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上海中科新生命生物科技有限公司
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4D-磷酸化修饰蛋白质组学
· 产品定义
蛋白质磷酸化修饰(Phosphorylation)是生物体内最重要的共价修饰方式之一,是目前分布最多、也是最广泛研究的修饰,其发生过程是在激酶(kinase)催化下,将ATP的磷酸根基团转移到蛋白的氨基酸(Ser、Tyr、Thr)侧链上。蛋白质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程调节着包括细胞增殖、发育、分化、信号转导、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩及肿瘤发生等过程在内的所有生命活动。发生磷酸化修饰的氨基酸上共价连接磷酸基团,其分子质量会增加发生79.97Da。利用质谱可测定分子量是否发生79.97Da的质量偏移,从而检测磷酸化修饰肽段及位点。 4D-label free磷酸化蛋白组学是基于timsTOF Pro质谱仪,通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂(ddaPASEF)扫描模式进行差异磷酸化蛋白质组学分析。4D-label free修饰组,利用了离子淌度分离,能根据分子的形状、截面积属性,可有效区分修饰同分异构多肽,极大提高修饰的鉴定深度,以更少上样量、更快扫描速度,实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。
· 技术路线
· 技术优势
1. 4D技术加持,提高定量的准确性、鉴定深度,更加适合微量样本;
2. 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制,灵活方便;
3. 基于质谱平台(Bruker timsTOF pro),检测速度提升近一倍;
4. 经验丰富——超17年蛋白平台服务经验,拥有丰富的高水平项目文章;
5. 数据保证——采用进口金标抗体,数据结果稳定可靠;
6. 系统解决方案——提供修饰组学至验证、上下游联合分析,实现快捷”一站式”服务。
· 数据分析
· 推荐组合产品
1. 蛋白质组+磷酸化组:全面剖析机体调控网络。
2. 磷酸化组+代谢组:打通机体表型-机制研究通路。
· 推荐应用领域
1. 神经及退行性疾病;
2. 肿瘤发病机制研究;
3. 药理药靶研究。
· 送样建议(特殊样本可)
· 参考文献
1.Low-Dose Sorafenib Acts as a Mitochondrial Uncoupler and Ameliorates Nonalcoholic Steatohepatitis. 2020. Cell Metabolism. (IF 27.287) 【客户文献】
采用磷酸化修饰组学、DIA蛋白组学等发现低剂量索拉菲尼可改善非酒精性脂肪肝炎并揭示其作用机制
2.Synergistically Bifunctional Paramagnetic Separation Enables Efficient Isolation of Urine Extracellular Vesicles and Downstream Phosphoproteomic Analysis. 2021. ACS Appl Mater Interfaces. (IF 9.229)
4D-label free蛋白质组+4D磷酸化蛋白组学应用于前列腺癌患者标志物研究
3.The P2RY12 receptor promotes VSMC-derived foam cell formation by inhibiting autophagy in advanced atherosclerosis.2020. Autophagy. (IF 16.016) 【客户文献】
磷酸化Label free蛋白组助力研究动脉粥样硬化的潜在治疗靶标
4.Protein phosphatase 2A has an essential role in promoting thymocyte survival during selection. 2019. PNAS. (IF 11.205) 【客户文献】
磷酸化Label free蛋白组研究PP2A介导蛋白去磷酸化的关键调控作用
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文献和实验1.Low-Dose Sorafenib Acts as a Mitochondrial Uncoupler and Ameliorates Nonalcoholic Steatohepatitis. 2020. Cell Metabolism. (IF 27.287) 【客户文献】
采用磷酸化修饰组学、DIA蛋白组学等发现低剂量索拉菲尼可改善非酒精性脂肪肝炎并揭示其作用机制
2.Synergistically Bifunctional Paramagnetic Separation Enables Efficient Isolation of Urine Extracellular Vesicles and Downstream Phosphoproteomic Analysis. 2021. ACS Appl Mater Interfaces. (IF 9.229)
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【专题讨论】蛋白质组学 (Protemics)&修饰蛋白质组学(PTM Protemics)科学技术交流&职业生涯发展交流
下图) 四 , 修饰蛋白质组学应用(含科研case分享,updating) 目前针对不同物种的普通蛋白质组学谱图数据,已经不再具有新颖性。必须要针对得到的组学数据得到的关键蛋白进行深入挖掘,进行功能验证,才能成为一篇漂亮的工作。而蛋白质翻译后修饰是和蛋白质功能息息相关,如组蛋白乙酰化和去乙酰化直接关系到转录激活与沉默,细胞中各种激酶直接受到磷酸化调节其活性。而从组学层面研究这些修饰目前还看还是非常新颖的方向。无论针对一个物种的修饰谱图解析,还是针对某一种修饰(乙酰化,琥珀
,而已发表的文献中这两类样本都有使用。具体选什么,可以根据客户实际情况,或者参考这个疾病研究领域更多人选择哪个类型的样本进行选择。需要提醒的是,客户的一个研究,从蛋白组学检测到验证,尽量保持样本类型的一致性。 6、外泌体可以做蛋白质组学的哪些项目? 外泌体样本可以做 4D label free、DIA(DIA 2.0 和大样本 4D-DIA)和 4D 磷酸化蛋白质组学。由于外泌体抽提得到的蛋白量相对较少,除非客户特别要求且蛋白量充足,否则小样本量的时候,都建议优先推荐 4D label free
物的空间来源。某些蛋白仅在肿瘤边缘区高表达,与侵袭转移相关,但在整体匀浆样本中,这种区域特异性信号会被大量正常肿瘤区域的蛋白稀释,导致假阴性或弱信号。 空间蛋白质组学可直接从组织切片中鉴定区域特异性蛋白。例如,通过激光显微切割结合高深度质谱,精准捕获肿瘤边缘区、核心区、基质区,对比三者的蛋白表达谱,发现仅在边缘区富集的侵袭相关蛋白。这些蛋白作为候选标志物,具有更高的临床预测价值。同时,结合磷酸化修饰组学,可进一步挖掘与信号通路激活相关的空间修饰标志物。 场景3:耐药机制与联合用药策略——
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