Perturb-Multimodal：一种在完整哺乳动物组织中进行成像与测序的混合遗传筛选平台

后生动物生命需要数千个基因在空间组织的细胞类型中协调活动。理解组织功能的基础需要方法来剖析体内多种细胞和组织表型的遗传控制。在此，我们提出了Perturb-Multimodal（Perturb-Multi），一种配对成像和测序的方法，用于在具有混合遗传扰动的组织中构建大规模、多模态的基因型-表型图谱。通过成像，我们在单个细胞中识别扰动，同时测量其基因表达谱和亚细胞形态。通过单细胞测序，我们测量对相同扰动的全转录组反应。我们将Perturb-Multi应用于研究小鼠肝脏中数百个遗传扰动。我们揭示了肝细胞分区、未折叠蛋白反应和脂肪变性的动态控制背后的候选遗传调控因子和机制。Perturb-Multi加速了复杂细胞和组织生理学的遗传基础的发现，并为新兴的细胞功能机器学习模型提供了关键的训练数据。