临床样本HEV累及评估与预后分析
评估HEV累及在LN阳性乳腺癌中的预后价值。
对乳腺癌患者SLN和ALN全切片图像进行H&E染色,用UNet++分割肿瘤和HEV区域,用卷积神经网络分类HEV累及,并计算肿瘤面积;在SLN阳性队列和外部队列中进行Kaplan-Meier和Cox回归分析。
Tumour-associated high endothelial venules drive portal-specific immune evasion in lymph nodes via ALOX12.
含患者队列、深度学习病理分析、小鼠模型、条件敲除、细胞及体外相分离等多层证据,并有功能与机制验证。
EO771小鼠乳腺癌细胞系 Py230小鼠乳腺癌细胞系 B16F10小鼠黑色素瘤细胞系 Alox12fl/fl;Chst4-CreERT2小鼠
HEV involvement defined as adhesive, transendothelial and intravascular patterns of tumour cells on HEV wall HEVM/BVM derivatives selected via Dendra2H2B photoconversion of draining LNs for 7 consecutive days and three rounds of in vivo selection 12-HETE treatment at 100 nM for 48 h; 1,6-hexanediol used at 3% as LLPS inhibitor In vitro phase separation assay with 100 nM ADAR1 p150-GFP, 100 nM Cy5-dsRNA and 100 nM 12-HETE Alox12fl/fl;Chst4-CreERT2 mice treated with tamoxifen at 200 μg/g body weight intraperitoneally for five consecutive days
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估HEV累及在LN阳性乳腺癌中的预后价值。
对乳腺癌患者SLN和ALN全切片图像进行H&E染色,用UNet++分割肿瘤和HEV区域,用卷积神经网络分类HEV累及,并计算肿瘤面积;在SLN阳性队列和外部队列中进行Kaplan-Meier和Cox回归分析。
比较经HEV与非HEV血管扩散的肿瘤细胞的转移能力和免疫原性。
用Dendra2H2B光转换系统在EO771、Py230和B16F10模型中经多轮体内选择获得HEVM和BVM细胞;用sLP-mCherry系统标记经HEV的肿瘤细胞;比较肺转移、CD8+ T细胞杀伤和免疫细胞浸润。
验证HEV来源ALOX12及其代谢物12-HETE对肿瘤免疫原性和转移的作用。
构建Alox12fl/fl;Chst4-CreERT2小鼠条件性敲除HEV中Alox12,检测12-HETE含量、肺转移、CD8+ T/NK细胞浸润和cleaved caspase-3;用12-HETE体外处理肿瘤细胞并进行尾静脉注射。
鉴定上调肿瘤相关HEV中ALOX12的肿瘤来源因子及其受体。
分析转移LN的mRNA表达数据,构建Sema3c敲除EO771细胞,用ELISA检测SEMA3C,用CellChat分析配体-受体,用TurboID邻近标记结合LC-MS/MS鉴定HEV表面相互作用蛋白,并用PlexinA1拮抗肽MTP-PlexA1处理小鼠。
验证12-HETE是否通过增强A-to-I编辑抑制MDA5/ZBP1依赖的干扰素反应。
对12-HETE处理的EO771细胞进行总RNA测序分析A-to-I编辑位点,用GSEA、qRT-PCR和ELISA检测ISG和IFNα/IFNβ,敲除Ifih1和Zbp1后评估Alox12条件敲除小鼠的转移和免疫浸润。
验证12-HETE是否通过结合ADAR1 p150促进其与dsRNA相分离。
用重组ADAR1 p150和Cy5-dsRNA进行体外相分离、FRAP和光遗传IDR实验,用ITC、脂质-蛋白覆盖实验、EMSA和热位移实验检测12-HETE与ADAR1 p150结合及对dsRNA结合的影响,用分子动力学模拟预测结合位点。
验证ADAR1 p150-dsRNA相分离和A-to-I编辑对12-HETE诱导免疫逃逸的必要性。
在ADAR1敲除EO771细胞中回补野生型ADAR1 p150、ADAR1 p150 (V677A/L681A)、野生型ADAR1 p110、ADAR1 p110 (V429A/L433A)和ADAR1 p150 (E861A),检测编辑活性、I型IFN、T细胞杀伤和体内转移;用1,6-己二醇抑制相分离。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11905065 |
| F12K培养基 | Gibco | 21-127-022 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| 青霉素/链霉素 | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | |
| 药物处理 | 12-羟基二十碳四烯酸 | Cayman | 34570 |
| 1,6-己二醇 | Sigma Aldrich | 240117 | |
| 百日咳毒素 | Cayman | 23221 | |
| 细胞培养 | 聚brene | Beyotime | C0351 |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Beyotime | ST551 |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000001 |
| 细胞筛选 | 遗传霉素 | Thermo Fisher Scientific | 10131035 |
