患者样本中RNF20表达与临床参数关联分析
探究RNF20在TOF患者中的表达变化及其与氧饱和度和TGF-β信号的相关性
对TOF患者右心室流出道标本进行bulk RNA-seq和scRNA-seq,收集临床参数(SpO2、右心室压力、年龄),进行Spearman相关性分析;并在HUVECs中暴露于1%氧气24小时检测RNF20 mRNA。
Endothelial RNF20 suppresses endothelial-to-mesenchymal transition and safeguards physiological angiocrine signaling to prevent congenital heart disease.
包含小鼠条件敲除模型、患者样本、单细胞测序、体外细胞实验及ChIP-seq机制验证
Isl1cre/+Rnf20fl/fl小鼠胚胎心脏 Cdh5CreERT2-Rnf20fl/fl小鼠内皮特异性敲除模型 HUVECs TOF患者心脏样本
Isl1cre/+Rnf20fl/fl和Cdh5CreERT2-Rnf20fl/fl小鼠中Rnf20敲除效率(qPCR和H2Bub1免疫染色) TOF患者样本中RNF20表达与SpO2及TGF-β组分的相关性(n=25) HUVECs中RNF20敲低后p-SMAD2/3阳性细胞比例及迁移实验 mESC定向分化ECs中shRnf20对PECAM1+细胞比例及VE-Cadherin表达的影响 共培养体系中NRG1、SMAD2/3或SMAD4敲低对心肌细胞增殖和收缩力的 rescue 效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究RNF20在TOF患者中的表达变化及其与氧饱和度和TGF-β信号的相关性
对TOF患者右心室流出道标本进行bulk RNA-seq和scRNA-seq,收集临床参数(SpO2、右心室压力、年龄),进行Spearman相关性分析;并在HUVECs中暴露于1%氧气24小时检测RNF20 mRNA。
验证Rnf20在第二心场发育中的作用
使用Isl1-Cre驱动Rnf20条件敲除,分析胚胎心脏形态、收缩力、组织学、心肌细胞和内皮细胞增殖及凋亡;并进行scRNA-seq。
验证内皮RNF20在心脏发育和功能中的作用
使用Cdh5-CreERT2在E8.5诱导内皮特异性Rnf20敲除,分析胚胎心脏收缩力、组织学、心肌细胞增殖;并在P1诱导出生后敲除,分析P7心脏表型;同时进行scRNA-seq。
验证RNF20缺失是否促进内皮-间质转化
对E10.5心脏近端OFT进行胶原凝胶外植体培养,观察间充质细胞突出和伪足长度;在HUVECs中进行划痕实验和成管实验;在mESC定向分化ECs中敲低Rnf20,检测VE-Cadherin和Snai1表达。
验证RNF20缺失通过TGF-β信号介导EndMT和心肌细胞功能障碍
在HUVECs中敲低RNF20后检测p-SMAD2/3;在共培养体系中敲低SMAD2/3或SMAD4,或补充NRG1、IGF2,检测心肌细胞增殖和收缩力。
解析RNF20如何调控TGF-β靶基因和生长因子基因的转录
在HUVECs中敲低RNF20后进行H2Bub1 ChIP-seq、Pol II ChIP-seq和TFIIS ChIP-seq,计算暂停指数,并用ChIP-qPCR验证TGFB1、TGFBR2、THBS1、CCL2等基因。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 内皮细胞诱导敲除 | (Z)-4-羟基他莫昔芬 | Sigma | H7904 |
| 中链甘油三酯 | Caelo | 3274 | |
| 细胞培养 | 内皮细胞生长培养基MV 2 | PromoCell | C-22022 |
| DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 10270106 | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | 10270106 | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | |
| L-谷氨酰胺 | Thermo Fisher Scientific | 25030123 | |
| 心脏内皮细胞分离 | DNase I | Worthington | 2139 |
| I型胶原酶 | Worthington | 4197 | |
| HBSS缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 14175053 | |
| 内皮细胞磁珠分选 | CD31抗体 | BD Biosciences | 553370 |
| Dynabeads磁珠 | Invitrogen | 11035 | |
| mESC培养 | KnockOut DMEM | Thermo Fisher Scientific | 10829018 |
| KnockOut血清替代物 | Thermo Fisher Scientific | 10828028 | |
| 非必需氨基酸 | Thermo Fisher Scientific | 11140035 | |
| 白血病抑制因子 | Millipore | ESG1107 | |
| 丝裂霉素 | Sigma-Aldrich | M4287 | |
| mESC分化 | 明胶 | Sigma-Aldrich | G9391 |
| Neurobasal培养基 | Thermo Fisher Scientific | 21103049 | |
| DMEM F-12培养基 | Thermo Fisher Scientific | 21331020 | |
| N2添加剂 | Thermo Fisher Scientific | 17502048 | |
| B27添加剂 | Thermo Fisher Scientific | 17504044 | |
| 牛白蛋白V组分 | Thermo Fisher Scientific | 15260037 | |
| 单硫代甘油 | Sigma-Aldrich | M6145 | |
| 骨形态发生蛋白4 | R&D Systems | 314-BP | |
| IMDM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 12440061 | |
