式芯片上实验，而非贴在白片上进行转片，所以不能直送切片。）

3.  可贴片区域：10mm*22mm（大框区域 12*24mm，边上“+”定位点不能被切片覆盖）。

4.  可多样本拼片（但同一芯片选择的 panel 必须相同）。

 

Xenium 原位技术  Panel 列表

1. 人乳腺癌 panel：280 genes，可再定制 100 genes；

2. 小鼠脑 panel：248 genes，可再定制 100 genes；

3. 目前人和小鼠都有泛组织的 panel；

4. 后续我司也会预定制 panel：肿瘤、免疫、神经方向等。

 

1. Xenium 的实验流程主要分四部分：组织切片、探针杂交与扩增、上机测试、数据分析；

2.  从组织切片到数据下机所需时间为：6- 8 天（依样本贴片大小而增减上机时间，样本覆盖面越大，上机时间越长）。

 

Xenium 原位技术 - 下机数据

1.  网页质控：基础信息、提示警告或者错误信息；

2.  拟合的 DAPI 图像：OME-TIFF（格式）；

3.  细胞切割和边界信息：细胞核和细胞边界坐标；

4.  亚细胞分辨率转录本定位（基因表达）信息：转录本定位和细胞分配信息；

5.  细胞 - 分析物表达矩阵：HDF5  和  MTX（后续可以直接进行分析）；

6.  后续分析：包含表达水平，细胞定位、分型，聚类，降维分析和差异表达。

 

1.  疾病组织异质性的量化评价；

2.  组织微环境免疫细胞组学深度分析；

3.  伴随诊断组织空间标志物的筛选；

4.  药物创新靶点的发现和药物辅助开发。

 

Xenium 原位技术多组学联合

1. Xenium 独立分析：探究关注基因集（panel）的空间表达特征，解析复杂组织中细胞组成及细胞间的互作，研究特定生理病理结构区域下的基因表达信息。推荐肿瘤、免疫、神经（神经性疾病、或者做感知、认知方向）等研究领域的客户；

2. Xenium+ 单细胞联合分析：解锁各个细胞群的空间位置信息，更高灵敏度及特异性地挖掘细胞间互作及分子调控机制，对关注基因的表达及目标细胞群（如新鉴定到的细胞亚群）进行亚细胞定位研究；

3. Xenium 原位杂交 + 空转：解析亚细胞水平时空基因组学；

4.  单细胞 + 空转 +Xenium 原位杂交：对多细胞类型近距离共存区域的细胞类型进行精确定位。

 ▲在关注非典型导管增生区域（多细胞类型近距离共存区域）时可以清晰的定位八种细胞类型