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南京瑞源生物
数字化模拟文库
▼ 技术简介
南京瑞源生物开发了多个涵盖不同物种转录因子(TF)的数字化模拟文库,适用于数字化筛选技术。
数字化筛库是一种利用计算机进行高通量文库筛选的方法,可以快速、高效、全面地发现与特定蛋白互作的基因。
▼ 文库物种
常见植物转录因子数字文库
物种 |
拉丁名 |
TF数量 |
大豆 |
glycine max |
6150 |
大麦 |
Hordeum vulgare |
2620 |
番茄 |
Solanum lycopersicum |
1845 |
马铃薯 |
Solanum tuberosum |
2405 |
毛果杨 |
Populus trichocarpa |
4224 |
陆地棉 |
Gossypium hirsutum |
5022 |
木薯 |
Manihot esculenta |
2676 |
苹果 |
Malus domestica |
3119 |
小麦 |
Triticum aestivum |
3606 |
玉米 |
Zea mays |
3308 |
油菜 |
Brassica napus |
5985 |
甜瓜 |
Cucumis melo |
1537 |
草莓 |
Fragaria x ananassa |
1247 |
桃 |
Prunus persica |
2780 |
猕猴桃 |
Actinidia chinensis |
2296 |
花生 |
Arachis hypogaea |
799 |
甘蓝 | Brassica oleracea |
4272 |
白菜 |
Brassica rapa |
4127 |
模式生物全基因数字文库
物种 |
拉丁名 |
全基因 |
拟南芥 |
Arabidopsis thaliana |
27434 |
大豆 |
Glycine max |
55799 |
水稻 |
Oryza sativa |
43649 |
玉米 |
Zea mays |
39299 |
人 |
Homo sapiens |
23391 |
黑腹果蝇 |
Drosophila melanogaster |
13458 |
小鼠 |
Mus musculus |
21615 |
大鼠 |
Rattus norvegicus |
21270 |
斑马鱼 |
Danio rerio |
24664 |
秀丽隐杆线虫 |
Caenorhabditis elegans |
19694 |
酿酒酵母 |
Saccharomyces cerevisiae |
6039 |
裂殖酵母 |
Schizosaccharomyces pombe |
5128 |
白色念珠菌 |
Candida albicans |
5974 |
詹氏甲烷球菌 |
Methanocaldococcus jannaschii |
1773 |
大肠杆菌 |
Escherichia coli |
4363 |
盘基网柄菌 |
Dictyostelium discoideum |
12622 |
疾病相关病原菌全基因数字文库
物种 |
拉丁名 |
全基因 |
荚膜组织胞浆菌 |
Ajellomyces capsulatus |
9199 |
马来丝虫 |
Brugia malayi |
8743 |
空肠弯曲杆菌 |
Campylobacter jejuni |
1620 |
卡氏棒虫 |
Cladophialophora carrionii |
11170 |
麦地那龙线虫 |
Dracunculus medinensis |
10834 |
肠球菌 |
Enterococcus faecium |
2823 |
佩德罗索氏产色芽生菌 |
Fonsecaea pedrosoi |
12509 |
流感嗜血杆菌 |
Haemophilus influenzae |
1662 |
幽门螺杆菌 |
Helicobacter pylori |
1538 |
肺炎克雷伯氏菌 |
Klebsiella pneumoniae |
5727 |
婴儿利什曼原虫 |
Leishmania infantum |
7924 |
足马杜拉分枝菌 |
Madurella mycetomatis |
9561 |
麻风分枝杆菌 |
Mycobacterium leprae |
1602 |
结核分枝杆菌 |
Mycobacterium tuberculosis |
3988 |
溃疡分枝杆菌 |
Mycobacterium ulcerans |
9033 |
淋病奈瑟菌 |
Neisseria gonorrhoeae |
2106 |
巴西诺卡氏菌 |
Nocardia brasiliensis |
8372 |
盘尾丝虫 |
Onchocerca volvulus |
12047 |
卢氏副球菌 |
Paracoccidioides lutzii |
8794 |
恶性疟原虫 |
Plasmodium falciparum |
5187 |
铜绿假单胞菌 |
Pseudomonas aeruginosa |
5556 |
鼠伤寒沙门菌 |
Salmonella typhimurium |
4526 |
曼氏血吸虫 |
Schistosoma mansoni |
13865 |
痢疾志贺菌 |
Shigella dysenteriae |
3893 |
申克氏孢子丝菌 |
Sporothrix schenckii |
8652 |
金黄色.葡萄球菌 |
Staphylococcus aureus |
2888 |
肺炎链球菌 |
Streptococcus pneumoniae |
2030 |
粪类圆线虫 |
Strongyloides stercoralis |
12613 |
鞭虫 |
Trichuris trichiura |
9564 |
布氏锥虫 |
Trypanosoma brucei |
8491 |
克氏锥虫 |
Trypanosoma cruzi |
19036 |
班氏丝虫 |
Wuchereria bancrofti |
12721 |
▼ 技术优势
零实验操作与试剂费用:我们的AI系统为您提供全自动服务,省去实验繁琐的操作和昂贵的试剂耗材开支。
快速候选基因筛选:14天内获得酵母杂交实验结果,让您告别长达3-4个月的等待时间。
可信赖的结果:我们的AI筛选结果已通过实验验证,AI筛选结果涵盖实验操作结果。
成本低:价格仅相当于传统实验的1/3。
可靠的置信度分析:这将大大缩小互作蛋白或基因验证的范围,让您避免不必要的工作。
蛋白质互作核心位点分析:提供高清晰度的3D蛋白结构分析图,满足不同期刊格式要求。
此外,公司还提供酵母一对一验证实验服务,可以对筛选结果进行进一步的验证和定量分析,提高可信度和准确度。
▼ 服务流程
客户提供氨基酸序列或CDS全长序列---数字三维模拟建库---高通量数字模拟筛库
▼ 交付案例数字建库
全数据三维建模评分表;三维建模PDB压缩包
数字筛库
全数据分子对接评分表格(如图);5对一对一精准分析(含三维结构建模以及核心作用位点分析)
▼ 项目示意图
风险提示:丁香通仅作为第三方平台,为商家信息发布提供平台空间。用户咨询产品时请注意保护个人信息及财产安全,合理判断,谨慎选购商品,商家和用户对交易行为负责。对于医疗器械类产品,请先查证核实企业经营资质和医疗器械产品注册证情况。
合作单位 | 文章名称 | 客户 | 合作项目 | 发表杂志 | IF |
中国农业科学院 | RLM1, Encoding an R2R3 MYB Transcription Factor, Regulates the Development of Secondary Cell Wall in Rice | 陈振华 | TF | Frontiers in Plant Science | 6.627 |
南京林业大学 | Characterization and Interaction Analysis of the Secondary Cell Wall Synthesis-Related Transcription Factor PmMYB7 in Pinus massoniana Lamb. |
陈佩珍 | 酵母文库 | International Journal of Molecular Sciences | 5.9 |
中国水稻研究所 | The clock component OsLUX regulates rice heading through recruiting OsELF3-1 and OsELF4s to repress Hd1 and Ghd7 |
吴玮勋 | chip-qpcr | Journal of Advanced Research | 12.822 |
南京农业大学/浙江大学 | GhUBX controlling helical growth results in production of stronger cotton fiber | 张天真 | Co-IP | iScience | 5.458 |