同时靶向FGFR4和CD276的CAR T细胞对儿童横纹肌肉瘤显示出强效抗肿瘤作用

CAR T-cells targeting FGFR4 and CD276 simultaneously show potent antitumor effect against childhood rhabdomyosarcoma.

作者信息Meijie Tian, Jun S Wei, Adam Tai-Chi Cheuk, David Milewski, Zhongmei Zhang, Yong Yean Kim, Hsien-Chao Chou, Can Liu, Sherif Badr, Eleanor G Pope, Abdelrahman Rahmy, Jerry T Wu, Michael C Kelly, Xinyu Wen, Javed Khan
PMID39043633
发布时间2024-07-23
DOI10.1038/s41467-024-50251-x

实验完整度

高

含体外细胞系杀伤、多种体内异种移植模型、CRISPR敲除验证、CITE-Seq及信号通路机制验证

主要模型

RH30(FP-RMS)细胞系及原位异种移植模型 RMS559(FN-RMS,FGFR4 V550L突变)细胞系及原位异种移植模型 JR(FP-RMS)细胞系及原位异种移植模型 RMS患者来源异种移植瘤(PDX)

重点核对

体内CAR T细胞输注剂量:1E+6、2.5E+6或10E+6 CAR阳性T细胞,尾静脉注射 体外细胞毒性实验效靶比:1:8、1:10或1:1 抗原刺激浓度:FGFR4-Fc/CD276-Fc系列稀释,0.00625 μM至0.025 μM以上 Western blot刺激时间点:5、15、30分钟 流式细胞术检测 exhaustion 标志物(CD39、PD-1、LAG-3、TIM-3)

摘要

靶向成纤维细胞生长因子受体4(FGFR4)的嵌合抗原受体(CAR)T细胞已进入临床开发阶段,但肿瘤异质性和次优激活可能削弱其效力。本文报告了一种优化FGFR4 CAR共刺激和靶向特性的策略:将CD8铰链和跨膜结构域及4-1BB共刺激结构域替换为CD28的相应结构域。所得CAR在多个RMS异种移植模型中显示出增强的抗肿瘤活性,但侵袭性肿瘤细胞系RMS559除外。通过寻找RMS核心调控转录因子MYOD1的直接靶点,我们鉴定出另一个表面蛋白CD276作为潜在靶点。同时靶向FGFR4和CD276的双顺反子CAR(BiCisCAR),包含两个不同的共刺激结构域,与优化的FGFR4特异性CAR及具有相同4-1BB共刺激结构域的其他BiCisCAR相比,具有更优的持久性和增强的抗肿瘤活性。因此,本研究为靶向FGFR4和CD276的CAR T细胞治疗RMS奠定了概念验证基础。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
如何优化FGFR4 CAR的共刺激和靶向特性,并构建同时靶向FGFR4和CD276的双靶点CAR以克服RMS抗原异质性并增强抗肿瘤效果。
核心机制
BiCisCAR同时含有CD28和4-1BB共刺激结构域,双抗原 engagement 时通过互补激活AKT、ERK1/2和NF-κB信号通路,产生协同细胞因子分泌和细胞毒性,并维持持久性、减少耗竭。
主要证据
在RH30、RMS559和JR原位异种移植模型中,FGFR4.28HTM.28z-CD276.8HTM.BBz BiCisCAR展现出最快的肿瘤清除、最高的T细胞扩增和最少耗竭;CRISPR-KO实验证明其可克服单抗原丢失;CITE-Seq显示细胞毒性基因高表达;Western blot显示双刺激下信号通路持续磷酸化。
研究意义
为靶向FGFR4和CD276的CAR T细胞治疗RMS提供了概念验证,并提示具有两种不同共刺激结构域的双靶点BiCisCAR设计可同时应对抗原异质性和提高T细胞效能。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

优化FGFR4 CAR的HTM和CSD并评估体外功能

比较不同HTM和CSD对FGFR4 CAR T细胞杀伤和细胞因子产生的影响。

构建FGFR4.8HTM.BBz、FGFR4.28HTM.BBz和FGFR4.28HTM.28z CAR,转导人T细胞,与RMS细胞系共培养,用xCELLigence RTCA检测细胞毒性,用V-PLEX检测IFN-γ等细胞因子。

2

在RH30和RMS559原位异种移植模型中评估优化CAR的体内抗肿瘤活性

验证CD28 HTM/CSD替换是否在应激条件下增强体内抗肿瘤效果和生存获益。

将 luciferase 标记的RH30或RMS559细胞肌内注射至NSG小鼠,肿瘤植入后7或14天尾静脉输注CAR T细胞,监测腿体积和生物发光,检测血液CAR T细胞扩增和耗竭标志物。

