全转录组RNA脱靶检测

RNA基因编辑具有巨大的应用潜力，相对于DNA水平的永久性编辑来说，RNA编辑具有瞬时效应，更加安全可控。但是目前的RNA编辑存在不可忽视的脱靶效应。研究发现，靶向切割RNA的CRISPR/Cas13，由于其“侧切效应”带来严重的脱靶，其脱靶效应甚至高于在靶，这对于基因治疗的临床转化来说是巨大的挑战。因此，从全基因组水平检测基因编辑工具的脱靶至关重要。另外，除了RNA基因编辑工具引起的RNA脱靶外，近年来快速发展的单碱基编辑器（ABE、CBE、CGBE）均存在大量RNA水平的脱靶，严重限制了其在生物学和临床学上的应用。基于此，珠海舒桐提供了全转录组脱靶检测技术，在RNA水平上的脱靶效应进行全面无差的分析，是RNA脱靶检测的关键手段。

RNA脱靶原理

图1 靶向RNA编辑工具（CRISPR/Cas13）引起RNA脱靶的原理^[1]

图2 靶向DNA编辑工具（CBE）引起RNA脱靶的原理^[2]

实验流程

应用场景

1、RNA基因编辑工具（如CRISPR/Cas13）引起的RNA脱靶；

2、DNA基因编辑工具（如ABE/CBE/CGBE）引起的RNA脱靶。

服务优势

1、RNA-seq 技术具有高通量、高灵敏、低成本、高分辨的优势；

2、分析内容精确：可以在全转录组范围内对编辑位点和脱靶位点，进行精确的定位分析；

3、分析内容全面：全面分析每一个变异位点；

4、分析周期短：仅需1个月；

5、技术成熟，专业性强：具备成熟的生物信息分析团队，专业的案例分析，可以根据客户不同要求分析个性化内容。

服务内容

服务项目	内容	周期	价格	交付形式
全转录组	文库构建+测序+分析	20-30个工作日	欢迎询价	原始数据+可视化结题报告

*高级服务内容：根据项目/课题的需求可定制个性化分析，具体可与舒桐平台联系。

送样要求

1、我司可免费设计sgRNA并构建质粒，若需我司进行转染及后续建库测序，客户需提供细胞系；

2、若需我司建库测序，需客户提供RNA或新鲜样本。送样要求：RNA总量：≥10µg，浓度≥100ng/µL，OD260/280=1.9~2.1，RIN≥7.0，跑胶检测无降解；

3、送样时需提供实验组和对照组样本；

4、若需我公司完成一体化服务，可与舒桐平台联系。

参考文献

[1] Konermann, S. et al. Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors. Cell 173, 665-676 e614, doi:10.1016/j.cell.2018.02.033 (2018).

[2] Grunewald, J. et al. Transcriptome-wide off-target RNA editing induced by CRISPR-guided DNA base editors. Nature 569, 433-437, doi:10.1038/s41586-019-1161-z (2019).