患者队列构建和样本采集
收集接受抗BCMA或抗GPRC5D治疗的多发性骨髓瘤患者样本,用于分析治疗前后基因改变。
对40例RRMM患者进行队列研究,在基线及进展时收集骨髓和/或髓外浆细胞瘤活检样本,并进行WGS、scCNV-seq等分析。
Mechanisms of antigen escape from BCMA- or GPRC5D-targeted immunotherapies in multiple myeloma
包含患者样本WGS、scCNV-seq及scRNA-seq、体外K562细胞系功能验证(TCE结合与杀伤)、蛋白稳定性及NF-κB通路实验等多个独立证据层级,并涉及功能验证和机制验证。
K562细胞系(表达野生型或突变BCMA) 多发性骨髓瘤患者CD138+浆细胞 健康供者PBMCs
TNFRSF17突变的类型和位置(p.Arg27Pro、p.Pro34del、p.Ser30del等) TCE浓度(0.01-100 nM)及效应细胞与靶细胞比例(10:1或1:1) 单细胞测序和WGS的样本类型及分析流程 流式检测中使用的抗体克隆(如19F2)和荧光标记
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集接受抗BCMA或抗GPRC5D治疗的多发性骨髓瘤患者样本,用于分析治疗前后基因改变。
对40例RRMM患者进行队列研究,在基线及进展时收集骨髓和/或髓外浆细胞瘤活检样本,并进行WGS、scCNV-seq等分析。
检测TNFRSF17和GPRC5D基因座的拷贝数变异、突变和结构变异。
使用bulk WGS、scCNV-seq和scRNA-seq分析患者的CD138+细胞,进行体细胞变异和克隆结构分析。
验证治疗前后BCMA和GPRC5D蛋白表达的变化。
通过流式细胞术和免疫组织化学检测患者CD138+细胞上的BCMA和GPRC5D表达。
评估BCMA突变对TCE结合和细胞毒性的影响。
构建表达野生型或突变BCMA的K562细胞系,与TCE或CAR T共培养,检测结合和杀伤效率。
探索BCMA突变对APRIL结合、NF-κB信号传导和可溶性BCMA产生的影响。
通过流式检测APRIL结合、ELISA和Western blot检测NF-κB激活、ELISA检测sBCMA水平。
评估TNFRSF17和GPRC5D基因座预存突变的频率。
分析CoMMpass数据集和MLL Munich Leukemia Laboratory WGS数据集中的相关突变。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本处理 | CD138磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-051-301 |
| 细胞转导 | pLX307慢病毒质粒 | Addgene | 17734 |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | -- | -- |
| RPMI培养基 | Gibco | 11875-093 | |
| PCR | KAPA HiFi HotStart ReadyMix PCR试剂盒 | Kapa Biosystems | KM2605 |
| DNA纯化 | QIAquick凝胶提取试剂盒 | QIAGEN | 28704 |
| 酶切 | NheI限制酶 | New England Biolabs | R3131M |
| EcoRV限制酶 | New England Biolabs | R0195S | |
| 连接 | T4 DNA连接酶 | New England Biolabs | M0202L |
| 转化 | NEB稳定感受态大肠杆菌细胞 | New England Biolabs | C3040H |
| 质粒提取 | QIAprep旋转小提试剂盒 | QIAGEN | 27106 |
| EndoFree质粒大提试剂盒 | QIAGEN | 12362 | |
| 慢病毒包装 | psPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 |
| pMD2.G包膜质粒 | Addgene | 12259 | |
| 转染 | 磷酸钙转染试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K278001 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965-092 |
| T细胞激活 | ImmunoCult人CD3/28 T细胞激活剂 | Stemcell | 10971 |
| T细胞培养 | ImmunoCult-XF T细胞扩增培养基 | Stemcell | 10981 |
| 细胞因子 | 白细胞介素-2 | -- | -- |
| TCE结合 | 抗BCMA BiTE | BPS Bioscience | 100689 |
| 特立妥单抗 | Janssen Pharmaceuticals | -- | |
| 埃纳妥单抗 | Pfizer | -- | |
| 阿努妥单抗 | Bristol Myers Squibb | -- | |
| 流式染色 | CellTrace紫 | Thermo Fisher Scientific | C34557 |
| 钙黄绿素AM | Thermo Fisher Scientific | C1430 | |
| 碘化丙啶 | BioVision | 1056 | |
| 抗IgG4 Fc抗体 | -- | -- | |
| 抗IgG2 Fc抗体 | -- | -- | |
| 抗IgG Fc抗体 | -- | -- | |
| ELISA | 人BCMA/TNFRSF17 DuoSet ELISA试剂盒 | R&D Systems | DY193 |
| 蛋白定量 | DC蛋白定量试剂盒 | BioRad | -- |
| Western blot | V5探针sv5-pk小鼠抗体 | Santa Cruz | sc-58052 |
| 抗小鼠IgG HRP连接抗体 | Cell Signaling | 7076S | |
| GAPDH(14C10)兔抗体 | Cell Signaling | 2118L | |
| 抗兔IgG HRP连接抗体 | Cell Signaling | 7074S | |
| NF-κB激活 | TransAM NF-κB p65试剂盒 | Active Motif | 40096 |
| 核提取试剂盒 | Active Motif | 40010 | |
| ProStain蛋白定量试剂盒 | Active Motif | 15001 | |
| γ-分泌酶抑制 | 尼罗加司他 | MedChemExpress | HY-15185 |
| 单细胞测序 | KAPA文库定量qPCR试剂盒 | Kapa Biosystems | -- |
| 测序 | Illumina NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- |
| WGS | TruSeq DNA Nano文库制备试剂盒 | Illumina | 20015965 |
| Covaris LE220超声仪 | Covaris | -- | |
| Qubit荧光计 | Life Technologies | -- | |
| Spectramax M2酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 片段分析仪 | Advanced Analytical | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| dPCR | QuantStudio 3D数字PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| QuantStudio 3D芯片v.2 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ProFlex平板PCR热循环仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 流式分析 | CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| 数据分析 | Kaluza分析软件 | Beckman Coulter | -- |
| 单细胞测序 | GemCode系统 | 10x Genomics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本处理 | CD138+细胞分离方法,存储条件 阅读提示:Methods: Patient CD138+ sample collection |
| WGS分析 | 测序覆盖度、比对参考基因组、变异调用工具及参数 阅读提示:Methods: WGS and analysis |
| scCNV-seq | 单细胞文库制备流程、测序平台、数据分析软件版本 阅读提示:Methods: ScRNA-seq and scCNV-seq and analysis |
| 体外细胞实验 | K562细胞系构建(转导方法)、TCE浓度、效应细胞比例、共培养时间 阅读提示:Methods: TCE and CAR T cytotoxicity assay |
| 蛋白检测 | 抗体克隆号、稀释比例、检测条件 阅读提示:Methods: Patient CD138+ MM cell BCMA and GPRC5D expression detection by flow cytometry; Western blotting |
| 统计设计 | 统计方法、重复次数、P值计算方式 阅读提示:Methods: Statistical analysis |