3

鉴定CD276作为RMS表面靶点并量化FGFR4和CD276表达

确认CD276在RMS中的表达及其作为第二靶点的合理性,并量化两种抗原在细胞系和PDX上的密度。

重新分析ChIP-seq数据确认PAX3-FOXO1和MYOD1结合CD276增强子;用流式细胞术和PE定量试剂盒检测RMS细胞系、CDX和PDX表面FGFR4和CD276分子数;分析RNA-Seq数据。

4

构建并筛选靶向FGFR4和CD276的双顺反子CAR

比较不同BiCisCAR设计的体外杀伤和体内抗肿瘤活性,选出最优组合。

构建三种BiCisCAR(FGFR4.8HTM.BBz-CD276.8HTM.BBz、FGFR4.28HTM.BBz-CD276.8HTM.BBz、FGFR4.28HTM.28z-CD276.8HTM.BBz),转导T细胞,在RH30和RMS559模型中进行体外细胞毒性和体内治疗实验。

5

在 aggressive JR 模型和高应激条件下评估最优BiCisCAR

验证FGFR4.28HTM.28z-CD276.8HTM.BBz BiCisCAR在低抗原密度和低细胞剂量下的效力。

使用JR细胞(CD276较低表达)建立原位模型,输注2.5E+6 CAR T细胞;在RMS559模型中仅输注1E+6 CAR T细胞;检测血液和肿瘤中CAR T细胞扩增、浸润和耗竭标志物。

6

通过CITE-Seq分析肿瘤浸润CAR T细胞的转录组和表面蛋白

揭示最优BiCisCAR T细胞在体内的分子表型和细胞亚群分布。

从JR荷瘤小鼠输注CAR T细胞后11天分离肿瘤浸润T细胞,用TotalSeq-C hashtag和17种表面蛋白panel进行CITE-Seq,用Seurat进行WNN分析和差异表达分析。

7

利用CRISPR-KO验证BiCisCAR克服抗原异质性

证明双靶向CAR可清除丢失单一靶抗原的肿瘤细胞。

在RH30细胞中CRISPR敲除FGFR4或CD276,进行体外细胞毒性实验;建立双侧原位模型(一侧FGFR4-KO,另一侧CD276-KO),输注单靶点或双靶点CAR T细胞,监测肿瘤生长。

