开学大促: T细胞受体（TCR）测序/免疫组库测序

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简介

T细胞受体库测序（T cell receptor repertoire sequencing，TCR-Seq）是以生物信息学（Bioinformatics）全面高速分析高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子，即T细胞受体（T cell receptor，TCR）多样性的检测技术，用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答（T cell-mediated immune response）状态改变。
T细胞介导的细胞免疫应答过程中，抗原呈递细胞（antigen-presenting cell，APC）摄取抗原（Ag）、消化形成抗原-MHC分子复合物，并呈递给T细胞。T细胞通过自身T细胞受体β链中V-D-J基因重排后的CDR3β参与抗原识别。

TCR的基因由可变区（V）、多变区（D）、结合区（J）和恒定区（C）四部分基因片段组成，形成互补决定区（complementarities determining region, CDR）和间隔的4个骨架区（framework region, FR），基因结构如下图所示。在T细胞发育过程中CDR1、2和FR区域相对保守，CDR3区由V、D和J 进行重排而形成具有功能的TCR编码基因（T细胞克隆），由于V（65~100种）、D（2种）、J（13种）基因片段本身具有多样性，此外，由于在重排的过程中，在VD及D-J的连接区经常有非模板的核苷酸的随机插入或删除，进一步增加了CDR3区的多样性。这种基因片段连接的不准确性使TCR的表达呈多样性，以识别各种不同的抗原。
         

TCR-seq常用于评价各种免疫相关疾病和遗传性突变引起的某个物种所有T细胞或特定T细胞激活介导的细胞免疫反应中TCR基因重排碱基序列，以及各序列的丰度，用于研究不同T细胞克隆的转录情况和相互间关系，从而揭示更深层次的T细胞功能特异性，继而解释免疫应答机制、免疫耐受原因，免疫调节形式等相关生命现象。
    TCR-seq的应用方向：
   （1）肿瘤免疫治疗后的监测和治疗指导；
   （2）抗感染免疫治疗效果和耐受性评估；
   （3）移植排斥反应中急性排斥反应的预测和干预指导；
   （4）自身免疫疾病的临床试验和科学研究；
   （5）感染性和神经可塑性疾病的生物标志物。
 

绝对定量免疫组库测序是分析TCR的有力手段

• 检测TCR的RNA序列。与DNA分析相比，可以更为全面和准确地获得某一状态下TCR的多样性信息。
• 基于5’RACE的方法。5’RACE相较于MPCR测序方法，可以检测到更多的V-J pairing的多样性，同时具有更低的偏好性和较高的准确性。
• 5’RACE法与UID技术相结合，通过UID标签去除PCR扩增重复、排除PCR偏好性影响，准确分析TCR克隆的丰度。
• 引入校准机制，准确分析TCR的多样性。TCR的高度多样性使得其对测序数据错误极为敏感，PCR和测序错误都可能被误认为序列的突变或重排，因此必须加入校准机制。UID技术可纠正PCR和测序错误，锁定真实序列。
• 使用PE250测序，完整覆盖TCR全长。CDR1和CDR2对MHC的亲和力起到重要作用，同时检测CDR1/2/3对研究TCR具有重要意义。

康测技术优势

1. 康测科技专利RNA(靶向)建库技术，缩短建库时间的同时提高建库效率；
2. 自主创新的UID技术帮助实现TCR表达量的绝对定量；
3. 提供从样本处理、TCR扩增、建库测序到数据分析的一站式完善服务。

                  建库方法                                                技术流程

分析结果展示

 

本公司是由加州大学圣地亚哥分校（UCSD）、武汉大学、华中农业大学博士团队创建的高新技术企业。截至2017年底，团队核心成员已在Nature、Cell、Molecular Cell、Nat. Struct. Mol. Biol.、Proc Natl Acad Sci USA、Cell Reports等国际高分期刊发表文章十余篇。公司秉承技术创新、服务至上的核心理念，与多所985/211院校、中国科学院的实验室建立了长期合作关系。

公司研发团队于2017年成功开发出绝对定量转录组（KC-DigitalRNA）、免疫组库（KC-IRQuant）、16S rDNA绝对定量、ctDNA检测（KC-SMP）等4项建库技术，并成功申请发明专利和配套数据分析系统的软件著作权。成为中国第1家UID（UMI）绝对定量高通量测序服务平台，为广大科研工作者提供转录组（mRNA、lncRNA）/TCR/BCR/ctDNA/肠道微生物多样性等多种绝对定量测序服务。

作为国内核酸-蛋白互作研究服务的领跑者，公司已完成1000多项ChIP-seq、RIP-seq、CLIP-seq实验及测序分析服务，包括动物（人、小鼠、大鼠、羊、鸡、斑马鱼等）、植物（水稻、拟南芥、小麦、二穗短柄草、马铃薯、番茄、苹果等）、微生物（大肠杆菌、禾谷镰刀菌等）近50余种物种的CHIP-seq和RIP-seq，其中组蛋白ChIP-seq成功率接近100%，转录因子ChIP-seq成功率超过95%，RIP-seq、CLIP-seq成功率接近95%。