原始生殖细胞DNA去甲基化与发育需要DNA跨损伤合成

Primordial germ cell DNA demethylation and development require DNA translesion synthesis.

作者信息Pranay Shah, Ross Hill, Camille Dion, Stephen J Clark, Abdulkadir Abakir, Jeroen Willems, Mark J Arends, Juan I Garaycoechea, Harry G Leitch, Wolf Reik, Gerry P Crossan
PMID38702312
发布时间2024-05-03
DOI10.1038/s41467-024-47219-2

实验完整度

高

含人iPSC诱导hPGCLC体外模型、多种小鼠遗传模型、WGBS及功能与机制验证

主要模型

人BTAG iPSCs诱导的hPGCLCs Rev1-/-、Rev7-/-、PcnaK164R/K164R、Rev1AA、Rev1CT等突变小鼠胚胎 E12.5小鼠性腺及FACS纯化的PGCs

重点核对

REV1-/-与野生型hPGCLC诱导频率(3个独立克隆,至少3次独立实验) Rev1-/-、Rev7-/-、PcnaR/R胚胎E8.5-E12.5 PGC数量(GOF18-GFP/SSEA1流式) 成年突变小鼠与野生型交配的生育力及性腺质量/组织学 E12.5 PGCs的WGBS及LINE-1、GRR基因位点亚硫酸氢盐测序 E12.5 PGCs的EdU掺入、ɣ-H2A.X、RPA、pCHK2、pH3、cyclin B1和CC3检测

摘要

DNA损伤应答(DDR)因子突变与人类不育相关,影响高达15%的人群。DDR在生殖细胞发育和减数分裂过程中是必需的。与人类生育力相关的一个通路是DNA跨损伤合成(TLS),它允许复制障碍被绕过。我们发现TLS对胚胎中减数分裂前生殖细胞的发育至关重要。中心TLS组分REV1的缺失显著抑制人PGC样细胞(hPGCLCs)的诱导。这在小鼠中得以重现,其中TLS起始(Rev1-/-或PcnaK164R/K164R)或延伸(Rev7-/-)的缺陷导致原始生殖细胞(PGCs)数量减少>150倍并完全不育。相反,TLS的缺失不影响体细胞的生长、功能或稳态。令人惊讶的是,我们发现生殖细胞转录程序的激活和DNA去甲基化(种系表观遗传重编程的关键步骤)均完全失败。我们的发现表明,对于正常生育力,DNA修复不仅需要用于减数分裂重组,还需要用于哺乳动物生殖细胞发育最早阶段的进展。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
TLS通路是否以及如何参与哺乳动物原始生殖细胞(PGC)的胚胎发育和生育力维持?
核心机制
REV1的C端蛋白互作结构域、REV7及PCNA K164修饰所代表的TLS功能是PGC发育所必需的;TLS缺失导致PGCs积累未解决的DNA损伤、增殖减少、G2/M期阻滞和凋亡,并阻止生殖细胞转录程序激活及全基因组DNA去甲基化。
主要证据
人hPGCLC诱导模型显示REV1缺失降低hPGCLC频率;小鼠Rev1-/-、Rev7-/-和PcnaK164R/K164R胚胎E12.5 PGCs减少>150倍且成年不育;E12.5突变PGCs显示DNA损伤标志物增加、EdU掺入减少、pH3和核cyclin B1增加、CC3增加;WGBS和位点亚硫酸氢盐测序显示突变PGCs保留DNA甲基化,且GRR基因表达降低。
研究意义
研究提出TLS是哺乳动物胚胎生殖细胞发育和表观遗传重编程的关键保障,为理解人类不育的胚胎起源提供了新的机制方向。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

人hPGCLC诱导模型验证REV1需求

验证TLS核心组分REV1是否参与人原始生殖细胞样细胞诱导。

在携带BLIMP1-tdTomato和TFAP2C-EGFP报告基因的BTAG iPSCs中敲除REV1,经iMeLC诱导后分化为hPGCLCs,并通过流式细胞术和免疫荧光检测。