8

检测双抗原刺激下的细胞因子分泌和TCR信号通路磷酸化

阐明两种不同共刺激结构域产生协同效应的信号机制。

用板包被的FGFR4-Fc、CD276-Fc或两者刺激BiCisCAR T细胞,检测IFN-γ、IL-2、TNF-α;用Western blot检测CD3ζ、ZAP70、PLCγ1、AKT、ERK1/2和p65磷酸化。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Dulbecco改良Eagle培养基Quality Biological--
胎牛血清Gibco, Life Technologies--
青霉素-链霉素Gibco, Life technologies--
L-谷氨酰胺Gibco, Life technologies--
RPMI1640培养基----
MycoAlert支原体检测试剂盒Lonza--
lentiCRISPRv2 puro载体Addgene98290
Histopaque®-1.077密度梯度分离液Sigma10771
Dynabeads人T细胞扩增CD3/CD28微珠Thermo Fisher Scientific11141D
AIM-V培养基Invitrogen--
重组IL-2Clinigen Inc.--
抗人FGFR4抗体(克隆3A11)in-housed--
重组人源化抗人CD276抗体(克隆MGA271)Creative BiolabsTAB-117CL
PE标记的山羊抗小鼠IgG抗体Biolegend405307
R-藻红蛋白AffiniPure F(ab’)2片段山羊抗人IgG Fcγ片段特异性抗体Jackson ImmunoResearch Laboratories109-116-170
Quantibrite PE定量试剂盒BD Biosciences340495
E-Plate 16细胞培养板ACEABiosciences--
V-PLEX定制人生物标志物促炎panel 1Meso Scale Discovery--
Matrigel基质胶Corning--
D-荧光素PerkinElmer--
红细胞裂解液BioLegend420301
CD45-FITC抗体(克隆HI30)BioLegend304006
CD62L-Percp/Cy5.5抗体(克隆DREG-56)BioLegend304824
Tim-3-PE-Cy7抗体(克隆F38-3E2)BioLegend345014
CD4-PE-Dazzle594抗体(克隆A161A1)BioLegend357412
CD8-APC抗体(克隆RPA-T8)BioLegend301049
CD3-AF700抗体(克隆OKT3)BioLegend317340
CD39-APC-Cy7抗体(克隆A1)BioLegend328226
LAG3-BV421抗体(克隆11C3C65)BioLegend369314
CD45RA-Brilliant Violet 605抗体(克隆HI100)BioLegend304134
PD-1-BV711抗体(克隆EH12.2H7)BioLegend329722
CD8-BUV737抗体(克隆SK1)BD612755
Ghost Dye™ Violet 510活性染料TONBO13-0870-T100
CountBright绝对计数微球InvitrogenC36995
人FGFR4-Fc嵌合蛋白Abcamab83999
生物素化人B7-H3(4Ig)/B7-H3b蛋白Acro BiosystemB73-H82F5
R-藻红蛋白标记链霉亲和素----
AF647标记的人IgG-Fc特异性FabJackson ImmunoResearch Laboratories109-607-008
Percoll密度梯度离心液Cytiva17089102
TotalSeq-C人冻干抗体panelBioLegend--
Chromium单细胞5'解决方案v2平台10× Genomics--
Illumina NextSeq500测序仪Illumina--
FGFR4-Fc嵌合蛋白Abcamab83999
CD276-Fc嵌合蛋白Acro BiosystemB73-H82F5
Pierce RIPA裂解液Thermo Fisher Scientific89900
Halt蛋白酶/磷酸酶抑制剂Thermo Fisher Scientific78442
4–12% Bis-Tris凝胶InvitrogenNP0336
抗磷酸化CD3ζ(Y142)抗体(克隆EP265(2)Y)Abcam1b68235
抗磷酸化Zap-70(Tyr319)/Syk(Tyr352)抗体(克隆65E4)Cell Signaling Technology2717
抗Zap-70抗体(克隆L1E5)Cell Signaling Technology2709
抗磷酸化PLCγ1(Tyr783)抗体(克隆D6M9S)Cell Signaling Technology14008
抗PLCγ1抗体(克隆D9H10)Cell Signaling Technology5690
抗磷酸化ERK1/2(T202/Y204)抗体(克隆D13.14.4E)Cell Signaling Technology4370S
抗ERK1/2抗体Cell Signaling Technology9102S
抗磷酸化Akt(Ser473)抗体(克隆D9E)Cell Signaling Technology4060S
抗Akt(pan)抗体(克隆C67E7)Cell Signaling Technology4691S
抗磷酸化NF-κB p65(Ser536)抗体(克隆93H1)Cell Signaling Technology3033
抗NF-κB p65抗体(克隆D14E12)Cell Signaling Technology8242
抗CD3ζ抗体(克隆6C10.2)Santa Cruz BiotechnologySC-1239
ECL Prime化学发光检测试剂AmershamRPN2232
快速T4 DNA连接试剂盒Takara--
无缝克隆和组装试剂盒GeneArt, Invitrogen--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
体外细胞毒性实验
效靶比(1:8、1:10或1:1)、靶细胞接种密度(1E+4/孔)、共培养时间(20、44或68小时)、T细胞供体来源
阅读提示:Methods中Cytotoxicity assay of CAR T-cells小节及图1B、图3F、图6B–D图注
体内原位异种移植模型
细胞接种数量(RH30 1E+6、RMS559 2E+6、JR 3E+6)、接种部位(肌内)、CAR T细胞输注剂量(1E+6、2.5E+6或10E+6)、输注时间(肿瘤接种后7或14天)、小鼠品系(NSG)及性别周龄
阅读提示:Methods中Xenograft mouse models小节及图1D、H,图3G,图4A、G图注
细胞因子产生实验
FGFR4-Fc/CD276-Fc包被浓度(系列稀释,0.00625 μM起)、刺激时间(20小时)、T细胞数量(1E+4/孔)、检测试剂盒
阅读提示:Methods中Cytokine production stimulated by FGFR4 or CD276 proteins小节及图7A–C图注
Western blot信号通路检测
CAR T细胞数量(2E+6)、血清饥饿时间(4小时)、抗原刺激浓度(1 μg/ml)、交联抗体浓度(5 μg/ml)、刺激时间点(5、15、30分钟)
阅读提示:Methods中Activation of CAR T-cells for western-blotting assay小节及图7D图注
CRISPR-KO异质性验证
gRNA序列、单克隆筛选、体外效靶比(1:1)、双侧肿瘤模型接种方案、CAR T细胞剂量(2.5E+6)
阅读提示:Methods中Cell lines, cell culture, CDX and PDX tumors小节及图6A、E图注
CITE-Seq
TIL分离时间(输注后11天)、分选标记(CD45+)、hashtag抗体、表面蛋白panel、测序平台及数据分析流程
阅读提示:Methods中Single-cell analysis of CAR TILs using cellular indexing of transcriptomes and epitopes by sequencing (CITE-Seq)小节及图5A图注