LECT2对RIG-I介导天然免疫的调控验证
验证LECT2是否正向调控RIG-I介导的IFN应答。
构建LECT2过表达HepG2细胞,使用重组LECT2蛋白处理细胞,转染HCV-RNA或Poly(I:C),检测IFNB1、ISG表达及IRF3磷酸化;利用siRNA敲低RIG-I或MDA5;在Lect2-TG和KO小鼠中注射Poly(I:C)检测肝脏Ifnb1和ISG表达。
Leukocyte cell-derived chemotaxin 2 is an antiviral regulator acting through the proto-oncogene MET.
包含细胞系、原代肝细胞、转基因/敲除小鼠和患者样本,并有功能验证和机制验证
HepG2细胞系 KH细胞系 LECT2转基因和敲除小鼠 慢性丙型肝炎患者肝组织
r-LECT2处理浓度50 ng/mL,处理1小时 HCV-RNA转染后12小时检测IFNB1表达 LCMV感染剂量1.0×10^4 pfu(低剂量)或1.0×10^6 pfu(高剂量),腹腔注射 LCMV感染后7天检测肝脏病毒载量 HGF处理浓度5和10 ng/mL,处理1小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证LECT2是否正向调控RIG-I介导的IFN应答。
构建LECT2过表达HepG2细胞,使用重组LECT2蛋白处理细胞,转染HCV-RNA或Poly(I:C),检测IFNB1、ISG表达及IRF3磷酸化;利用siRNA敲低RIG-I或MDA5;在Lect2-TG和KO小鼠中注射Poly(I:C)检测肝脏Ifnb1和ISG表达。
验证LECT2是否抑制HCV和LCMV复制。
在KH细胞中转染H77S.3/GLuc-RNA并检测GLuc活性;在Lect2-TG和KO小鼠中腹腔注射LCMV,检测肝脏病毒载量和Ifnb1表达;给WT小鼠静脉注射重组鼠LECT2后感染LCMV,检测病毒载量。
验证MET是否参与RIG-I介导的天然免疫应答。
利用CRISPR-Cas9构建MET-KO HepG2细胞,转染Poly(I:C)检测IFNB1;使用LNA-Gapmer沉默小鼠肝脏Met表达,感染LCMV后检测Ifnb1和病毒载量;用HGF处理HepG2细胞,检测MET下游信号和RIG-I泛素化。
验证MET是否为LECT2介导天然免疫活化所必需。
在HepG2细胞中共转染FLAG-LECT2和MET质粒,共免疫荧光检测共定位;用MET siRNA敲低MET,检测r-LECT2诱导的IFNB1;在HepG2-MET-KO细胞中转染HCV-RNA,检测IFNB1和HCV复制。
确定LECT2影响MET的具体磷酸化位点。
将MET WT、Y1234/1235F、Y1349F、Y1356F或Y1349D突变体转染HepG2-MET-KO细胞,r-LECT2处理后转染HCV-RNA,检测IFNB1表达和MET磷酸化。
验证LECT2是否通过抑制SHP2来稳定RIG-I。
用r-LECT2处理HepG2细胞,检测GAB1和SHP2磷酸化;构建SHP2-KO HepG2和KH细胞,检测r-LECT2对IFNB1的诱导;使用SHP2抑制剂SHP099处理细胞;在HepG2-RIG-I-KO细胞中共转染RIG-I、HA-ubiquitin、SHP2和LECT2,检测RIG-I泛素化。
验证PTP4A1是否介导LECT2对MET和SHP2的调控。
在HepG2和KH-MET-KO细胞中共转染MET和PTP4A1,r-LECT2处理后检测IFNB1和HCV复制;构建PTP4A1-KO细胞,检测LECT2对IFNB1的增强作用;免疫共沉淀检测MET、PTP4A1、p-SHP2和c-Cbl的相互作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | Life Technologies | -- |
| 胎牛血清 | Life Technologies | -- | |
| 青霉素和链霉素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| RPMI 1640培养基 | Life Technologies | -- | |
| EGMTM-2内皮细胞生长培养基-2 BulletKitTM | Lonza | -- | |
| 药物处理 | 聚肌胞苷酸 | Sigma-Aldrich | -- |
| 脂多糖 | Sigma-Aldrich | -- | |
| MG132 | Sigma-Aldrich | -- | |
| SHP099 | Cayman Chemical | -- | |
| 重组人肝细胞生长因子蛋白 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | 抗RIG-I抗体 | Cell Signaling Technology | 3743 |
| 抗MDA5抗体 | Cell Signaling Technology | 5321 | |
| 抗磷酸化IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 83611 | |
| 抗IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 4302 | |
| 抗磷酸化MET (Tyr1234/1235)抗体 | Cell Signaling Technology | 3077 | |
| 抗磷酸化MET (Tyr1349)抗体 | Cell Signaling Technology | 3121 | |
| 抗MET抗体 | Cell Signaling Technology | 3127 | |
| 抗磷酸化GAB1抗体 | Cell Signaling Technology | 12745 | |
| 抗GAB1抗体 | Cell Signaling Technology | 3232 | |
| 抗磷酸化SHP2抗体 | Cell Signaling Technology | 5431 | |
| 抗SHP2抗体 | Cell Signaling Technology | 3397 | |
| 抗磷酸化ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 9101 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9102 | |
| 抗DC-SIGN抗体 | Cell Signaling Technology | 13193 | |
| 抗DYKDDDDK标签(FLAG)抗体 | Cell Signaling Technology | 14793 | |
