SYNCRIP缺失与AR靶向治疗耐药表型
验证SYNCRIP缺失是否导致前列腺癌对恩杂鲁胺耐药
在LNCaP/AR、CWR22Pc、MDA-PCa-2b细胞中敲低/敲除SYNCRIP,检测恩杂鲁胺处理下细胞活力与增殖,并用全长SYNCRIP回补
Loss of SYNCRIP unleashes APOBEC-driven mutagenesis, tumor heterogeneity, and AR-targeted therapy resistance in prostate cancer.
细胞系基因敲除、小鼠移植瘤、患者来源外植体与类器官、WES与单细胞测序多层级证据,并含功能与机制验证
LNCaP/AR细胞系 CWR22Pc与MDA-PCa-2b细胞系 SYNCRIP缺失SREX耐药细胞系 SCID小鼠移植瘤模型
LNCaP/AR、CWR22Pc、MDA-PCa-2b中SYNCRIP敲低/敲除后恩杂鲁胺敏感性变化及全长SYNCRIP回补 去势SCID小鼠LNCaP/AR移植瘤中恩杂鲁胺10 mg/kg灌胃的肿瘤生长 SYNCRIP/APOBEC3B共免疫沉淀及结构域截短体互作验证 WES检测TCW基序C→T/G/A突变与APOBEC特征突变SBS2+SBS13 FRET脱氨酶活性和60基因CRISPR竞争筛选
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证SYNCRIP缺失是否导致前列腺癌对恩杂鲁胺耐药
在LNCaP/AR、CWR22Pc、MDA-PCa-2b细胞中敲低/敲除SYNCRIP,检测恩杂鲁胺处理下细胞活力与增殖,并用全长SYNCRIP回补
在动物模型中验证SYNCRIP缺失对恩杂鲁胺疗效的影响
将转导sgNT或sgSYNCRIP的LNCaP/AR细胞皮下接种去势SCID小鼠,给予恩杂鲁胺或溶媒,测量肿瘤生长并进行H&E与IHC
验证SYNCRIP缺失是否释放APOBEC驱动的DNA突变
对shNT与shSYN LNCaP/AR细胞进行WES,分析TCW基序C→T/G/A突变和SBS2+SBS13;构建单克隆SKSC/NTSC;用FRET法检测脱氨酶活性
确定关键APOBEC成员并解析SYNCRIP抑制APOBEC3B的结构基础
在HEK293T和LNCaP/AR中进行co-IP与GST pull-down,敲低各APOBEC后检测耐药,使用APOBEC3B抑制剂phloretin和icariside I,并构建截短体定位互作域
鉴定SYNCRIP缺失肿瘤中携带APOBEC突变且驱动耐药的关键基因
整合WES突变频率与下游表达变化选出16个候选基因及44个下游基因,用CRISPR敲除60个基因,通过FACS竞争实验检测恩杂鲁胺耐药性变化
解析APOBEC驱动突变与肿瘤异质性在耐药演化中的作用
对shNT与shSYN LNCaP/AR细胞在溶媒、急性恩杂鲁胺5天和长期恩杂鲁胺14天条件下进行scRNA-seq,计算ITH评分和拟时序轨迹
在患者来源外植体和类器官中验证APOBEC3B对耐药的驱动作用
用恩杂鲁胺处理PDE并检测APOBEC3B表达;在耐药PDO MSK-PCa3和MSK-PCa9中联合恩杂鲁胺与APOBEC3B抑制剂
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| Western blot | 兔抗SYNCRIP多克隆抗体 | Sigma-Aldrich | HPA041275 |
| 兔抗雄激素受体单克隆抗体(D6F11) | Cell Signaling Technology | 5153S | |
| 兔抗APOBEC3B多克隆抗体(N端) | Abcam | ab191695 | |
| 药物处理 | 恩杂鲁胺 | Selleck Chemicals | S1250 |
| 根皮素 | Sigma-aldrich | P7912-25MG | |
| 淫羊藿次苷I | MedChem Express | HY-N1939 | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | F0926 |
| 活性炭处理胎牛血清 | Gibco | 12-676-029 | |
| TrypLE消化液 | Gibco | 12605-010 | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher | 11668500 |
| 细胞活力检测 | CellTiter-Glo发光细胞活力检测试剂盒 | Promega | 7570 |
| 共免疫沉淀 | 抗FLAG M2磁珠 | Sigma-Aldrich | M8823 |
| 免疫组化 | ImmPACT DAB过氧化物酶底物 | LSBio | LS-J1075-120 |
| 彗星实验 | 单细胞凝胶电泳彗星实验试剂盒 | R&D Systems | 4250-050-K |
| DNA提取 | DNeasy血液与组织DNA提取试剂盒 | Qiagen | 69506 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| SYNCRIP缺失细胞耐药表型 | 细胞系(LNCaP/AR、CWR22Pc、MDA-PCa-2b)及各自恩杂鲁胺浓度与处理时间 阅读提示:Figure 1F–1I图注及Cell proliferation assay方法 |
| 体内移植瘤实验 | 细胞接种数量、小鼠品系与周龄、去势时间、恩杂鲁胺10 mg/kg给药方式 阅读提示:Xenograft tumor formation experiments方法及Figure 1J图注 |
| APOBEC突变与脱氨酶活性检测 | WES分析中TCW基序与SBS2+SBS13定义、FRET底物与孵育条件 阅读提示:Exome-seq与FRET-based deaminase activity assay方法及Figure 2D–2J图注 |
| APOBEC3B抑制剂实验 | phloretin 1 μM与icariside I 10 μM浓度、处理6天 阅读提示:Cell proliferation assay方法及Figure 3I图注 |
| 患者来源类器官实验 | PDO培养基、恩杂鲁胺5 μM及抑制剂处理13天 阅读提示:Patient derived explant (PDE), patient derived organoids (PDO)方法及Figure 4L–4N图注 |