SEL1L-HRD1内质网相关降解通过限制可激活STING池的大小调控STING介导的天然免疫

SEL1L-HRD1 endoplasmic reticulum-associated degradation controls STING-mediated innate immunity by limiting the size of the activable STING pool.

作者信息Yewei Ji, Yuan Luo, Yating Wu, Yao Sun, Lianfeng Zhao, Zhen Xue, Mengqi Sun, Xiaoqiong Wei, Zinan He, Shuangcheng Alivia Wu, Liangguang Leo Lin, You Lu, Lei Chang, Fei Chen, Siyu Chen, Wei Qian, Xiaoxi Xu, Shengnuo Chen, Dongli Pan, Zhangsen Zhou, Sheng Xia, Chih-Chi Andrew Hu, Tingbo Liang, Ling Qi
PMID37142791
发布时间2023-05
DOI10.1038/s41556-023-01138-4

实验完整度

高

包含巨噬细胞特异性基因敲除小鼠、细胞系、多种生化与影像验证,涵盖体外与体内功能及机制验证。

主要模型

髓系特异性Sel1L敲除小鼠(Sel1LLyz2)及其原代巨噬细胞 CRISPR-Cas9构建的Hrd1-/- RAW 264.7细胞 Hrd1-/-小鼠胚胎成纤维细胞(MEF) KrasLSL-G12D;Trp53LSL-R172H;Pdx1-Cre来源胰腺导管腺癌皮下移植瘤模型

重点核对

Sel1Lfl/fl与Sel1LLyz2小鼠的基因型鉴定及巨噬细胞中SEL1L/HRD1蛋白水平验证 cGAMP、DMXAA、c-di-AMP等STING激动剂处理浓度与时间,以及poly(I:C)、Pam3、LPS等对照激动剂 CHX翻译关闭实验与MG132蛋白酶体抑制实验用于STING蛋白稳定性检测 HSV-1感染的MOI(1或10)及感染时间(6或12小时) 肿瘤模型中DMXAA剂量(12.5 mg/kg体重)及巨噬细胞分泌组注射方案

摘要

干扰素基因刺激因子(STING)响应胞质双链DNA协调促炎细胞因子的产生;然而,新生STING蛋白在内质网(ER)折叠和成熟的病理生理意义及分子机制尚不清楚。本文报道,SEL1L–HRD1蛋白复合物——内质网相关降解(ERAD)最保守的分支——是STING天然免疫的负调控因子,在基础状态下通过泛素化并靶向新生STING蛋白进行蛋白酶体降解。巨噬细胞中SEL1L或HRD1缺陷特异性放大STING信号以及对病毒感染和肿瘤生长的免疫。机制上,新生STING蛋白在基础状态下是SEL1L–HRD1的真正底物,与ER应激或其感受器肌醇需求酶1α无关。因此,本研究不仅确立了SEL1L–HRD1 ERAD通过限制可激活STING池的大小在天然免疫中的关键作用,而且鉴定了靶向STING的调控机制和治疗途径。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
基础状态下内质网中新生STING蛋白如何被调控,以及SEL1L–HRD1 ERAD在STING介导的天然免疫中的作用和机制。
核心机制
SEL1L–HRD1 ERAD在基础状态下直接与新生STING蛋白相互作用并对其进行泛素化,靶向蛋白酶体降解,从而限制可激活STING池的大小;该过程不依赖ER应激、IRE1α和巨噬细胞自噬。
主要证据
巨噬细胞特异性Sel1L敲除和Hrd1敲除细胞中STING蛋白积累且cGAMP/DMXAA诱导的信号增强;免疫共沉淀和TurboID邻近标记证实STING与SEL1L–HRD1相互作用;HRD1介导STING多泛素化;HSV-1感染和胰腺癌移植瘤模型中Sel1L缺失增强STING依赖性免疫。
研究意义
确立了SEL1L–HRD1 ERAD在天然免疫中的关键作用,并提出了靶向SEL1L–HRD1 ERAD治疗STING相关疾病的潜在策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

巨噬细胞特异性Sel1L敲除小鼠的构建与表征

验证SEL1L–HRD1 ERAD在巨噬细胞中的功能及其对基础ER稳态的影响。

将Sel1Lflox/flox小鼠与Lyz2-Cre小鼠杂交,获得Sel1LLyz2小鼠;通过Western blot检测巨噬细胞中SEL1L和HRD1蛋白水平,通过TEM观察ER形态,通过Phos-tag Western blot检测IRE1α磷酸化,通过流式细胞术分析免疫细胞组成。

