RELA调控胰岛特异性代谢基因网络,对β细胞功能至关重要

RELA governs a network of islet-specific metabolic genes necessary for beta cell function

作者信息Nathan W Zammit, Ying Ying Wong, Stacey N Walters, Joanna Warren, Simon C Barry, Shane T Grey
PMID37311878
发布时间2023-08
DOI10.1007/s00125-023-05931-6

实验完整度

包含多个独立证据层级:β细胞特异性基因敲除小鼠模型、体外胰岛功能实验、移植实验、人胰岛ATAC-seq、pcHi-C和ChIP-seq生物信息学分析,以及功能验证和机制验证。

主要模型

βp65KO小鼠(β细胞特异性Rela敲除) βNEMOKO小鼠(β细胞特异性Ikbkg敲除) βA20Tg小鼠(β细胞特异性Tnfaip3过表达) 人胰岛组织

重点核对

小鼠品系:C57BL/6背景,RIP-cre介导的β细胞特异性基因敲除或过表达 实验分组:βp65KO、βNEMOKO、βA20Tg及其各自同窝对照(p65fl/fl、NEMOfl/fl、A20fl/fl) 代谢检测:i.p. GTT(2 g/kg葡萄糖)和i.v. GTT(1 g/kg葡萄糖) 胰岛功能检测:体外GSIS(20 mmol/l葡萄糖) 移植实验:最小量胰岛移植(80个胰岛)到链脲佐菌素诱导糖尿病小鼠肾囊下

摘要

目的/假设:NF-κB的激活在多种疾病中联合代谢和炎症反应,但关于NF-κB在正常代谢中的作用知之甚少。在本研究中,我们探讨了RELA如何影响β细胞转录景观,并提供对血糖调节的网络控制。方法:我们生成了新的小鼠品系,携带β细胞特异性缺失Rela基因(编码经典NF-κB转录因子p65,βp65KO小鼠)或Ikbkg基因(编码NF-κB必需调节因子NEMO,βNEMOKO小鼠),以及βA20Tg小鼠,其携带β细胞特异性和强制转基因表达NF-κB负调节基因Tnfaip3(编码A20蛋白)。小鼠研究辅以生物信息学分析,包括人胰岛染色质可及性(转座酶可及性染色质测序[ATAC-seq])、启动子捕获Hi-C(pcHi-C)和p65结合(染色质免疫沉淀测序[ChIP-seq])数据,以研究人β细胞代谢程序的基因组范围控制。结果:Rela缺失导致刺激依赖性炎症基因上调完全丧失,与其在炎症调控中的已知作用一致。然而,Rela缺失也使小鼠葡萄糖不耐受,原因是胰岛素分泌的功能丧失。葡萄糖不耐受是β细胞固有的,因为βp65KO胰岛在体外面对葡萄糖刺激未能分泌胰岛素,并且移植到继发性化学诱导高血糖受者体内无法恢复代谢控制。维持葡萄糖耐量需要Rela,但不依赖于经典的NF-κB炎症级联,因为通过β细胞敲除Ikbkg(NEMO)或β细胞过表达Tnfaip3(A20)阻断体内NF-κB信号传导,并未引起严重的葡萄糖不耐受。因此,基础p65活性在维持正常葡萄糖稳态中具有必需且胰岛固有的作用。全基因组生物信息学作图揭示了p65结合位点存在于特定代谢基因的启动子区域以及大多数胰岛增强子枢纽(约1300个枢纽中的约70%)中,这些枢纽负责塑造β细胞类型特异性基因表达程序。确实,在胰岛增强子枢纽基因的大网络中鉴定的胰岛特异性代谢基因Slc2a2、Capn9和Pfkm在βp65KO胰岛中表现出失调表达。结论/解释:这些数据证明了RELA作为胰岛特异性转录程序调节因子的未被认识的作用,这些程序对于维持健康的葡萄糖代谢至关重要。这些发现对使用影响NF-κB激活并与糖尿病相关的抗炎药具有临床意义。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
RELAs(NF-κB p65)在正常β细胞功能和葡萄糖稳态中的具体作用是什么?
核心机制
基础p65活性通过直接结合代谢基因启动子和远程胰岛增强子枢纽,协调胰岛特异性代谢基因表达程序,从而维持β细胞对葡萄糖刺激的胰岛素分泌功能。
主要证据
βp65KO小鼠显示葡萄糖不耐受和胰岛素分泌缺陷,体外胰岛GSIS受损,移植后不能恢复血糖;而βNEMOKO和βA20Tg小鼠未见严重表型。人胰岛ATAC-seq和ChIP-seq显示p65结合位点富集于增强子枢纽,且βp65KO胰岛中Slc2a2、Capn9、Pfkm等代谢基因表达改变。
研究意义
揭示了RELA在正常代谢中的新作用,提示使用影响NF-κB活性的抗炎药(如糖皮质激素)可能通过干扰p65依赖的增强子枢纽来影响血糖控制,为糖尿病治疗策略提供警示。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