| Ham's F-12营养混合物 | Thermo Fisher Scientific | 21765029 | |
| 无维生素A的B27添加剂 | Thermo Fisher Scientific | 12587010 | |
| L-抗坏血酸 | Sigma-Aldrich | A4403 | |
| 血管内皮生长因子A | R&D Systems | 293-VE-010 | |
| 激活素A | R&D Systems | 338-AC | |
| 基质胶 | Corning | 354230 | |
| 富含脂质的牛血清白蛋白 | Thermo Fisher Scientific | 11020013 | |
| 流式细胞术 | APC偶联抗CD31抗体 | eBioscience | 17-0311-80 |
| Sytox Blue死细胞染料 | Invitrogen | S34857 | |
| RNA干扰 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 13778075 |
| 慢病毒转导 | X-tremeGENE HP DNA转染试剂 | Roche | 6366236001 |
| 共培养 | Transwell小室 | Sarstedt | 83.3932.041 |
| I型胶原蛋白 | Thermo Fisher Scientific | A1048301 | |
| EndMT胶原凝胶实验 | 鼠尾I型胶原蛋白 | Ibidi | 50201 |
| M199培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11825015 | |
| 成管实验 | µ-Slide血管生成载玻片 | Ibidi | 81506 |
| 免疫染色 | 磷酸化SMAD2/3抗体 | Cell Signaling | D27F4 |
| 免疫荧光 | 抗肌球蛋白重链抗体 | DSHB | -- |
| 抗磷酸化组蛋白H3抗体 | Cell Signaling | 9701S | |
| 抗泛素化组蛋白H2B抗体 | Cell Signaling | 5546 | |
| Isolectin B4-Alexa Fluor 647 | Thermo Fisher Scientific | I32450 | |
| WGA-Alexa Fluor 633 | Invitrogen | W21404 | |
| Isolectin B4-Alexa Fluor 488 | Invitrogen | I21411 | |
| 抗CD31抗体 | BD | 553370 | |
| 抗肌钙蛋白I抗体 | abcam | ab56357 | |
| EdU检测 | Click-iT EdU Alexa Fluor 488试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | C10337 |
| 凋亡检测 | FragEL DNA断裂检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | QIA33 |
| 封片 | Mowiol 4-88封片剂 | Millipore | 475904 |
| ROTI Histokitt封片剂 | Carl Roth | 6638.1 | |
| RNA提取 | TRIzol RNA提取试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| 逆转录 | High Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4368813 |
| 实时定量PCR | SYBR GREEN PCR预混液 | Applied Biosystems | A25742 |
| qPCR BIO SyGreen Blue Hi-ROX预混液 | Nippon Genetics | -- | |
| RNA测序 | RNeasy Plus Universal Mini试剂盒 | Qiagen | 73404 |
| 单细胞RNA测序 | Chromium Next GEM单细胞3'试剂盒v3.1 | 10xGenomics | 1000269 |
| Chromium Next GEM Chip G单细胞试剂盒 | 10xGenomics | 1000127 | |
| SYTOX Blue死细胞染料 | Thermo Fisher Scientific | S34857 | |
| ChIP | Pol II抗体 | Cell Signaling | 14958S |
| TFIIS抗体 | Abcam | ab185947 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型与基因敲除 | Isl1-Cre和Cdh5-CreERT2驱动系背景、Rnf20fl/fl等位基因来源、他莫昔芬诱导剂量(2 mg/30 g体重,连续3天)和诱导时间点(E8.5) 阅读提示:Methods中Mouse lines和Cre-mediated gene ablation小节 |
| 缺氧处理 | HUVECs缺氧条件(1% O2,24 h)、对照常氧条件、n=3 阅读提示:Fig. 1e图注及Results对应段落 |
| EndMT胶原凝胶实验 | OFT外植体来源(E10.5)、胶原浓度(1 mg/ml)、培养时间(72 h)、血清浓度(1% FBS)、n=6 阅读提示:Methods中EndMT collagen gel assay小节及Fig. 6a,b图注 |
| 共培养体系 | EC与rCM接种比例/密度、共培养时间(48 h)、4-OHT浓度(10 nM,72 h)、transwell孔径、n值 阅读提示:Methods中Co-culture of ECs with CMs小节及Figs. 7–9图注 |
| ChIP-seq和ChIP-qPCR | 抗体用量(1 µg/IP)、ChIP实验重复数(n=3–4)、Pol II暂停指数计算参数(TSS -50至300 bp,基因体300 bp至3 kb) 阅读提示:Methods中Chromatin immunoprecipitation (ChIP) and ChIP-sequencing data analysis小节及Fig. 10图注 |