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上海百趣医学生物科技有限公司
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靶标代谢流分析
基于13C或者15N标记的靶标代谢流分析能够系统地定量细胞或者组织内特定代谢通路代谢网络的流量分布及各代谢途径的相对贡献,其优点是可以利用细胞内代谢物的质量同位体信息的分析方法,不但在很多情况下能够直观地表明代谢流量的整体走向,而且通过计算能够准确定量地揭示细胞内各个代谢反应的活性,以及深入理解平行反应、可逆反应等多种复杂的细胞内代谢过程,直观揭示细胞胞内的主要活性途径及各个途径的相对贡献及其分布变化特点,从而鉴定出相关疾病发生发展过程的早期诊断的标志物及其关键的主要代谢通路,并揭示其相互调控规律,为疾病发生的临床早期诊断、药物靶点治疗和预后判断提供强有力的科学依据。

靶标代谢流解决方案
BIOTREE能量代谢之靶标代谢流解决方案:主要集中在能量代谢明星通路精细化代谢速率研究,包含糖酵解途径、三羧酸循环、磷酸戊糖途径。
糖酵解途径(Embden-Meyerhof-Parnas pathway, EMP)是指糖原或葡萄糖分子分解至生成bingtong酸的阶段,是体内糖代谢最主要途径。此途径在动植物和许多微生物中普遍存在。在需氧生物中,糖酵解途径是葡萄糖氧化生成二氧化碳和水的前奏。糖酵解生成的bingtong酸可进入线粒体,通过三羧酸循环(Tricarboxylic acid cycle, TCA)及电子传递链彻底氧化成二氧化碳和水,并生成腺嘌呤核苷三磷酸。

三羧酸循环是(Tricarboxylic acid cycle, TCA) 需氧生物体内普遍存在的代谢途径,是生物机体获取能量的主要方式,是糖,脂肪和蛋白质三种主要有机物在体内彻底氧化的共同代谢途径,是体内三种主要有机物互变的中心枢纽。

磷酸戊糖途径(Pentose phosphate pathway, PPP) 是葡萄糖氧化分解的一种方式,在动物、植物和微生物中普遍存在。在生物体内磷酸戊糖途径(Pentose phosphate pathway, PPP)除了提供能量外,主要是为合成代谢提供多种原料。如为脂肪酸、胆固醇的生物合成提供还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷磷酸(Nicotinamide Adenine Dinucleotide Phosphate, NADPH);为核苷酸辅酶、核苷酸的合成提供5-磷酸核糖;为芳香族氨基酸合成提供4-磷酸赤藓糖。

技术成熟、灵敏度高
专业的数据分析团队,通过Matlab flux-8等软件进行原始数据处理,并进行PCA、柱状图、热力图、Bi-plot等分析
技术路线
技术参数
▶ 样本要求
植物组织: 1X107 cells/sample
血清、血浆:200 μL/sample
尿液:1 mL/sample
组织:200 mg/sample
粪便、肠道内容物:200 mg/sample
细胞 、微生物:1×107 cells/sample
培养液:200 μL/sample
因组织特异性,某些组织可能检测不到稳定同位素标记的信号。
▶ 生物学重复
样本数量: 植物和微生物n≥6,动物样本n≥10,临床样本n≥30,所有重复样本独立分析
其他种类的样品在收集之前请联系公司销售工程师
▶ 检测平台
GC-Q-MSE,Agilent/ TripleTOF 6600, Sciex/Q Exactive Focus, Thermo/Orbitrap Exploris 120, Thermo
▶ 常规项目周期
实验检测:25个自然日
数据分析:5个自然日
应用方向
- 通过比较不同环境条件及各种代谢性疾病的不同代谢途径的代谢流量的分布变化,揭示出相关疾病发生发展过程中的主要代谢通路及其早期诊断的标志物
- 通过13C代谢流量技术对胞内外的中间代谢物的变化示踪,可以鉴定出基因工程菌的关键的代谢通路和活性,为提高目标代谢产物的合成提供直接的依据
- 可以比较分析细胞,组织及其血样和尿液在基因改造的前后的代谢功能变化
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文献和实验,让人更容易接受 ~ 三、我的写作:具体任务安排及完成时间 周一:Results+Figure Legends 步骤: 1)整理完自己全部的结果,看归纳为大概哪几个 Figures(一般 6-8 个 Figures); 2)先找类似相关的 SCI 导入模板文献(3-5 篇),进行模仿写作。文献的挑选:文章结果用到的实验方法/工具和你的差不多。 图片来源:电脑截图 3)对应结果找对应的 SCI 的 Results 段落,分析其句子的写作结构,借鉴到自己的 Results 里; 4)基本框架
于您的试验靶标 siRNA。) 转染 48 小时后,测量对照蛋白或 mRNA 水平相对于未转染细胞的减少量。太多的 siRNA能导致细胞毒性和死亡。赛默飞提供适用于各种靶标基因的阳性对照 siRNA。 9.使用阴性对照 siRNA 来区分非特异性效应 通过打乱最活跃的 siRNA 碱基序列排列,可以设计一个适当的阴性对照。一定要做好同源性搜索,以确保它与正在研究的生物体基因组缺乏同源性。 10. 使用标记的 siRNA 来进行试验方案优化 荧光标记的 siRNA 可用于分析 siRNA 的稳定性和转染
蛋白的复合物晶体结构,又基于晶体结构分析,设计并合成了特异性及体内安全性显著提高的雷公藤红素衍生物 19-048,证明了雷公藤红素的体内毒性,可以通过靶标发现及基于结构的化学优化而降低,同时表明,抑制 PRDX1 有望用于治疗结直肠癌。值得注意的是,本研究使用了汉恒生物提供的针对 PRDX1 的 CRISPR-Cas9 慢病毒。 下面,我们一起来看具体的研究结果: 首先,作者通过 RNA 测序得到用雷公藤红素处理后的差异表达基因,然后用 OTTER 富集雷公藤红素的氧化还原相关靶蛋白,发现雷公
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