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上海旭燃生物科技有限公司
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small RNA转录组测序及数据分析

小RNA(Small RNA)是一类长度在18-30nt的内源性RNA分子,主要包括miRNA、siRNA和piRNA等,是生命活动重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Small RNA测序(Small RNA-seq)是利用第二代高通量测序技术,对特定状态下细胞或者组织中的全部Small RNA进行深度测序,实现Small RNA序列的鉴定、靶基因分析和功能注释等多项分析。
2、全基因组分析,无需预先设计特异性探针能够检测未知基因
3、低成本,高准确性,大幅降低了测序时间
4、数字化信号,直接测定每个转录本片段序列,单核苷酸分辨率的精确度
5、高深度的测序数据,检测新的miRNA



| 样本类型 | 建议送样量 | 存储介质 | 保存、运输条件 |
| 组织 | >50mg | 1.RNA later; 2.存入冻存管; 3.大块组织样本不建议放入trizol保存; 4.1.5ml无菌离心管 |
-80℃保存,干冰运输 |
| 细胞 | >2 x 10^6 | 1.收集的细胞沉淀,加入1ml trizol震荡混匀-80度保存; 2.收集的细胞沉淀,液氮速冻5-10min,-80℃冰箱保存; |
-80℃保存,干冰运输 |
| 全血 | >1ml | A.采用EDTA抗凝管采血,禁用肝素抗凝管,新鲜血液效果更佳。 B.或者分离出PBMC加 trizol 混匀。 C.或者全血离心去掉血浆加 trizol 混匀。 D.或者使用PAXgene Blood RNA Tube静脉真空采血管(全血RNA管) PS:请尽量不使用RNA later保存全血。 |
-80℃保存,干冰/4度(新鲜)运输 |
| FFPE | A.切片组织面积大于1cm2,切片表面无划痕,无干裂,均匀贴片的石蜡切片; B.切片组织细胞>30000个;有核细胞比例>80%;肿瘤细胞比例>20%,白片厚度5~ 10um,需3-5片,组织面积偏小或细胞核占比未达80%以上,需提供5-12片; C.石蜡块:厚度4mm以上,组织约绿豆大小以上; D.蜡卷:厚度25um左右,2-5卷 |
/ | 4℃或常温保存和运输 |
| RNA | >1ug | DEPC水;Water Nuclease-Free | -80℃保存,干冰运输 |
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文献和实验结合细胞在组织中分布的位置信息和转录组基因表达信息,了解细胞在空间背景下的异质性。
研究意义;而同样情况下RASGRP1的检测数据可能不能说明问题。 由此可知,设计的实验如果没有生物学重复,或者生物学重复的数量不够,就不能得到有统计意义的实验结果;获得的差异表达的基因很可能仅仅是少数个体差异的表现,并不能反映疾病或者某种特定生理状态的群体本质特征。 3.生物学重复设置几个合适? 您是不是有同样的问题:转录组测序是否必须进行生物学重复啊,是否要3个重复,是否可以用3个样品的RNA等量混合代替生物学重复,如果不重复能否发文章…..?一方面是有限的经费,一方面是编辑的质疑;实在很难
NGS已成为生命科学领域中基因组学和转录组学研究的金标准。虽然它与桑格测序等方法有某些核心相似之处,但NGS所能实现的绝对的高通量水平使它与其他方法截然不同,并彻底改变了科学家的工作方式。 RNA测序(RNA-seq)尤其处于NGS功能应用的前言沿。RNA-seq最简单的形式允许我们在取样时确定样本中的RNAs的丰度。转录组是一个高度动态的细胞特征,并打开了一个巨大发掘潜力的世界。对药物、各种疾病状态、转录后修饰和选择性剪接转录本的反应变化只是 RNA-Seq 使其能够发现的一些例子
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