鉴定PD-L1的N-糖基化及其位点
确定PD-L1是否存在N-糖基化以及具体的糖基化位点。
用PNGase F、Endo H和O-glycosidase处理细胞裂解物,Western blot检测PD-L1分子量变化;用LC-MS/MS鉴定糖肽;构建PD-L1 NQ突变体确定糖基化位点。
Glycosylation and stabilization of programmed death ligand-1 suppresses T-cell activity.
包含体外细胞模型、小鼠同系肿瘤模型和患者样本,并进行了功能验证(T细胞杀伤、IL-2表达)和机制验证(泛素化、磷酸化、糖基化位点突变)。
人乳腺癌细胞系BT549、MDA-MB-231、MDA-MB-468 人胚胎肾细胞HEK 293T 小鼠乳腺癌细胞系4T1及4T1-Luc同系BALB/c小鼠模型 人乳腺癌患者组织样本
PD-L1 N-糖基化位点:N35、N192、N200、N219的突变(NQ)对蛋白稳定性的影响 GSK3β对PD-L1的磷酸化位点:T180和S184的突变(3SA)对PD-L1降解和功能的影响 EGF处理浓度和时间:25 ng/ml EGF过夜处理对PD-L1表达的诱导 吉非替尼体内给药方案:10 mg/kg每日口服,每周5天,持续2周 抗PD-1抗体体内给药方案:100 μg腹腔注射,接种后第3、6、9、12天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定PD-L1是否存在N-糖基化以及具体的糖基化位点。
用PNGase F、Endo H和O-glycosidase处理细胞裂解物,Western blot检测PD-L1分子量变化;用LC-MS/MS鉴定糖肽;构建PD-L1 NQ突变体确定糖基化位点。
探究糖基化是否影响PD-L1蛋白稳定性及泛素化降解。
用CHX处理细胞检测PD-L1半衰期;用MG132处理检测泛素化;比较WT和NQ突变体的稳定性和泛素化水平。
确定GSK3β是否结合并磷酸化非糖基化PD-L1,以及是否介导其降解。
GST pull-down、co-IP、Duolink assay检测相互作用;免疫复合物激酶实验检测磷酸化;用GSK3β CA、KD和β-TrCP过表达检测PD-L1降解和泛素化。
验证GSK3β介导的PD-L1降解是否影响PD-1结合、T细胞杀伤和体内肿瘤生长。
PD-1/Fc结合实验、T细胞介导的肿瘤细胞杀伤实验、4T1同系小鼠模型肿瘤生长和T细胞浸润分析。
确定EGF是否通过抑制GSK3β来稳定PD-L1。
用多种生长因子处理细胞,Western blot和流式检测PD-L1表达;用EGFR抑制剂处理;IHC分析人乳腺癌组织中p-EGFR、p-GSK3β、PD-L1和granzyme B的相关性。
验证抑制EGFR信号是否能增强PD-1阻断疗法的抗肿瘤效果。
在4T1-Luc同系小鼠模型中,单独或联合使用吉非替尼和抗PD-1抗体,监测肿瘤生长、生存期和T细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | InvivoGen | -- |
| 转染 | 脂质体2000 | Life Technologies | -- |
| FuGENE 6转染试剂 | -- | -- | |
| 糖基化分析 | 肽N-糖苷酶F | New England BioLabs | -- |
| 内切糖苷酶H | New England BioLabs | -- | |
| O-糖苷酶 | New England BioLabs | -- | |
| 糖蛋白染色试剂盒 | Pierce/Thermo Scientific | -- | |
| 蛋白稳定性实验 | MG132 | -- | -- |
| 衣霉素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Western blot | Flag抗体 | Sigma-Aldrich | F3165 |
| Myc抗体 | Roche Diagnostics | 11667203001 | |
| HA抗体 | Roche Diagnostics | 11666606001 | |
| PD-L1抗体 | Cell Signaling Technology | 13684 | |
| PD-L1抗体 | BioLegend | 329702 | |
| PD-L1抗体 | GeneTex | GTX117446 | |
| PD-L1抗体 | R&D Systems | AF156 | |
| PD-1抗体 | Abcam | ab52587 | |
| 颗粒酶B抗体 | Abcam | ab4059 | |
| EGFR抗体 | Cell Signaling Technology | 4267 | |
| GSK3β抗体 | Cell Signaling Technology | 9315 | |
| 磷酸化GSK3β Ser 9抗体 | Cell Signaling Technology | 9336 | |
| β-TrCP抗体 | Cell Signaling Technology | 4394 | |
| α-微管蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | B-5-1-2 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | A2228 | |
| 药物处理 | 表皮生长因子 | Sigma-Aldrich | -- |
| 吉非替尼 | Calbiochem Corp | -- | |
| 厄洛替尼 | Calbiochem Corp | -- | |
| 拉帕替尼 | Calbiochem Corp | -- | |
| 西妥昔单抗 | Calbiochem Corp | -- | |
| AG1478 | Calbiochem Corp | -- | |
| 抗体生成 | 小鼠抗磷酸化PD-L1 T180抗体 | LifeTein | -- |
| 小鼠抗磷酸化PD-L1 S184抗体 | LifeTein | -- | |
| 免疫细胞化学 | 抗小鼠Alexa Fluor 488 | Life Technologies | -- |
| 抗兔Alexa Fluor 594 | Life Technologies | -- | |
| DAPI | Life Technologies | -- | |
| PD-1结合实验 | 重组人PD-1 Fc蛋白 | R&D Systems | -- |
| 抗人Alexa Fluor 488 | Life Technologies | -- | |
| T细胞杀伤实验 | caspase 3/7底物 | Essen Bioscience | -- |