2

SEL1L缺失对STING信号通路的影响

确定SEL1L–HRD1 ERAD是否特异性调控cGAS–STING信号。

用TLR2激动剂Pam3、TLR4激动剂LPS、RIG-1激动剂poly(I:C)和STING激动剂cGAMP、c-di-AMP、DMXAA刺激原代巨噬细胞,通过qPCR检测炎症基因表达,ELISA检测分泌的IFNβ和TNFα,Western blot检测TBK1和IRF3磷酸化。

3

STING蛋白稳定性的检测

验证SEL1L–HRD1 ERAD是否调控STING蛋白的降解。

用CHX处理原代巨噬细胞或Hrd1-/- RAW 264.7细胞进行翻译关闭实验,用MG132处理检测蛋白酶体依赖性,通过Western blot检测STING蛋白水平;在Hrd1-/- MEF中验证STING稳定性。

4

SEL1L–HRD1与STING相互作用的验证

验证STING是否与SEL1L–HRD1 ERAD复合物直接相互作用。

在野生型巨噬细胞中进行内源性SEL1L和STING免疫共沉淀,在MEF和RAW 264.7细胞中进行SEL1L-TurboID和STING-TurboID邻近标记实验,在HEK293T细胞中转染截短体进行结构域定位。

5

STING泛素化位点和链类型的鉴定

确定HRD1介导STING泛素化的氨基酸位点和多泛素链拓扑结构。

在HEK293T细胞中共转染STING-Flag、HRD1-myc和Ub-HA,通过免疫共沉淀检测STING泛素化;构建STING的K、S/T、C突变体,检测HRD1介导的泛素化;使用K-only突变体鉴定多泛素链类型。

6

STING在细胞内的分布和转运分析

验证SEL1L–HRD1 ERAD是否影响STING的细胞内转运。

通过NP-40溶解度实验、蔗糖密度梯度离心和共聚焦显微镜分析STING在ER、反式高尔基体网络(TGN38)、内体(CD63)和溶酶体(LAMP1)中的定位,以及cGAMP刺激后的转运动力学。