2

小鼠TLS缺陷模型的生育力与性腺表型分析

确定TLS因子缺失是否导致小鼠不育及生殖细胞丢失。

将Rev1-/-、PcnaR/R、Rev7-/-等小鼠与野生型交配,统计后代;分析成年性腺质量、H&E组织学、PLZF免疫组化及卵泡计数。

3

胚胎PGC数量与发育时序分析

确定TLS缺陷导致PGC减少的胚胎时间窗口和程度。

利用GOF18-GFP或Stella-GFP报告基因,在E8.5-E12.5通过荧光成像和流式细胞术(SSEA1+GFP+)定量PGCs。

4

REV1结构域功能解析

区分REV1催化活性与C端蛋白互作结构域在PGC发育中的作用。

构建Rev1AA(催化失活)和Rev1CT(C端100氨基酸缺失)小鼠,与GOF18-GFP报告基因杂交,在E12.5定量PGCs并评估成年生育力。

5

TLS缺陷PGC的DNA损伤、增殖与凋亡检测

阐明TLS缺失导致PGC池收缩的细胞学机制。

在E12.5性腺切片中免疫染色检测ɣ-H2A.X、RPA32、pCHK2、CC3、EdU、pH3和cyclin B1,并定量阳性PGC频率。

6

PGC转录程序与DNA甲基化分析

验证TLS缺失是否阻断PGC发育相关的转录和表观遗传重编程。

对E12.5 FACS纯化的PGCs进行RT-qPCR、ddPCR、WGBS和位点特异性亚硫酸氢盐测序,分析生殖细胞基因表达及CpG甲基化。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Stemfit Basic04培养基AmsbioSFB-504-CT
Geltrex基质Life TechnologiesA1413302
Accutase细胞消化液MilliporeSF006
Y-27632 rock抑制剂STEMCELL Technologies72304
激活素AR&D338-AC-010
CHIR99021Cambridge BioscienceSM13-5
白血病抑制因子MilliporeLIF1005
骨形态发生蛋白4R&D Systems314-BP-010
干细胞因子R&D Systems255-SC-050
表皮生长因子R&D Systems236-EG-200
抗OCT4抗体Abcamab181557
抗TFAP2C抗体Santa Cruzsc-12762
抗SOX17抗体R&DAF1924
pBABE-SV40-Puro质粒----
聚凝胺Millipore--
CellTiter 96水溶性细胞增殖检测试剂Promega--
抗PLZF抗体--sc-28319
抗Ki67抗体Abcamab16667
抗GFP抗体NacalaiGF090Rl
抗磷酸化组蛋白H2A.X(Ser139)抗体Millipore05-636
抗cleaved caspase 3抗体Cell Signaling Technology9661
抗RPA抗体Cell Signaling Technology2208
抗cyclin B1抗体Cell Signaling Technology4138
抗磷酸化CHK2(Thr68)抗体Cell Signaling Technology2661
抗TET1抗体Abcamab272901
抗磷酸化组蛋白H3抗体Cell Signaling Technology9701
抗SSEA1-Alexa Fluor 647抗体BiolegendMC-480
PicoPure RNA分离试剂盒Thermo Fisher Scientific--
SuperScript IV逆转录酶Thermo Fisher Scientific--
ddPCR探针预混液BioRad--
单细胞到CT试剂盒ThermoFisher4458237
EZ DNA甲基化直接试剂盒Zymo ResearchD5020
pGEM-T Easy载体系统IPromega--
Click-iT Plus EdU细胞增殖成像试剂盒(Alexa Fluor 594)Thermo Fisher ScientificC10639
Milliplex Map小鼠垂体磁珠面板MilliporeMPTMAG-49K
Demeditec Diagnostics大鼠/小鼠ELISA试剂盒Demeditec DiagnosticsDEV9911
抗FLAG抗体Sigma-AldrichF1804
抗β-actin抗体Abcamab8227
Lipofectamine转染试剂----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
hPGCLC诱导与REV1缺失验证
BTAG iPSC克隆、REV1敲除克隆数、hPGCLC诱导第4天流式检测、3次独立分化实验
阅读提示:Methods中“Induction of iMeLCs and hPGCLCs”及“Flow cytometry analysis of hPGCLC aggregates”;Fig. 1b, c
小鼠TLS突变模型构建与基因型
Rev1-/-、Rev1AA、Rev1CT、PcnaK164R/K164R、Rev7-/-等等位基因构建方式及C57BL/6J背景
阅读提示:Methods中“Generation of PcnaK164R, Rev1AA and Rev1CT mutant mice”及“Mice”;Supplementary Fig. 2和4
胚胎PGC流式定量
E8.5-E12.5胚胎取材时间、GOF18-GFP/SSEA1双阳性门控、各基因型样本量
阅读提示:Methods中“Preparation of PGCs and their quantification and isolation by flow cytometry”;Fig. 1m,n、Fig. 3l,m
EdU体内掺入与细胞周期检测
EdU 50 mg/kg单次腹腔注射、注射后4小时取材、E12.5性腺固定与Click-iT检测
阅读提示:Methods中“EdU incorporation analysis in vivo”;Fig. 4e
WGBS与位点亚硫酸氢盐测序
E12.5 FACS纯化PGCs、E6.5外胚层对照数据来源、WGBS建库方法、LINE-1/Dazl/Mili位点引物
阅读提示:Methods中“Whole genome Bisulfite sequencing”和“Bisulfite sequencing”;Fig. 5c-g、Supplementary Fig. 9和10
成年小鼠生育力与性腺组织学
8-12周龄成年小鼠、与野生型异性交配3个月、交配栓观察、性腺质量及H&E/PLZF染色
阅读提示:Methods中“Assessing fertility of mice”和“Histological analysis”;Fig. 1e-j、Fig. 3a-h