| 抗Myc抗体 | Cell Signaling Technology | 2276 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 2118 | |
| 抗β-肌动蛋白(ACTB)抗体 | Cell Signaling Technology | 4970 | |
| 抗磷酸酪氨酸抗体 | Merck Millipore | 05-321 | |
| 抗K48-泛素抗体 | Merck Millipore | 05-1307 | |
| 抗PTP4A1(PRL-1)抗体 | Abcam | ab168643 | |
| 抗LECT2抗体 | Abcam | ab119429 | |
| 抗磷酸化MET (Tyr1356)抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-40218 | |
| 质粒转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取与RT-qPCR | High Pure RNA分离试剂盒 | Roche Applied Science | -- |
| RT-qPCR | High Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- |
| 7900HT实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| GLuc报告基因检测 | GloMax-Multi检测系统 | Promega | -- |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | EMD Millipore | -- |
| complete蛋白酶抑制剂混合物 | Roche Applied Science | -- | |
| PhosSTOP磷酸酶抑制剂 | Roche Applied Science | -- | |
| Blocking One或Blocking One-P封闭液 | Nacalai Tesque | -- | |
| ChemiDoc成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫沉淀 | Dynabeads蛋白G磁珠 | Invitrogen | -- |
| RIP检测试剂盒 | MBL | -- | |
| 免疫荧光 | Dragonfly CR-DFLY-301共聚焦成像系统 | Oxford Instruments | -- |
| 重组蛋白纯化 | Hi-Trap肝素柱 | GE Healthcare | -- |
| cOmplete His标签纯化柱 | Roche | -- | |
| BCA蛋白检测试剂盒 | Thermo Scientific | -- | |
| 慢病毒包装 | Lenti-X 293T细胞 | Takara Bio | -- |
| 慢病毒高滴度包装混合物 | Takara Bio | -- | |
| FuGENE-HD转染试剂 | Promega | -- | |
| CRISPR-Cas9基因编辑 | 第三代包装系统混合物 | Applied Biological Materials | -- |
| 定点突变 | QuikChange定点突变试剂盒 | Agilent Technologies | -- |
| 体外转录 | T7 RiboMAX™ Express大规模RNA生产系统 | Promega | -- |
| RNA纯化 | RNeasy Mini试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| LECT2对RIG-I介导天然免疫的调控验证 | r-LECT2处理浓度(50 ng/mL)和处理时间(1小时);HCV-RNA或Poly(I:C)转染后检测时间点(6小时、12小时);HepG2-LECT2细胞构建方法(慢病毒表达系统) 阅读提示:Methods中“Recombinant LECT2 protein”和“HCV-RNA and Poly(I:C) transfection”小节;Fig. 1图注 |
| LECT2抗病毒功能的体内验证 | LCMV感染剂量(1.0×10^4 pfu或1.0×10^6 pfu)、感染途径(腹腔注射)、检测时间点(感染后7天);r-mLect2剂量(50 μg)和注射途径(静脉注射) 阅读提示:Methods中“Viruses”和“Mice”小节;Fig. 2图注 |
| MET在天然免疫中的作用验证 | MET-KO细胞构建方法(CRISPR-Cas9);Met Gapmer注射剂量和途径(静脉注射)、LCMV感染剂量(1.0×10^4 pfu)和检测时间点(感染后5天);HGF处理浓度(5和10 ng/mL)和时间(1小时) 阅读提示:Methods中“Establishment of MET, SHP2, PTP4A1 and RIG-I KO cell lines”和“Plasmids, miRNAs and Gapmer”小节;Fig. 3图注 |
| LECT2通过MET调控天然免疫的验证 | r-LECT2处理浓度(50 ng/mL)和时间(1小时);HCV-RNA转染后检测时间点(12小时);miR-122共转染条件 阅读提示:Methods中“HCV-RNA and Poly(I:C) transfection”小节;Fig. 4图注 |
| LECT2通过抑制MET Tyr1349磷酸化激活天然免疫 | MET突变体质粒转染方法;r-LECT2处理浓度(50 ng/mL)和时间(1小时);HCV-RNA转染后检测时间点(12小时) 阅读提示:Methods中“Plasmids, miRNAs and Gapmer”小节;Fig. 5图注 |
| SHP2在LECT2介导RIG-I稳定中的作用验证 | SHP2-KO细胞构建方法;SHP099处理浓度(文中未明确说明)和处理时间(文中未明确说明);MG132处理条件(文中未明确说明) 阅读提示:Methods中“Establishment of MET, SHP2, PTP4A1 and RIG-I KO cell lines”小节;Fig. 6图注 |
| PTP4A1在LECT2增强天然免疫中的作用验证 | PTP4A1-KO细胞构建方法;r-LECT2处理浓度(50 ng/mL)和时间(1小时);免疫共沉淀使用抗体(抗MET抗体) 阅读提示:Methods中“Establishment of MET, SHP2, PTP4A1 and RIG-I KO cell lines”和“Immunoprecipitation”小节;Fig. 7和图8图注 |