单囊泡膜蛋白组学

技术优势：

1. 角度新颖——单EV水平检测 解析EVs异质性，涵盖细胞特异性膜蛋白 有可能实现EVs溯源；
2. 高通量检测——单次检测可获得 约100w个单EV水平 260+膜蛋白表达图谱；
3. 微量检测——单次检测仅需50µl外泌体，兼容细胞上清、各类体液和组织样本；
4. 高灵敏检测——单EV分辨率检测，外泌体亚群检出下限低至0.1%；
5. 专注膜蛋白——无需提取外泌体蛋白 操作简单 验证手段多样 易于转化。

PBA结果展示：

提供原始数据矩阵、分析结果和报告，部分结果展示如下

1. 囊泡总蛋白表达分析
统计每个样本中所检测到的每种蛋白的总表达量，数据为Protein Expression rawdata。采⽤trimmed mean of M values（TMM）方法对数据进行标准化，以消除检测数据量的差异带来的影响。然后基于标准化的数据进行蛋白表达整体分析，差异分析和差异蛋白的ROC分析。

2. 囊泡表面蛋白组合分析
基于PBA技术实现对单囊泡蛋白组合的检测，可探究在单个EV⽔平上，多种蛋白共表达、共定位的关系以及共同参与复杂⽣物学功能的可能性。该部分，统计了单EV蛋白组合丰度，即每个样本中各种可能的蛋白组合出现的次数，基于每种EV蛋白组合出现的次数，进⾏CPM的校正，而后进行整体分析和差异分析以及ROC分析。

3. 单囊泡亚群聚类分析
该部分是单囊泡膜蛋白组学特有分析，基于海量的单囊泡膜蛋白表达数据进⾏外泌体亚群分析和亚群标志物的鉴定。

PBA应用：

1. 单EV图谱绘制：绘制单EV精度蛋白表达图谱，解析EV亚群组成和多样性，研究外泌体异质性；
2. 机制研究：分析不同生理病理过程EV亚群丰度多样性变化，挖掘EV核心亚群；对核心亚群进行溯源分析和荷载功能分子预测，解析核心亚群影响疾病发生发展的分子机制；
3. 标志物研究：单EV水平检测，研究疾病相关核心EV亚群，尤其是稀有亚群/低丰度蛋白，基于亚群/差异蛋白/膜蛋白组合作为biomarker，提高检测准确性和检测下限。

项目周期：

样本要求：

外泌体悬液：外泌体浓度＞1*10¹⁰/mL；体积＞100μL；
血浆：200~500ul ；组织：50~100mg
按照要求前处理，原始样本由恩泽提供外泌体分离服务，其他样本用量可咨询

 

常见问题：

1.普通蛋白组和膜蛋白有必要一起做吗？
依据具体需求而定，非靶向的蛋白组学包含膜蛋白信息，但是会缺失低丰度的膜蛋白且膜蛋白检出有限。如果非常关注某些膜蛋白，PBA检测列表中也有，可以普通组学和单外泌体联合分析。二者联合主要达到相互补充提高蛋白检出的完整性，根据EV亚群marker蛋白的表达水平和bulk蛋白的表达水平，预测EV亚群负载的功能蛋白。或者将PBA检测结果和质谱检测结果进行联合构建诊断模型。

2.入核确保检测的是单囊泡？

a.通过控制外泌体等囊泡的上样浓度来控制多外泌体的概率
b.通过控制捕获囊泡的芯片点阵密度（通过扫描电镜观察PBA芯片上捕获的囊泡时，很少看到多囊泡，如DOI: 10.34133/research.0041）
当然，如果上机时囊泡已经发生聚团，无法避免会测到该聚团，也就不是单囊泡水平检测了，因此需要注意分离的囊泡的聚团情况。

3.PBA如何发现和验证标志物？

a.标志物发现阶段，建议采用大样本直接采用PBA-260进行检测，数据分发现队列和验证队列进行标志物性能验证，具体可以参考PBA助力结直肠癌EV早筛标志物研究的思路（DOI: 10.34133/research.0041）
b.后期大样本/多中心验证标志物，可以采用少量样本直接血浆检测膜蛋白标志物，判断是否可以免分离直接检测标志物，如果效果好，即采用免分离外泌体的方法进行验证；
其他验证技术可以选择：纳米流式、免疫-PCR、免疫磁珠分选检测等低通量靶向检测技术。具体可以参考免疫PCR助力肝癌EV早筛标志物研究的思路（doi: 10.1002/hep.32692）