RNA基因编辑具有巨大的应用潜力,相对于DNA水平的永久性编辑来说,RNA编辑具有瞬时效应,更加安全可控。但是目前的RNA编辑存在不可忽视的脱靶效应。研究发现,靶向切割RNA的CRISPR/Cas13,由于其“侧切效应”带来严重的脱靶,其脱靶效应甚至高于在靶,这对于基因治疗的临床转化来说是巨大的挑战。因此,从全基因组水平检测基因编辑工具的脱靶至关重要。另外,除了RNA基因编辑工具引起的RNA脱靶外,近年来快速发展的单碱基编辑器(ABE、CBE、CGBE)均存在大量RNA水平的脱靶,严重限制了其在生物学和临床学上的应用。基于此,珠海舒桐提供了全转录组脱靶检测技术,在RNA水平上的脱靶效应进行全面无差的分析,是RNA脱靶检测的关键手段。
RNA脱靶原理
图1 靶向RNA编辑工具(CRISPR/Cas13)引起RNA脱靶的原理[1]
图2 靶向DNA编辑工具(CBE)引起RNA脱靶的原理[2]
实验流程
应用场景
1、RNA基因编辑工具(如CRISPR/Cas13)引起的RNA脱靶;
2、DNA基因编辑工具(如ABE/CBE/CGBE)引起的RNA脱靶。
服务优势
1、RNA-seq 技术具有高通量、高灵敏、低成本、高分辨的优势;
2、分析内容精确:可以在全转录组范围内对编辑位点和脱靶位点,进行精确的定位分析;
3、分析内容全面:全面分析每一个变异位点;
4、分析周期短:仅需1个月;
5、技术成熟,专业性强:具备成熟的生物信息分析团队,专业的案例分析,可以根据客户不同要求分析个性化内容。
服务内容
服务项目 |
内容 |
周期 |
价格 |
交付形式 |
全转录组 |
文库构建+测序+分析 |
20-30个工作日 |
欢迎询价 |
原始数据+可视化结题报告 |
*高级服务内容:根据项目/课题的需求可定制个性化分析,具体可与舒桐平台联系。
送样要求
1、我司可免费设计sgRNA并构建质粒,若需我司进行转染及后续建库测序,客户需提供细胞系;
2、若需我司建库测序,需客户提供RNA或新鲜样本。送样要求:RNA总量:≥10µg,浓度≥100ng/µL,OD260/280=1.9~2.1,RIN≥7.0,跑胶检测无降解;
3、送样时需提供实验组和对照组样本;
4、若需我公司完成一体化服务,可与舒桐平台联系。
参考文献
[1] Konermann, S. et al. Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors. Cell 173, 665-676 e614, doi:10.1016/j.cell.2018.02.033 (2018).
[2] Grunewald, J. et al. Transcriptome-wide off-target RNA editing induced by CRISPR-guided DNA base editors. Nature 569, 433-437, doi:10.1038/s41586-019-1161-z (2019).