患者样本收集与多组学分析
鉴定PTC中与BRAF/RAS突变无关的分子改变
收集22例PTC患者样本,对4例无BRAF/RAS突变的患者进行RNA-seq和定量蛋白质组学分析,并进行整合分析。
Multiomic analysis of papillary thyroid cancers identifies BAIAP2L1-BRAF fusion and requirement of TRIM25, PDE5A and PKCδ for tumorigenesis
包含患者样本多组学分析、细胞功能实验、3D球体模型及药物和shRNA抑制实验等多层级验证,并进行了机制研究。
Nthy-ori 3-1细胞 3D球体模型 患者肿瘤及转移组织
患者队列中TRIM25和PKCδ在肿瘤和转移灶中的高表达 BAIAP2L1-BRAF融合的激酶活性依赖性转化 TRIM25、PDE5A和PKCδ的抑制对细胞和球体表型的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定PTC中与BRAF/RAS突变无关的分子改变
收集22例PTC患者样本,对4例无BRAF/RAS突变的患者进行RNA-seq和定量蛋白质组学分析,并进行整合分析。
确认BAIAP2L1-BRAF融合的存在及其表达
通过RT-PCR和qPCR验证BAIAP2L1-BRAF融合,并检测其在肿瘤和正常组织中的表达。
评估BAIAP2L1-BRAF的转化能力和机制
在Nthy-ori 3-1细胞中过表达野生型或突变体融合蛋白,进行软琼脂集落形成、3D MTT、球体形成和侵袭实验,并检测MAPK通路激活。
验证TRIM25、PDE5A和PKCδ作为治疗靶点的潜力
使用shRNA敲低TRIM25或PKCδ,或使用抑制剂(PLX8394、trametinib、VTX27、tadalafil)处理BAIAP2L1-BRAF转化的细胞或球体,检测集落形成、球体活力和侵袭。
检验靶向TRIM25、PDE5A和PKCδ的抑制在RET融合阳性细胞中的效果
在表达CCDC6-RET的Nthy-ori 3-1细胞中使用抑制剂处理,评估集落形成和活力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本处理 | AllPrep DNA/RNA/蛋白小提试剂盒 | Qiagen | 80004 |
| 测序 | TruSeq RNA样本制备试剂盒v2 | Illumina | RS-122-2001 |
| Agilent SureSelect人全外显子组试剂盒 | Agilent | G3370L | |
| PCR | RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K1621 |
| Q5高保真DNA聚合酶 | New England Biolabs | M0491L | |
| qRT-PCR | SYBR Green | Thermo Fisher Scientific | A25780 |
| StepOnePlus™实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | 4376600 | |
| 免疫组化 | DAKO-EnVision FLEX试剂盒 | Dako | -- |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 转染 | 聚乙烯亚胺(PEI 25000) | Sigma-Aldrich | -- |
| 蛋白提取 | Pierce 660nm蛋白测定试剂 | Thermo Fisher Scientific | 22660 |
| RIPA裂解液 | -- | -- | |
| 3D球体培养 | U型96孔板 | Thermo Fisher Scientific | 174925 |
| CellTiter-Glo® 3D细胞活力检测试剂盒 | Promega | G9682 | |
| 球体侵袭 | 基质胶 | Corning | 356231 |
| μ-玻片血管生成腔 | Ibidi | 81506 | |
| 显微镜成像 | Leica TCS SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| Leica TCS SP8 DIVE多光子显微镜 | Leica | -- | |
| 染色 | Hoechst染料 | Invitrogen | H3570 |
| 罗丹明标记的鬼笔环肽 | Invitrogen | R415 | |
| 免疫沉淀 | ANTI-FLAG® M2亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | A2220-5ML |
| 蛋白A/G琼脂糖珠 | Roche | 11134515001/11243233001 | |
| 体外激酶实验 | 去磷酸化髓鞘碱性蛋白 | Merck | 13-110 |
| 无活性MEK1 K97A | SignalChem | M02-16H | |
| ATP | Enzo | BML-EW9805-0100 | |
| Western blot | 硝酸纤维素膜 | GE Healthcare | 10600001 |
| 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | A7906 | |
| Immobilon Western化学发光HRP底物 | Millipore | WBKLS0500 | |
| Biorad ChemiDoc™ Touch成像系统 | Biorad | -- | |
| 抑制剂处理 | 维莫非尼 | -- | -- |
| 曲美替尼 | -- | -- | |
| PLX8394 | -- | -- | |
| 普纳替尼 | -- | -- | |
| NanoBiT assay | Nano-Glo®活细胞检测试剂盒 | Promega | N2012 |
| 抗体 | 抗甲状腺球蛋白抗体 | Dako | M0781 |
| 抗磷酸化酪氨酸(P-Tyr-1000) MultiMab™抗体 | CST | 8954S | |
| 抗髓鞘碱性蛋白抗体 | CST | 13344 | |
| 抗V5抗体 | Thermo Fisher Scientific | R960-25 | |
| 抗FLAG® M2-过氧化物酶抗体 | Sigma-Aldrich | A8592 | |
| 抗磷酸化RET (Y905)抗体 | CST | 3221S | |
| 抗RET (C31B4)抗体 | CST | 3223S | |
| 抗磷酸化MEK1/2抗体 | CST | 9154 | |
| 抗MEK1抗体 | CST | 2352 | |
| 抗磷酸化p44/42 MAPK (Thr202/Tyr204) (ERK1/2)抗体 | CST | 9101L | |
| 抗p44/42 MAPK (ERK1/2)抗体 | CST | 9102 | |
| 抗肌动蛋白抗体 | abcam | ab49900 | |
| 抗PKCδ抗体 | CST | 2058S | |
| 抗TRIM25抗体 | BD Biosciences | 610570 | |
| IQGAP1抗体 | Proteintech | 22167-1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | GeneTex | GTX627408 | |
| 软琼脂集落形成 | 琼脂糖 | -- | -- |
| 3D-MTT | 细胞增殖检测试剂盒I | Roche | 11465007001 |
| 异源二聚化实验 | 二硫代双马来酰亚胺乙烷 | Thermo Fisher Scientific | 22335 |
| 二硫苏糖醇 | -- | -- | |
| 质谱分析 | 胰蛋白酶(Trypsin Gold) | Promega | -- |
| Synapt G2-S HDMS质谱仪 | Waters Corporation | -- | |
| nanoAcquity超高效液相色谱系统 | Waters Corporation | -- | |
| HSS-T3 C18 1.8 μm, 75 μm × 250 mm反相色谱柱 | Waters Corporation | -- | |
| 抑制剂处理 | 他达拉非 | -- | -- |
| VTX27 | -- | -- | |
| 贝尔瓦非尼 | -- | -- | |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 博来霉素 | -- | -- | |
| 聚凝胺 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本收集 | 患者队列特征、样本类型(肿瘤、正常、转移) 阅读提示:Methods: Patient sample acquisition; Results: 患者#14, #15, #17, #21的临床参数 |
| 细胞培养和转化 | Nthy-ori 3-1细胞培养条件、转染和稳定细胞系建立 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 球体形成和侵袭 | 细胞数、胶原浓度、培养时间、基质胶处理 阅读提示:Methods: Generation of 3D spheroids, Spheroid invasion assay |
| 功能实验 | 软琼脂集落形成实验、3D MTT实验的条件和读数 阅读提示:Methods: Soft agar colony formation assay and 3D-MTT |
| 抑制剂处理 | 药物浓度、处理时间 阅读提示:Methods: Western blot (vemurafenib, PLX8394, trametinib, ponatinib处理); Results: 图2和补充图 |