7

SEL1L–HRD1 ERAD在抗病毒和抗肿瘤免疫中的体内验证

评估髓系SEL1L–HRD1 ERAD在HSV-1感染和胰腺癌移植瘤模型中的病理生理意义。

用HSV-1感染巨噬细胞,检测Ifnb表达和IFNβ分泌;在皮下移植KrasLSL-G12D;Trp53LSL-R172H;Pdx1-Cre胰腺导管腺癌细胞的小鼠中,注射DMXAA或DMXAA处理的巨噬细胞分泌组,监测肿瘤生长。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
杜尔贝科改良伊格尔培养基----
胎牛血清HyClone--
青霉素/链霉素----
毒胡萝卜素EMD Calbiochem--
牛磺熊去氧胆酸钠MedChemExpress--
巴弗洛霉素A1Selleck Chemicals--
4μ8cMedChemExpress--
Pam3CysInvivoGen--
脂多糖InvivoGen--
2'3'-环鸟苷酸-腺苷酸InvivoGen--
环二腺苷酸InvivoGen--
5,6-二甲基呫吨酮-4-乙酸MedChemExpress--
聚肌胞苷酸InvivoGen--
H151InvivoGen--
Lipofectamine 2000转染试剂Thermo Fisher Scientific--
Protein A琼脂糖珠Invitrogen20334
抗FLAG琼脂糖Sigma-AldrichA4596
抗Myc琼脂糖Sigma-Aldrich16-219
链霉亲和素琼脂糖Thermo Fisher Scientific20353
HSP90抗体Abcamab13492
β-微管蛋白抗体Proteintech10068-1-AP
caspase-3抗体Cell Signaling Technology8G10
β-肌动蛋白抗体Proteintech20536-1-AP
IκBα抗体Cell Signaling Technology9242
SEL1L抗体Abcamab78298
BiP抗体Abcamab21685
HRD1抗体Proteintech13473-1-AP
STING抗体Proteintech19851-1AP
STING抗体Cell Signaling TechnologyD2P2F
磷酸化Ser365 STING抗体Cell Signaling TechnologyD8F4W
cGAS抗体Cell Signaling TechnologyD3080
磷酸化Ser172 TBK1抗体Cell Signaling TechnologyD52C2
TBK1抗体Cell Signaling TechnologyE9H5S
磷酸化Ser396 IRF-3抗体Cell Signaling TechnologyD601M
IRF-3抗体Cell Signaling TechnologyD83B9
ATG7抗体Cell Signaling TechnologyD12B11
OS9抗体Abcamab109510
eIF2α抗体Cell Signaling Technology9722
磷酸化eIF2α抗体Cell Signaling Technology3597S
IRE1α抗体Cell Signaling Technology3294
ERP44抗体Cell Signaling Technology2886
STIM1抗体Cell Signaling Technology4916
HA抗体Sigma-AldrichH3663
c-Myc抗体Sigma-AldrichC3956
Flag抗体Sigma-AldrichF1804
H2A抗体Cell Signaling Technology2578
LC3B抗体Cell Signaling Technology2775
PDI抗体Enzo Life SciencesADI-SPA-890
泛素抗体Santa Cruz BiotechnologyP4D1
SOAT1抗体GeneTexGTX32890
FACL4抗体Abcamab155282
钙联蛋白抗体Proteintech10427-2-AP
山羊抗兔IgG-HRPBio-Rad1721019
山羊抗小鼠IgG-HRPBio-Rad1721011
CD4抗体BioLegend100408
CD8抗体Thermo Fisher ScientificMA5-17605,MA5-17607
F4/80抗体BioLegend123116 and 123114
CD11b抗体BioLegend101206
Gr-1抗体BioLegend108408
TCRβ抗体BioLegend109206
B220抗体BioLegend103206 and 103208
CD45抗体BioLegend103130
I-A/I-E抗体BioLegend107645 and 107608
H-2Kb/H-2Db抗体BioLegend114606 and 116506
TLR2抗体BioLegend148604
TLR4抗体BioLegend145406
PD-L1抗体BioLegend124308
抗CD16/CD32抗体BioLegend101302
BD Cytofix/Cytoperm固定/透化试剂盒BD--
STING抗体Proteintech19851-1AP
KDEL抗体AbcamMAC 256
磷酸化Ser365 STING抗体Cell Signaling TechnologyD1C4T
TGN38抗体Santa Cruz Biotechnologysc-166594
CD63抗体Santa Cruz Biotechnologysc-5275
LAMP1抗体Developmental Studies Hybridoma Bank1D4B
ProLong Gold抗淬灭封片剂/DAPIThermo Fisher Scientific--
TNFα ELISA试剂盒eBioscience or BioLegend--
IL-6 ELISA试剂盒eBioscience or BioLegend--
IL-1β ELISA试剂盒eBioscience or BioLegend--
IL-2 ELISA试剂盒eBioscience or BioLegend--
IFNβ ELISA试剂盒eBioscience or BioLegend--
胰岛素ELISA试剂盒Crystal Chem--
硫羟乙酸盐肉汤VWR90000-294
高脂饲料D12492Research DietsD12492
葡萄糖Sigma-Aldrich--
胰岛素Sigma-Aldrich--
OneTouch Ultra血糖仪----
OVA257-264肽(SIINFEKL)Biomatik--
α-半乳糖神经酰胺Toronto Research Chemicals--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
巨噬细胞特异性Sel1L敲除小鼠构建
Sel1Lflox/flox与Lyz2-Cre杂交策略;巨噬细胞中SEL1L和HRD1蛋白敲除效率验证;小鼠背景(C57BL/6J)
阅读提示:Methods 'Mice'小节及Extended Data Fig. 1a,b
STING激动剂刺激实验
cGAMP、c-di-AMP、DMXAA的处理浓度和时间;poly(I:C)、Pam3、LPS的对照浓度;转染试剂lipofectamine 2000的使用
阅读提示:Methods 'Drug treatment'小节及Figure 2图注
STING蛋白稳定性检测
CHX浓度(50 μg/ml)和处理时间(6小时);MG132浓度(25 μM)和处理时间(6小时);Hrd1-/-细胞系来源
阅读提示:Methods 'Drug treatment'小节及Figure 3e,f图注
HSV-1感染实验
HSV-1的MOI(1或10);感染时间(6或12小时);STING抑制剂H151预处理条件
阅读提示:Methods 'HSV-1 infection'小节及Figure 7d,e、Extended Data Fig. 8图注
肿瘤移植和分泌组治疗实验
肿瘤细胞数量(5.0×10^5或3.5×10^5);DMXAA剂量(12.5 mg/kg体重)和注射时间(第7、10天);巨噬细胞分泌组体积(0.5 ml,1百万巨噬细胞);热灭活条件(80°C,20分钟);裸鼠背景
阅读提示:Methods 'In vivo tumour study'小节及Figure 7f-h、Extended Data Fig. 9图注