五、Xenium技术实验流程
1.Xenium的实验流程主要分四部分：组织切片、探针杂交与扩增、上机测试、数据分析；
2.从组织切片到数据下机所需时间为：6-8天（依样本贴片大小而增减上机时间，样本覆盖面越大，上机时间越长）。
六、Xenium技术下机数据
1.网页质控：基础信息、提示警告或者错误信息；
2.拟合的DAPI图像：OME-TIFF（格式）；
3.细胞切割和边界信息：细胞核和细胞边界坐标；
4.亚细胞分辨率转录本定位（基因表达）信息：转录本定位和细胞分配信息；
5.细胞-分析物表达矩阵：HDF5 和 MTX（后续可以直接进行数据分析）；
6.后续分析：包含表达水平、细胞定位、分型、聚类、降维分析和差异表达。
七、Xenium技术应用场景
八、亚细胞空间原位多组学整体解决方案
1.Xenium独立分析：探究关注基因集（panel）的空间表达特征，解析复杂组织中细胞组成及细胞间的互作，研究特定生理病理
结构区域下的基因表达信息。推荐肿瘤、免疫、神经（神经性疾病、或者做感知、认知方向）等研究领域的客户;
2.Xenium+单细胞联合分析：解锁各个细胞群的空间位置信息，更高灵敏度及特异性地挖掘细胞间互作及分子调控机制，对关
注基因的表达及目标细胞群（如新鉴定到的细胞亚群）进行亚细胞定位研究;
3.Xenium原位杂交+空转：解析亚细胞水平时空基因组学;
4.单细胞+空转+Xenium原位杂交：对多细胞类型近距离共存区域的细胞类型进行精确定位。
九、案例解析
使用单细胞测序、空间转录组和原位分析技术对FFPE乳腺癌肿瘤样本的微环境进行高分辨率绘图
High resolution mapping of the breast cancer tumor microenvironment using integrated single cell, spatial and in situ
analysis of FFPE tissue
发表杂志：
预印版
发表时间：
2022年10月
摘要：
10X Genomics选择乳腺导管原位癌组织连续切片，同时使用了Chromium单细胞（FFPE-Seq）、Visium空间技术和Xenium原
位技术方案作为对比，为我们详细展示了三种技术的高度互补性，以及Xenium方案在亚细胞空间分辨率上的强大优势。在该项乳腺
癌分析实验中，研究人员选择了280个基因和33个定制化基因共计313个基因，经过基因解码和成像之后，为我们展示了完整的乳腺
癌结构信息。Xenium数据进行了细胞分割画出了细胞边界，在此处所采用的参数是DAPI细胞核区向外延展15um或者接触到下一个
细胞，利用Xenium Explorer软件可以很清晰的看到细胞边界。通过此项分析，研究人员共观察到了167,885个细胞，共计36,944,521
个转录本，中位数每个细胞166个转录本。将Xenium数据与Chromium单细胞（FFPE-Seq）进行比对，发现Xenium数据中92%的细胞
可以精准地归入某一类细胞类型，证明了Xenium原位技术在细胞异质性挖掘中的能力。Xenium原位技术与Visium空间技术通过对
共同捕获区域进行对比，两者仍能表现出一致的空间表达情况。但是Xenium原位技术的灵敏性比Visium空间技术高8.4倍，特异性方
面也要优于Visium空间技术。并且发现Xenium原位技术真正的优势是在多细胞类型近距离接触的情况下以高分辨率在空间上定位
多个基因。Xenium原位技术还可以实现在同一张切片上进行蛋白质和RNA成像。Xenium原位技术可以与单细胞测序、Visum空间技
术进行高效的数据整合，来推动肿瘤学研究以及诊断和治疗学的发展。
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