| 抗CD3抗体 | -- | -- | |
| 白细胞介素-2 | -- | -- | |
| 共培养实验 | 人IL-2 ELISA试剂盒 | Thermo Scientific | -- |
| qRT-PCR | RNeasy迷你试剂盒 | Qiagen | -- |
| SuperScript III第一链cDNA合成系统 | Life Technologies | -- | |
| iQ5实时PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| 动物实验 | Matrigel基底膜基质 | BD Biosciences | -- |
| 抗PD-1抗体(RMP1-14) | Bio X Cell | RMP1-14 | |
| 大鼠IgG | Bio X Cell | -- | |
| 肿瘤浸润淋巴细胞分析 | 胶原酶/透明质酸酶 | Stemcell Technologies | -- |
| DNA酶 | Sigma | -- | |
| Ficoll梯度 | Sigma | -- | |
| Dynabeads未接触小鼠T细胞试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| 流式细胞术 | CD3-PerCP | BioLegend | -- |
| CD4-FITC | eBioscience | -- | |
| CD8-APC/Cy7 | BioLegend | -- | |
| CD45.1-PE | BioLegend | -- | |
| IFNγ-Pacific Blue | BioLegend | -- | |
| BD FACSCanto II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| Western blot成像 | Odyssey红外成像系统 | LI-COR Biosciences | -- |
| 糖基化检测 | IRDye 800CW 2-DG光学探针 | LI-COR Biosciences | -- |
| 免疫细胞化学 | 多光子共聚焦激光扫描显微镜 | Carl Zeiss | -- |
| PD-1结合实验 | Synergy Neo酶标仪 | BioTeK | -- |
| 共聚焦激光扫描显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| 动态PD-1结合 | IncuCyte Zoom显微镜 | Essen Bioscience | -- |
| IHC | PD-L1抗体 | Cell Signaling Technology | 13684 |
| 磷酸化EGFR(Y1068)抗体 | Cell Signaling Technology | 3777 | |
| 磷酸化GSK3β(S9)抗体 | Cell Signaling Technology | 9323 | |
| 颗粒酶B抗体 | Abcam | ab4059 | |
| N-糖肽鉴定 | 测序级胰蛋白酶 | -- | -- |
| ZipTip C18 | Millipore | -- | |
| Orbitrap Fusion三合一质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| UltiMate 3000 RSLCnano系统 | Thermo Scientific | -- | |
| Acclaim PepMap 100捕集柱 | Dionex | -- | |
| Acclaim PepMap RSLC分析柱 | Dionex | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PD-L1糖基化位点鉴定 | 糖基化位点突变体(N35Q、N192Q、N200Q、N219Q、4NQ)的构建和验证;PNGase F和Endo H处理条件;LC-MS/MS参数 阅读提示:Methods 'Glycosylation analysis of PD-L1'和'Identification of N-glycopeptide',Figure 1d-h |
| PD-L1稳定性与泛素化实验 | CHX浓度(20 μM)和处理时间;MG132浓度;TM浓度;PD-L1 NQ突变体;泛素化检测用K48泛素抗体 阅读提示:Figure 2a-g,Methods 'Western blot analysis and immunoprecipitation' |
| GSK3β与PD-L1相互作用及磷酸化 | GSK3β CA(S9A)和KD(K85A)突变体;PD-L1磷酸化位点突变体(S176A、T180A、S184A、3SA);抗磷酸化PD-L1 T180和S184抗体;λ-磷酸酶处理 阅读提示:Figure 3b-e,Supplementary Fig. 5-6,Methods 'Antibody generation' |
| T细胞杀伤和PD-1结合实验 | PD-L1 WT和3SA表达的BT549细胞;活化T细胞的比例和来源;共培养时间(96小时);PD-1/Fc蛋白浓度;流式细胞术检测 阅读提示:Figure 3f-g,Methods 'PD-L1 and PD-1 interaction assay'和'T-cell-mediated tumour cell-killing assay' |
| 体内肿瘤模型和药物治疗 | 4T1或4T1-Luc细胞接种数量(5×10^4)和部位(乳腺脂肪垫);Matrigel比例;吉非替尼剂量(10 mg/kg)和给药方案;抗PD-1抗体剂量(100 μg)和给药时间;小鼠品系(BALB/c)和性别周龄(6-8周雌性);每组小鼠数量 阅读提示:Methods 'Animal treatment protocol',Figure 3h,Figure 5f-j |
| EGF信号和EGFR抑制剂实验 | EGF浓度(25 ng/ml)和处理时间(过夜);其他生长因子浓度;EGFR抑制剂浓度(1 μM)和处理时间(2小时预处理);血清饥饿条件 阅读提示:Figure 4a-e,Figure 5a-b,Methods 'Antibodies and chemicals' |
| 人乳腺癌组织IHC | 抗体稀释比例(PD-L1 1:30,p-EGFR 1:200,p-GSK3β 1:200,Granzyme B 1:100);染色评分标准;统计方法(Pearson χ2-test) 阅读提示:Methods 'IHC staining of human breast tumour tissue samples',Supplementary Fig. 8c |