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文献和实验基于MS强度或计数的数据依赖法非标记定量蛋白质组学的蛋白质互作分析（一）
本期要介绍到的是基于MS强度或计数的数据依赖法非标记定量蛋白质组学的蛋白质互作分析。 在试验中使用不同的同位素标记（某些情况下等压标记）是一种行之有效的肽和蛋白质定量方法。通常，分析之前，标记样品和未标记样品是混合在一起的，这时可以通过测量相应的峰值强度来直接确定化合物比率。标记大致可以分成这些共价附着在肽上的标记，包括同位素编码的亲和标签、ICAT或iTRAQ、通过酶反应合成（例如通过胰蛋白酶合成18O）或通过代谢合成（例如在细胞培养中用氨基酸标记稳定同位素）、SILAC等。在蛋白质互作
非标记定量蛋白质组学 (Label Free)近年来成为重要的质谱定量方法，按照其原理进行分类，可以分为两类。Spectrum counts类的非标记定量方法，发展比较早，也形成了多种算法进行定量，但是主要的原理都是根据MS2的鉴定结果作为定量的基础，各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量方法的原理是以MS1为基础，计算每个肽段信号在LCMS质谱上的积分，目前Label Free主要的数据分析方法是利用Maxquant软件，根据一级质谱相关的肽段峰强度、峰面积、液相
相关专题 技术起源&发展：iTRAQ (isobaric tags for relative and absolute quantitation)技术是由美国应用生物系统公司ABI 研发的一种多肽体外标记技术。该技术采用4种或8种同位素编码的标签，通过特异性标记肽的氨基基团，尔后进行串联质谱分析，可同时比较4种或8种不同样品中蛋白质的相对含量或绝对含量。北京华大蛋白质研发中心有限公司Beijing Protein
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