药物敏感性筛选鉴定ERBB脆弱性
寻找DFTD肿瘤细胞特异的药物脆弱点
用>2500种化合物对4株DFTD细胞系和成纤维细胞进行高通量细胞活力筛选,并对命中药物进行剂量反应验证
The ERBB-STAT3 Axis Drives Tasmanian Devil Facial Tumor Disease.
包含DFTD细胞系体外实验、原发肿瘤活检组织多组学分析及NSG小鼠异种移植模型体内验证,并有功能与机制验证。
DFTD肿瘤细胞系T1-T4 袋獾成纤维细胞系 袋獾原发肿瘤及健康组织活检 NSG小鼠DFTD异种移植模型
DFTD细胞系T1-T4与成纤维细胞对照的细胞活力筛选(>2500化合物,4点剂量反应) ERBB抑制剂sapitinib 50 mg/kg每日一次治疗NSG小鼠DFTD异种移植瘤 STAT3抑制剂DR-1-55 10 mg/kg每两天一次治疗NSG小鼠DFTD异种移植瘤 rIFN-γ与sapitinib联合处理DFTD细胞系T1检测MHC I类基因表达 Western blot检测ERBB2/ERBB3、STAT3、ERK1/2磷酸化水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
寻找DFTD肿瘤细胞特异的药物脆弱点
用>2500种化合物对4株DFTD细胞系和成纤维细胞进行高通量细胞活力筛选,并对命中药物进行剂量反应验证
确认DFTD细胞中ERBB家族成员的表达和磷酸化水平
用实时PCR、Western blot和免疫组化检测DFTD细胞系和原发肿瘤活检中ERBB2/ERBB3的表达及磷酸化
全面刻画DFTD肿瘤的蛋白质和表观遗传特征
对原发肿瘤和健康组织进行质谱蛋白质组分析和RRBS DNA甲基化测序,鉴定差异蛋白和差异甲基化基因
验证ERBB信号与STAT3激活的因果关系
用STAT3抑制剂PG-S3-009和DR-1-55处理DFTD细胞,检测细胞活力和STAT3磷酸化;用ERBB抑制剂lapatinib和sapitinib处理,检测STAT3磷酸化
探究ERBB-STAT3轴与MHC I类基因表达的关系
用rIFN-γ和/或sapitinib处理DFTD细胞,检测B2M和SAHA-UC表达;免疫共沉淀验证STAT3与STAT1相互作用
评估靶向ERBB-STAT3轴在体内的治疗效果
将DFTD细胞系T1皮下移植到NSG小鼠,分别用sapitinib或DR-1-55治疗,监测肿瘤生长并分析肿瘤组织
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | Sapitinib | Adooq Bioscience | A10116 |
| 拉帕替尼 | Adooq Bioscience | A10514 | |
| PG-S3-009 | -- | -- | |
| DR-1-55 | -- | -- | |
| 细胞培养 | RPMI培养基 | Gibco | 21875-034 |
| 胎牛血清 | PAA | A15-101 | |
| 青霉素-链霉素-谷氨酰胺 | Gibco | 10378-016 | |
| Advanced DMEM培养基 | Gibco | 12491-015 | |
| 胰蛋白酶-EDTA | Gibco | 25300-054 | |
| 细胞活力检测 | CellTiter-Glo发光细胞活力检测 | Promega | G7573 |
| 实时PCR | SYBR Select预混液 | Applied Biosystems | 4472908 |
| Western blot | 抗STAT3小鼠单克隆抗体 | BD Biosciences | 610189 |
| 抗磷酸化STAT3 (Y705)兔多克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 9131 | |
| 抗磷酸化STAT3 (S727)兔多克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 9134 | |
| 抗HER2/ErbB2兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 4290 | |
| 抗磷酸化HER2/ErbB2 (Y1221/1222)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 2243 | |
| 抗HER3/ErbB3兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 12708 | |
| 抗磷酸化HER3/ErbB3 (Y1289)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 2842 | |
| 抗ERK1/2兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗磷酸化ERK1/2 (T202/Y204)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9172 | |
| 抗磷酸酪氨酸抗体(4G10) | Merck Millipore | 05-321 | |
| 免疫组化 | 抗Periaxin/PRX抗体 | Sigma Aldrich | HPA001868 |
| Ki67抗体 | Leica Biosystems | KI67-MM1-L-CE | |
| Cleaved Caspase 3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661S | |
| 抗MMP2兔多克隆抗体 | Abcam | ab37150 | |
| 免疫沉淀 | Dynabeads蛋白G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 10004D |
| 蛋白质组学 | 组织研磨仪 | Qiagen | -- |
| BCA蛋白检测试剂盒 | Pierce Biotechnology | -- | |
| DNA/RNA提取 | AllPrep DNA/RNA迷你试剂盒 | Qiagen | 80204 |
| DNA甲基化分析 | Illumina HiSeq 3000/4000测序仪 | Illumina | -- |
| RNA测序 | TruSeq链特异性mRNA LT样本制备试剂盒 | Illumina | -- |
| 血清生化分析 | IDEXX VetTest 8008生化分析仪 | IDEXX GmbH | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 药物筛选 | 化合物库来源(TargetMol Cat#L1600、Cayman Chemical Cat#10505)、细胞接种密度(DFTD 5000/孔,成纤维细胞2500/孔)、处理时间72小时、检测方法(CellTiter-Glo) 阅读提示:Methods Details中Drug Viability Screen小节 |
| 异种移植实验 | NSG小鼠来源(Jackson Laboratory Cat#005557)、细胞接种量(1×10^6 T1细胞)、注射部位(双侧flank)、治疗起始肿瘤体积(约3 mm³)、sapitinib剂量(50 mg/kg每日一次)、DR-1-55剂量(10 mg/kg每两天一次)、每组小鼠数(n=5) 阅读提示:Methods中Mouse Xenograft Studies小节及Figure 4和5图注 |
| 细胞培养 | DFTD细胞系T1-T4来源、培养基(RPMI+10%FBS+1%Pen Strep Glutamine+50 μM 2-巯基乙醇)、成纤维细胞培养基(Advanced DMEM+10%FBS+1%Pen Strep Glutamine)、培养条件(35°C,5% CO2) 阅读提示:Experimental Model and Subject Details中Cell Culture and Tissue Biopsies小节 |
| STAT3抑制剂处理 | PG-S3-009浓度(2 μM)、DR-1-55浓度(4 μM)、处理时间(24小时)、检测指标(ERBB2/ERBB3实时PCR) 阅读提示:Figure 3H图注及Results中对应描述 |
| rIFN-γ与sapitinib联合处理 | rIFN-γ稀释比例(1:3)、sapitinib浓度(1 μM)、处理时间(48小时)、检测指标(B2M、SAHA-UC、STAT1、STAT3实时PCR) 阅读提示:Figure 4A图注及Results中对应描述 |