验证LAMP5-AS1对细胞凋亡和MLL融合蛋白的影响
确定LAMP5-AS1是否调控MLL白血病细胞存活和MLL融合蛋白水平。
使用siRNA或shRNA敲低LAMP5-AS1,通过流式细胞术检测细胞凋亡,通过western blot检测MLL融合蛋白水平,并通过qRT-PCR检测mRNA水平。
Blockade of the lncRNA-DOT1L-LAMP5 axis enhances autophagy and promotes degradation of MLL fusion proteins
体外细胞实验、原代细胞实验、体内异种移植模型及多种分子机制验证(ChIRP、ChIP、RNA pull-down、FISH/IF等)
MLL白血病细胞系(THP1、MOLM-13、MV4-11) MLL白血病患者原代细胞 NOD/SCID小鼠异种移植模型
细胞系:THP1、MOLM-13、MV4-11,培养条件:RPMI-1640或IMDM+10%FBS,37°C,5% CO2 siRNA敲低LAMP5-AS1和LAMP5,Neon转染系统 慢病毒shRNA建立稳定敲低(pGreenPuro载体) 皮下或尾静脉注射2×10^6个细胞,每组10只小鼠 自噬抑制剂巴弗洛霉素A1处理浓度25nM,时间12小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定LAMP5-AS1是否调控MLL白血病细胞存活和MLL融合蛋白水平。
使用siRNA或shRNA敲低LAMP5-AS1,通过流式细胞术检测细胞凋亡,通过western blot检测MLL融合蛋白水平,并通过qRT-PCR检测mRNA水平。
评估LAMP5-AS1敲低在体内的抗白血病效果。
将sh-LAMP5-AS1或sh-NC转染的细胞皮下或尾静脉注射NOD/SCID小鼠,监测肿瘤生长和存活,并分析器官中的白血病细胞浸润。
确认LAMP5-AS1是否调控LAMP5表达及两者表达相关性。
通过qRT-PCR和western blot检测敲低或过表达LAMP5-AS1后LAMP5的mRNA和蛋白水平,并进行Spearman相关性分析。
确定LAMP5-AS1是否通过DOT1L调节LAMP5基因座H3K79甲基化。
通过RNA pull-down和ChIRP验证LAMP5-AS1与DOT1L结合,用ChIP检测LAMP5基因座H3K79me2/3水平,并用FISH/IF观察共定位。
确认LAMP5-AS1通过调控自噬影响MLL融合蛋白降解。
敲低LAMP5-AS1或LAMP5,检测LC3B斑点、自噬溶酶体形成、LC3B-II蛋白水平,并用mRFP-GFP-LC3检测自噬流,同时用巴弗洛霉素A1处理验证MLL融合蛋白降解依赖自噬。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | HyClone | -- |
| IMDM培养基 | HyClone | -- | |
| 胎牛血清 | HyClone | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂盒 | Thermo Fisher | -- |
| RT-PCR | PrimeScript RT试剂盒 | Takara | DDR047A |
| SYBR Premix ExTaq实时PCR试剂盒 | Takara | -- | |
| RNA干扰 | Neon转染系统 | Invitrogen | -- |
| pGreenPuro shRNA克隆和表达载体 | System Biosciences | -- | |
| pSIH1-H1-siLuc-copGFP | -- | -- | |
| pCDH-CMV-MCS-EF1-Puro真核表达载体 | -- | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | -- |
| Halt蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher | -- | |
| 免疫印迹 | MLL1抗体 | BETHYL | A300-086A-3 |
| LC3B抗体 | Sigma | L7543 | |
| LAMP5抗体 | Sigma | A78501 | |
| β微管蛋白抗体 | Invitrogen | 32-2600 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Sigma | A2228 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| DOT1L抗体 | CST | 90878S | |
| H3抗体 | Abcam | Ab1791 | |
| H3K79me2抗体 | Abcam | Ab3594 | |
| H3K79me3抗体 | Abcam | Ab2621 | |
| IgG抗体 | CST | 3900 | |
| 山羊抗小鼠IgG HRP | Thermo Fisher | H10007 | |
| 山羊抗兔IgG HRP | Thermo Fisher | A18903 | |
| 免疫荧光 | 山羊抗兔IgG H&L DyLight 594 | Abcam | ab96885 |
| 山羊抗兔IgG H&L DyLight 647 | Abcam | ab150115 | |
| RNA pull-down | Pierce磁性RNA-蛋白质pull-down试剂盒 | Thermo Fisher | -- |
| ChIP | Magna ChIP G染色质免疫沉淀试剂盒 | Merck Millipore | 17-611 |
| RNA/DNA FISH | Ribo荧光原位杂交试剂盒 | RiboBio | -- |
| Cy3标记LAMP5-AS1 FISH探针混合物 | RiboBio | -- | |
| DIG High Prime DNA标记和检测试剂盒II | Roche | -- | |
| DIG-FITC | Abcam | ab119349 | |
| 显微镜观察 | Zeiss7 DUO NLO共聚焦激光显微镜 | Carl Zeiss | -- |
| 电镜观察 | JEM1400电子显微镜 | JEOL | -- |
| TEM | 抗LC3B抗体 | Novus Biologicals | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V/FITC和碘化丙啶(PI) | Lianke | -- |
| 流式分析 | BD FACSCelesta分析仪 | BD Biosciences | -- |
| 自噬检测 | mRFP-GFP-LC3质粒 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源、培养条件、转染方法、siRNA和shRNA序列 阅读提示:Methods中Cell isolation and culture和RNA interference and lentivector expression systems部分 |
| 凋亡实验 | 凋亡检测试剂、细胞处理时间、流式细胞仪型号 阅读提示:Methods中Flow cytometric analysis部分和Figure 1图注 |
| 体内实验 | 小鼠品系、年龄、性别、细胞数量、注射途径、观察时间、实验分组 阅读提示:Methods中Animal model部分和Figure 2图注 |
| 自噬检测 | LC3B抗体、TEM操作、mRFP-GFP-LC3使用、巴弗洛霉素A1浓度和时长 阅读提示:Methods中Transmission electron microscopy、Flow cytometric analysis和Figure 5-7图注 |