生信分析筛选AGTR1
筛选与伴随药物相关的靶点,在装甲型和冷肿瘤中差异表达。
利用TCGA数据库分析多种伴随药物靶点在免疫胶原亚型中的表达,鉴定AGTR1在装甲型和冷肿瘤中高表达。
Angiotensin receptor blocker attacks armored and cold tumors and boosts immune checkpoint blockade
包含多层级证据:生物信息学分析(TCGA、单细胞)、体外细胞实验(CAFs、肿瘤细胞)、体内动物模型(4T1小鼠)、患者样本(多中心队列)及机制验证(RhoA-YAP通路)和功能验证(ICB联合治疗)。
4T1小鼠乳腺癌模型 原代CAFs 肿瘤细胞系(MDA-MB-231、HS578T、NCI-H1299、HGC-27等) 人膀胱癌和乳腺癌组织样本
AGTR1高表达于CAFs且与I型胶原相关 losartan抑制CAFs胶原表达和迁移 RhoA-YAP轴介导losartan对胶原的抑制 losartan联合抗PD-1增强体内抗肿瘤效果 ARB使用显著改善接受ICB治疗的NSCLC患者生存
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与伴随药物相关的靶点,在装甲型和冷肿瘤中差异表达。
利用TCGA数据库分析多种伴随药物靶点在免疫胶原亚型中的表达,鉴定AGTR1在装甲型和冷肿瘤中高表达。
确定AGTR1在不同细胞类型中的表达模式,尤其是CAFs和肿瘤细胞。
使用CCLE数据库、scRNA-seq数据和蛋白印迹分析AGTR1在肿瘤细胞系和原代CAFs中的表达,并通过mIHC验证其与α-SMA的共定位。
评估AGTR1抑制剂losartan对肿瘤细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭的影响,确定其直接抗肿瘤作用。
对低AGTR1表达的肿瘤细胞(MDA-MB-231, NCI-H1299, HGC-27)和高AGTR1表达的HS578T细胞进行CCK-8、集落形成、Transwell和凋亡检测。
探究losartan对CAFs胶原合成和迁移的作用及其分子机制。
通过qPCR、Western blot、免疫荧光检测losartan处理后CAFs中COL1A1表达、迁移和微丝形成,并检测RhoA活性、YAP磷酸化和核定位。使用YAP激动剂XMU-MP-1验证RhoA-YAP轴。
评估losartan处理的CAFs对T细胞活化的影响。
将CD8+ T细胞与处理CAFs共培养,检测T细胞活化标记(GZMB)、细胞因子(IL-2, TNF-α)和PCR array。
评估losartan单独或联合抗PD-1在体内对肿瘤生长的影响,并检测肿瘤微环境变化。
使用4T1小鼠乳腺癌模型,分别给予PBS、losartan、抗PD-1、联合治疗,测量肿瘤体积和重量,并通过IHC和流式检测CD8+ T细胞、MDSC等。
评估ARB使用对接受ICB治疗患者预后的影响。
收集两中心NSCLC免疫治疗队列(共270例),根据ARB用药史分组,比较客观缓解率、总生存期,并检测组织样本中胶原、CD8、AGTR1等表达。进行荟萃分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 氯沙坦 | MedChemExpress | HY-17512 |
| XMU-MP-1 | MedChemExpress | HY-100526 | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | KeyGEN | KGA9305 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | KeyGEN | KGA1102 |
| Transwell实验 | 基质胶 | Corning | -- |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | KeyGEN | KGF5101 |
| 一步法TB Green PrimeScript RT-PCR试剂盒II | TaKaRa | RR086B | |
| Western blotting | 抗AGTR1抗体 | Sigma-Aldrich | SAB3500209 |
| 抗COL1A1抗体 | Abclonal | A24112 | |
| 抗YAP抗体 | ProteinTech | 13584-1-AP | |
| 抗磷酸化YAP抗体 | Cell Signaling Technology | 13008 | |
| 抗RhoA抗体 | ProteinTech | 10749-1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | ProteinTech | 60004-1-Ig | |
| 免疫荧光 | TRITC标记的鬼笔环肽 | Yeasen | 40-734ES75 |
| RhoA活性检测 | RhoA G-LISA活化检测试剂盒 | Cytoskeleton | BK124 |
| 免疫细胞分离与共培养 | 人CD8阳性分选磁珠试剂盒 | Invitrogen | 11-333D |
| 免疫细胞培养 | ImmunoCult-XF T细胞扩增培养基 | STEMCELL Technologies | 10981 |
| 免疫细胞活化 | ImmunoCult人CD3/CD28 T细胞活化剂 | STEMCELL Technologies | 10971 |
| ELISA | IL-2 ELISA试剂盒 | Abclonal | RK04123 |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Abclonal | RK00030 | |
| PCR array | T细胞活化PCR芯片 | WcGene Biotech | WC-MRNA0138-H |
| 动物实验 | 抗小鼠PD-1抗体 | BioXCell | BE0273 |
| 抗小鼠CD8抗体 | Selleck | A2102 | |
| IHC染色 | 抗PD-L1抗体 | GeneTech | GT2280 |
| EnVision FLEX+检测系统 | Dako | K8009 | |
| mIHC染色 | Think color染色试剂盒 | FreeThinking | FH34020R |
| Masson染色 | 三色染色试剂盒 | FreeThinking | FH115100 |
| 单细胞测序 | Cell Ranger V.3.0.2 | 10x Genomics | V3.0.2 |
| scRNA-seq分析 | Seurat R包 | -- | -- |
| scRNA-seq整合 | Harmony R包 | -- | -- |
| 生信分析 | clusterProfiler R包 | -- | -- |
| 图像分析 | HALO软件 | Indica Labs | V3.4.2986 |
| 动物实验 | BP-2000动物血压分析系统 | Visitech System | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系及其培养基(MDA-MB-231, NCI-H1299, HGC-27, HS578T, 4T1) 阅读提示:Methods: Primary CAFs and cell lines |
| 药物处理 | losartan 10 µM, XMU-MP-1 1 µM 阅读提示:Methods: Primary CAFs and cell lines |
| 体内实验 | Balb/c小鼠, 4T1细胞5×10^6皮下接种, losartan 10 mg/kg口服每日, 抗PD-1 200 µg/只每周3次, 抗CD8 100 µg/只每周2次 阅读提示:Methods: Animal models |
| 临床样本 | NSCLC患者队列(270例)及ARB用药史 阅读提示:Methods: Clinical samples |