lncRNA或circRNA编码多肽研究实验

lncRNA和circRNA通常被认为是非编码RNA，但是越来越多的研究表明，有些lncRNA和circRNA也能编码多肽或蛋白，且部分多肽还具有重要的生理功能。为了系统的研究具有多肽或蛋白编码功能的lncRNA或circRNA，我司制定了能快速准确筛选它们及探究其产物功能的个性化解决方案。



 

lncRNA或circRNA编码多肽-技术原理

 

编码蛋白的RNA有开放阅读框（ORF），翻译时会与核糖体结合，产生对应的多肽或蛋白产物，通过分离核糖体-RNA复合物，对RNA进行测序，lncRNA/circRNA分析，ORF预测，可以预测其编码的多肽或蛋白信息；之后分离样本中的蛋ncRNA或circRNA编码多肽白质进行质谱测定，获得实际的多肽或蛋白信息；将以上两种信息进行匹配，即可筛选到具有多肽或蛋白编码功能的lncRNA/circRNA信息；之后可对这些RNA进行表达验证、编码验证和功能研究。

 

 

 

lncRNA或circRNA编码多肽技术服务流程

 

确定差异表达的lncRNA/circRNA

• RNA-seq筛选      

 • qPCR，northern blot或原位杂交验证

 

筛选有编码潜能的lncRNA/circRNA

• 分析潜在ORF及ORF相关信息

• 其他相关生物信息分析

 

质谱确认

• 以目标RNA建库，样本做LC-MS和PRM，找到lncRNA/circRNA编码多肽/蛋白的质谱证据

 

编码肽表达检测

• 体外检测：构建带标签的ORF/ORFmut载体，转染细胞后用标签抗体检测

• 体内检测：野生型细胞/组织样本，以小肽抗体检测

 

编码肽功能检测（排除 RNA作用）

• 小肽表达水平检测，分析其与表型的关系

• 体外检测：ORF/ORFmut载体转入原本低/不表达lncRNA的细胞，检测功能/表型变化；也可做沉默实验

• 体内检测：小鼠体内过表达ORF/ORFmut，检测功能表型变化；也可做敲除实验

 

 

 

lncRNA或circRNA编码多肽辉实验*辉骏生物技术优势

 

★差异RNA或有编码潜能的RNA数据库的建立可以帮助我们更快的确定分析目标；

★质谱分析方法可以批量获得很多具有编码潜能的lncRNA和circRNA信息，为后续研究鉴定坚实基础，节省科研时间和精力。

 

 

 

lncRNA或circRNA编码多肽研究-文章

 

1.Novel Role of FBXW7 Circular RNA in Repressing Glioma Tumorigenesis. JNCI J Natl Cancer Inst. 2018.【IF＞10，合作伙伴文章】

2.A micropeptide encoded by a putative long noncoding RNA regulates muscle performance. Cell. 2015.【IF＞30】

3.A peptide encoded by a transcript annotated as long noncoding RNA enhances SERCA activity in muscle. Science. 2016.【IF＞30】

4.Circ-ZNF609 Is a Circular RNA that Can Be Translated and Functions in Myogenesis. Mol Cell. 2017.【IF＞15】

5.Translation of CircRNAs. Mol Cell. 2017.【IF＞14】

6.Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine. Cell Res. 2017.【IF＞15】