SMART | 单细胞 RNA 测序

SMART-seq

2012 年，由美国和瑞典的科学家共同开发了称为 Smart-Seq（Switching mechanism at 5’end of the RNA transcript）的技术 ^[1]。在 2013 年，Nature Methods 杂志上报告了新的方案，被称为 Smart-Seq2^[2]，随后在 2014 年他们有公布了详细的操作流程 ^[3]。获取单细胞并裂解细胞后，含有 oligo-dT 的引物与 mRNA 的 poly- A 结合，逆转录酶 MMLV 进行逆转录，逆转录酶到达 mRNA 5’末端时，MMLV 的末端转移酶活性会在一链 cDNA 的 3'末端增加额外的胞嘧啶，这时 TSO 引物 3' 末端的 rGrG+ G 结合到首链末端的胞嘧啶，然后以首链 cDNA 为模版进行延伸合成互补的第二链，全长 cDNA 经过 PCR 扩增后进一步进行测序文库的构建。

                                           

▲SMART-seq2 技术原理

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1、起始量低：1 个细胞起始，适用于难以满足 10X Genomics 等平台起始细胞量要求的样本。

2、覆盖度高： 测序覆盖 cDNA 的全长序列，每个细胞能够获得上万个基因的表达。

3、信息个性化： 除了获得基因表达信息，数据能够用于可变剪接，cSNP 等分析，以及带 poly- A 结构的 lncRNA 研究。

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文库结构

图 SMART-seq2 文库示意图

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建议测序深度及参数

指标	参数
测序深度	6Gb/cell
测序类型	PE150

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1、类型：新鲜组织，原代细胞，细胞系等。

2、来源：血液提取、磁珠富集、流式富集、组织解离等。

3、样本量：单个细胞（或微量细胞）。

4、保存运输：细胞放入 SMART-seq 试剂盒指定的裂解液中，-80°C 保存，干冰运输。