靶向甲基化测序TBS Panel

技术简介

除了全基因组甲基化测序技术等研究手段，对于目标基因/CpG 位点甲基化检测，需要灵活的靶向甲基化测序方案。 基于亚硫酸盐多重 PCR 捕获核心技术和NGS 高深度测序的目标区域甲 基化测序 Targeted Bisulfite Sequencing, 满足几个到上百个基因/CpG 位点的检测, 具有高准确性、高通量、低成本、快周期的优势；广泛用于临床样本多位点的甲基化 Biomarker 筛选、验证及临床转化应用。

技术优势

艾斯基因优势 专业优势 艾斯基因研发团队突破甲基化多重 PCR 技术及引物批量设计难题，全面推Acegen Targeted Methy*Panel 定制服务，让靶向甲基化测序变得简单！ 项目经验丰富 每年服务100+海外和国内企业及200+高校和医院等客户，能为客户提供更多的个性化服务和解决思路。同时能保障高效周期，30天内极速交付。 高分文章支撑 专注表观组学15年，在Nature Communications、Genome Biology、Cell Research、等国际期刊上累计发表50余篇论文。 专业的服务团队 艾斯基因有专业的技术与生信分析团队，项目配备一对一专项解答，确保项目圆满结题。 可选干冰邮寄或上门取样服务 在北京 、上海 、广州 、深圳均可上门取样。其余地区提供免费的干冰寄样服务。
 

样本类型和送样要求

 数据信息分析 

技术指标

Acegen Targeted Methy* Panel 具有技术重复性好、样本输入量低、抗背景干扰等领先的技术优势；满足更多常规科研及临床特殊样本，例如肺泡灌洗液、粪便、尿液等样本甲基化检测；如下图所示：

 

案例分析

案例一

DNA 甲基化异常用于甲状腺结节诊断

研究方案：恶性结节和良性结节常常难以诊断，本课题通过 RRBS 检测 109 个甲状腺组织的 DNA 甲基化，发现癌旁、良性结节和癌组织之间存在显著差异，并在 65 个甲状腺结节的回顾性队列样本中得到验证。 研究结果：这些组织特异性 DMR 与活性增强子和癌症相关基因密切相关，表明 DNA 甲基化为甲状腺结节提供准确的诊断。并开发及验证了基于靶向甲基化测序 TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 用于甲基化多位点甲状腺结节诊断的转化应用方案的重要价值。

图1.邻近甲状腺组织、良性和恶性结节的DNA甲基化差异聚类

图 2、靶向甲基化测序 TBS 用于甲基化多位点甲状腺结节诊断

案例二： 血清游离 DNA 甲基化 biomarker 用于乳腺癌转移早期筛查 研究方案：本课题通过RRBS 检测了 31 个样本，其中癌组织(n=8)和白细胞(n=23)的 DNA 甲基化，筛选出 18 个癌症特异的 DMR, 进一步通过 TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 在两个样本库(>1000 例)的血浆cfDNA 中验证，找到血清EFC#93 用于早期识别弥散性乳腺癌的biomarker.

图1.课题设计方案

图 2、英国 CTOCS 血清试验女性样本中 EFC#93 甲基化频率

案例三 循环肿瘤 DNA 甲基化 biomarker 用于肝癌诊断和预后 研究方案：本课题通过 TCGA 数据库筛选 401 个甲基化 Biomarker, 在 1933 例血浆中进行基于靶向亚硫酸盐测序(Targeted Bisulfite Sequncing, TBS) ，通过与临床样本信息进行关联分析，最终筛选了10 个 HCC 诊断和8 个 HCC 预后预测的甲基化 Biomarker.

图1. 课题方案设计

图 2、cfDNA 甲基化 biomarker 用于 HCC 诊断

案例四： 乳腺癌中 48 个基因甲基化普研究 研究方案：PubMed 文献检索与癌症相关的 48 个基因，180 例乳腺癌患者配对的癌和癌旁组织样本库中， 通过 TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 检测这 48 个基因启动子甲基化，筛选出 13 个基因(CST6、DBC1、EGFR、GREM1、GSTP1、IGFBP3、PDGFRB、PPM1E、SFRP1、SFRP2、Sox17、TNFRSF10D 和 WRN)为标志物，构建乳腺癌高效率的癌症预测模型。

图1.Boxplot 展示在 4 个乳腺癌亚型中 PTGS2 和 RUNX3 基因甲基化水平图

2. 基于 48 个基因启动子甲基化水平的癌和癌旁聚类