| 动物实验 | 他莫昔芬 | Sigma Aldrich | T5648 |
| 体内生物发光成像 | D-荧光素 | Thermo Fisher Scientific | L2916 |
| 免疫组织化学 | 兔抗小鼠CD8α抗体 | Abcam | ab217344 |
| 小鼠抗小鼠NK1.1抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA1-70100 | |
| 兔抗人/小鼠cleaved caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| 免疫荧光 | 小鼠抗人/小鼠pan CK抗体 | Sigma Aldrich | c2562 |
| 大鼠抗人/小鼠PNAd抗体 | Biolegend | 120802 | |
| 兔抗小鼠CD11c抗体 | Cell Signaling Technology | 97585 | |
| 大鼠抗小鼠CD8α抗体 | Abcam | ab308264 | |
| 兔抗人/小鼠CD31抗体 | Abcam | ab182981 | |
| 小鼠抗人/小鼠ALOX12抗体 | Novus Biologicals | NBP2-46512 | |
| 山羊抗人/小鼠CK18抗体 | Abcam | ab219271 | |
| 兔抗人/小鼠SEMA3C抗体 | Abcam | ab214309 | |
| 兔抗人/小鼠CX40抗体 | Thermo Fisher Scientific | 36-4900 | |
| 山羊抗小鼠EMCN抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-47648 | |
| 小鼠抗J2抗体 | Sigma Aldrich | MABE1134 | |
| 流式细胞术 | Pacific Blue标记抗小鼠CD45抗体 | Thermo Fisher Scientific | MCD4528 |
| APC标记抗小鼠/人CD31抗体 | Thermo Fisher Scientific | 17-0311-82 | |
| AF488标记抗小鼠/人PNAd抗体 | Thermo Fisher Scientific | 53-6036-82 | |
| PE标记抗小鼠ALOX12抗体 | LSBio | LS-C212708 | |
| Western blot | 兔抗人/小鼠SEMA3C抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-24997 |
| 兔抗人/小鼠ADAR1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-73408 | |
| 抗GADPH抗体 | Proteintech | HRP-60004 | |
| ELISA | IFNα ELISA试剂盒 | PBL | 42115-1 |
| IFNβ ELISA试剂盒 | PBL | 42410-1 | |
| SEMA3C ELISA试剂盒 | LSBio | LS-F19645 | |
| RNA提取 | Trizol | Invitrogen | 15596026 |
| RNA-seq建库 | NEB Next Ultra Ⅱ RNA文库构建试剂盒 | NEB | E7775 |
| qRT-PCR | SYBR Premix Ex Taq试剂盒 | TaKaRa | RR039A |
| 体外相分离 | PreScission蛋白酶 | Sigma Aldrich | GE27-0843-01 |
| 蛋白质纯化 | Capturem His标签纯化Maxiprep试剂盒 | Takara | 635713 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HEV累及临床预后分析 | HEV累及定义(黏附、跨内皮、血管内模式);深度学习模型分割和分类阈值;队列划分(训练70%、验证15%、测试15%);外部验证队列来源。 阅读提示:Methods中“Survival data and deep learning analysis”及Fig. 1c和Supplementary Tables 1–3。 |
| HEV迁移肿瘤细胞体内选择 | Dendra2H2B细胞接种数量和部位;光转换波长、功率和时间(405 nm,11 mW,3分钟/天,连续7天);淋巴引流阻断与否;选择轮次(3轮)。 阅读提示:Methods中“Animal models”及Fig. 2c。 |
| 12-HETE处理与相分离抑制 | 12-HETE浓度(100 nM)和处理时间(48小时);溶剂对照(2% DMSO in saline);1,6-己二醇浓度(3%);PTX浓度(150 ng/ml)。 阅读提示:Methods中“Cell lines”和“In vitro phase separation assay”及Fig. 6j、Fig. 7b–e。 |
| HEV条件性Alox12敲除 | 他莫昔芬剂量(200 μg/g体重)、给药途径(腹腔注射)和连续天数(5天);小鼠基因型Alox12fl/fl;Chst4-CreERT2;敲除验证方法。 阅读提示:Methods中“Animal models”及Fig. 3e–g和Supplementary Fig. 7c、d。 |
| ADAR1 p150-dsRNA相分离体外实验 | ADAR1 p150-GFP浓度(100 nM);Cy5-dsRNA浓度(100 nM);12-HETE浓度(100 nM);缓冲液组成(25 mM HEPES pH 7.4,0.5 mM DTT,150 mM NaCl);温度(37°C)和时间(10分钟)。 阅读提示:Methods中“In vitro phase separation assay”及Fig. 6j、o。 |