鉴定差异表达circRNA
筛选在肺癌中差异表达的circRNA。
通过RNA高通量测序分析BEAS-2B细胞和砷诱导的恶性转化细胞BEAS-2B-As,筛选出显著下调的circPLCE1,并验证其环状结构。
o8G-modified circPLCE1 inhibits lung cancer progression via chaperone-mediated autophagy
包含体外细胞功能实验、体内裸鼠移植瘤模型、临床组织样本分析,并验证了RNA修饰、蛋白互作及机制通路。
A549细胞 H1299细胞 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 肺癌临床组织样本
circPLCE1在A549和H1299细胞中的沉默和过表达效率 H2O2(200 μM)和NAC(2 mM)处理浓度 siRNA转染浓度(100 nM)和转染时间(48 h) BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型中每组小鼠数量(7只) MeRIP、RIP、CLIP实验中使用的抗体及浓度
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选在肺癌中差异表达的circRNA。
通过RNA高通量测序分析BEAS-2B细胞和砷诱导的恶性转化细胞BEAS-2B-As,筛选出显著下调的circPLCE1,并验证其环状结构。
确定circPLCE1是否存在o8G修饰及其区域。
使用MeRIP、CLIP实验检测circPLCE1的o8G修饰及位点;用H2O2和NAC处理细胞改变ROS水平,验证ROS对o8G修饰的影响。
评估circPLCE1对肺癌细胞增殖、凋亡、迁移和体内肿瘤生长的影响。
通过siRNA沉默和质粒过表达circPLCE1,进行CCK-8、EdU、流式细胞术(凋亡和细胞周期)、Transwell、伤口愈合实验;通过慢病毒感染建立稳定过表达细胞系,进行裸鼠皮下移植瘤实验。
发现circPLCE1直接结合的蛋白并验证对其表达和稳定性的影响。
使用TRAP-MS鉴定circPLCE1结合蛋白,筛选出HSC70;通过RIP验证直接结合;通过Western blot、CHX和MG132实验验证circPLCE1对HSC70蛋白稳定性和泛素化的影响。
阐明circPLCE1是否通过HSC70调控CMA活性。
通过Co-IP和IF验证HSC70与CMA底物(如PKM2)的相互作用;通过过表达circPLCE1和HSC70及AR7处理,检测CMA底物表达;使用pSIN-PAmCherry-KFERQ-NE报告基因检测CMA活性。
确定circPLCE1是否通过抑制CMA促进ATG5依赖性巨自噬。
通过Co-IP、IF验证HSC70与ATG5的相互作用;通过血清饥饿和AR7处理验证ATG5作为CMA底物;通过siRNA沉默ATG5,检测巨自噬水平变化;通过flow cytometry、MDC、CYTO-ID和Western blot检测自噬标志物。
确认circPLCE1在体内是否抑制肺癌进展。
将稳定过表达circPLCE1的A549细胞皮下注射裸鼠,观察肿瘤生长,并通过免疫组化检测Ki67、BCL2、RhoA等蛋白的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | BEGM培养基 | Lonza | CC-3171 |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141C | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 1514022 | |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| 逆转录 | GoScript™逆转录系统 | Promega | A5001 |
| qPCR | GoTaq® qPCR预混液 | Promega | A6001 |
| 转染 | riboFECT CP试剂盒 | RiboBio | C10511-05 |
| Lipofectamine™ 3000转染试剂盒 | Invitrogen | L3000015 | |
| 质粒提取 | 质粒小提试剂盒 | Biomiga | BW-PD1211-03 |
| 慢病毒包装 | PolyJet™体外转染试剂 | Cisco Biotech | -- |
| ROS检测 | ROS检测试剂盒 | Beyotime | S0033S |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | CK04 |
| 增殖检测 | Cell Light EdU Apollo 567体外试剂盒 | RiboBio | C10310-1 |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | KeyGen Biotech | KGA107 |
| 细胞周期检测 | 细胞周期检测试剂盒 | KeyGen Biotech | KGA511 |
| FISH | FISH试剂盒 | RiboBio | C10910 |
| 核质分离 | PARIS™试剂盒 | Invitrogen | AM1921 |
| 蛋白定量 | Pierce™ BCA蛋白检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 |
| Western blot | 抗HSC70抗体 | Proteintech | 10654-1-AP |
| 抗HK2抗体 | Proteintech | 22029-1-AP | |
| 抗PKM2抗体 | Proteintech | 60268-1-Ig | |
| 抗P62抗体 | Affinity Biosciences | AF5384 | |
| 抗LC3B抗体 | Affinity Biosciences | AF5402 | |
| 抗ATG5抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-133158 | |
| 抗ATG12抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-271688 | |
| 抗o8G抗体 | Abcam | ab206461 | |
| 抗o8G抗体 | Sigma | MAB3560 | |
| 抗AUF1抗体 | Abcam | ab259895 | |
| TRAP | TRAP试剂盒 | BersinBio | Bes5106 |
| RIP | RIP试剂盒 | IEMed | IEMed-K303 |
| CLIP | CLIP试剂盒 | BersinBio | Bes3014 |
| 4-硫尿嘧啶 | Sigma | T4509 | |
| MeRIP | MeRIP试剂盒 | IEMed | IEMed-K305 |
| Co-IP | Co-IP试剂盒 | BersinBio | Bes3011 |
| MDC染色 | MDC自噬染色试剂盒 | Beyotime | C3018S |
| 自噬检测 | CYTO-ID自噬检测试剂盒2.0 | Enzo Life Sciences | ENZ-KIT175 |
| 蛋白酶体抑制实验 | MG132 | MedChemExpress | HY-13259 |
| CMA诱导 | AR7 | MedChemExpress | HY-101106 |
| CMA活性检测 | pSIN-PAmCherry-KFERQ-NE | Addgene | 102365 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源及培养条件(培养基、血清浓度、抗生素) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| circPLCE1沉默/过表达 | siRNA序列信息及转染浓度,过表达质粒及转染试剂 阅读提示:Methods: Transfection, Supplementary Table 2 |
| o8G修饰检测 | MeRIP、CLIP实验的具体步骤,包括抗体种类、细胞数、UV交联时间等 阅读提示:Methods: MeRIP, CLIP |
| 体外功能实验 | CCK-8、EdU、Transwell等实验的接种密度、处理时间、检测方法 阅读提示:Methods: Cell viability assay, EdU incorporation assay, Transwell migration assay |
| 体内实验 | 裸鼠品系、周龄、每组数量、细胞注射数量、观察时间 阅读提示:Methods: Subcutaneous tumorigenesis assay in nude mice |