构建β细胞特异性基因修饰小鼠模型并进行基础表征

验证β细胞特异性Rela、Ikbkg或Tnfaip3改变的效率及对炎症信号通路的影响。

生成βp65KO、βNEMOKO和βA20Tg小鼠,检测胰岛中基因和蛋白水平,并评估TNF刺激后NF-κB和JNK通路激活及炎症基因表达。

2

评估体内葡萄糖稳态和胰岛素分泌功能

确定p65缺失对整体葡萄糖耐量和胰岛素分泌的影响。

进行腹腔和静脉葡萄糖耐量试验,检测血糖和胰岛素水平,并评估β细胞质量。

3

体外胰岛功能及移植实验

验证胰岛素分泌缺陷是否为胰岛固有特性,以及是否可在体内环境中恢复功能。

分离胰岛进行葡萄糖刺激的胰岛素分泌实验,并将胰岛移植到糖尿病小鼠肾囊下,监测血糖恢复。

4

人胰岛组学数据整合分析

识别p65在全基因组范围内对β细胞代谢基因的调控位点,特别是增强子枢纽。

分析人胰岛ATAC-seq、pcHi-C和p65 ChIP-seq数据,鉴定p65结合位点,并与胰岛增强子枢纽进行重叠,进行GO分析。

5

验证候选代谢基因的表达变化

验证p65缺失对候选代谢基因表达的影响。

通过实时定量PCR检测βp65KO和对照胰岛中Slc2a2、Capn9以及微阵列分析糖酵解基因的表达。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
FreeStyle Lite血糖仪Abbott Diabetes Care--
ELISA试剂盒Cayman Chemical--
抗胰岛素抗体Cell Signaling Technology4590
HRP标记的聚合物偶联山羊抗兔IgG(Dako EnVision+系统)Dako--
抗A20抗体(D13H3)Cell Signaling Technology56305
抗IκBα抗体Cell Signaling Technology9242
抗磷酸化IκBα抗体(I4D4)Cell Signaling Technology2859
抗IKKγ抗体Cell Signaling Technology2585
抗JNK抗体Cell Signaling Technology9252
抗磷酸化JNK抗体Cell Signaling Technology9255
抗p65抗体(L8F6)Cell Signaling Technology6956
抗mCherry抗体Abcamab183628
抗β-肌动蛋白抗体(AC-15)Sigma-Aldrich--
HRP偶联的二抗山羊抗小鼠IgG FcPierce Antibodies--
驴抗兔IgGGE Life Sciences--
ECL检测试剂盒GE Life Sciences--
RNeasy Plus微型试剂盒Qiagen--
Quantitect逆转录试剂盒Qiagen--
LightCycler 480实时PCR系统Roche--
PowerUP SYBR Green预混液Applied Biosystems--
TaqMan基因表达预混液Applied Biosystems--
链脲佐菌素----
四氧嘧啶----
葡萄糖Sigma-Aldrich--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
动物模型构建
小鼠品系:C57BL/6,RIP-cre介导的β细胞特异性基因敲除或过表达;基因型:p65fl/fl、βp65KO、NEMOfl/fl、βNEMOKO、A20fl/fl、βA20Tg
阅读提示:Methods - Animal studies
代谢表型分析
葡萄糖耐量试验:腹腔注射2 g/kg葡萄糖(i.p. GTT)或静脉注射1 g/kg葡萄糖(i.v. GTT);禁食时间:16小时;小鼠周龄:8周;性别:雌性和雄性;样本量:i.p. GTT (p65fl/fl, n=17; βp65KO, n=17),i.v. GTT (p65fl/fl, n=9; βp65KO, n=9)
阅读提示:Methods - Metabolic studies; 图1h、1i
胰岛功能检测
GSIS实验:20 mmol/l葡萄糖;体外实验胰岛分离;移植实验:80个胰岛,同源C57BL/6受体,链脲佐菌素诱导糖尿病,血糖≥16 mmol/l,监测时间点
阅读提示:Methods - Metabolic studies, Minimal mass islet transplantation; 图1l、1m
分子与信号通路分析
TNF刺激浓度和时间;免疫印迹检测的蛋白(p65、IκBα、p-JNK等);RT-qPCR检测的炎症基因和代谢基因
阅读提示:Methods - Immunoblot analysis, Real-time quantitative PCR; 图1b、1e、2c、2e、3c、3e
生物信息学分析
ATAC-seq数据来源(GEO GSE129383);pcHi-C数据;p65 ChIP-seq数据;重叠分析定义(至少一个p65足迹位于增强子枢纽);GO分析工具和参数
阅读提示:Methods - Bioinformatic analysis of islet enhancer hubs, ATAC-seq data processing