鉴定 PRC2 在性腺中的新辅因子
寻找生殖细胞中调控 PRC2 的未知因子。
利用 EZH1-Flag 和 EZH2-Flag 敲入小鼠睾丸核提取物进行 Flag-IP 和质谱分析,鉴定与 PRC2 相互作用的蛋白;在 HeLa-S3 细胞中过表达 Flag 标记的 EZHIP 进行反向 IP 验证。
EZHIP constrains Polycomb Repressive Complex 2 activity in germ cells.
包含U2OS细胞系敲除、小鼠敲除模型、人类组织样本、蛋白质组学、ChIP-seq和CUT&RUN等多层证据,并进行功能验证。
U2OS 骨肉瘤细胞系(EZHIP−/−、EED−/−) Ezhip 敲除小鼠(CRISPR/Cas9 1.5 kb 缺失) 人类睾丸和卵巢组织样本 EZH1-Flag/EZH2-Flag 敲入小鼠睾丸
U2OS EZHIP−/− 与 EED−/− 细胞系的建立及 H3K27me2/3 蛋白水平检测 Ezhip−/− 小鼠睾丸和卵母细胞中 H3K27me3 的免疫荧光和 Western blot 定量 EZHIP 与 PRC2 相互作用的 Flag-IP 和质谱鉴定 EZHIP 缺失对 PRC2 辅因子(AEBP2、JARID2、PALI1)结合化学计量比的影响 Ezhip−/− 雌性小鼠的生育力监测(产仔数、每胎幼崽数)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
寻找生殖细胞中调控 PRC2 的未知因子。
利用 EZH1-Flag 和 EZH2-Flag 敲入小鼠睾丸核提取物进行 Flag-IP 和质谱分析,鉴定与 PRC2 相互作用的蛋白;在 HeLa-S3 细胞中过表达 Flag 标记的 EZHIP 进行反向 IP 验证。
确定 EZHIP 是否影响 PRC2 的催化活性。
在 U2OS 细胞中敲除 EZHIP,检测 H3K27me2/3 水平;通过回补实验验证 EZHIP 全长及突变体的功能;利用纯化的 PRC2 复合物进行组蛋白甲基转移酶(HMT)实验。
探究 EZHIP 缺失对 H3K27me2/3 基因组分布的影响。
在 U2OS WT、EZHIP−/− 和 EED−/− 细胞中进行 H3K27me3 ChIP-seq 以及 H3K27me2、H3K27ac、H2Aub 的 CUT&RUN。
确定 EZHIP 是否影响 PRC2 的染色质结合及与辅因子的相互作用。
通过 SUZ12 CUT&RUN 检测 PRC2 募集;免疫荧光观察 EZHIP 与 EED 共定位;质谱分析 EZHIP 缺失下 PRC2 辅因子化学计量比变化;Co-IP/WB 验证 AEBP2 和 JARID2 与 EZH2 的相互作用。
评估 Ezhip 敲除对精子发生和雄性生育力的影响。
利用 CRISPR/Cas9 构建 Ezhip 敲除小鼠;Western blot 检测睾丸核提取物 H3K27me2/3;免疫荧光观察睾丸切片 H3K27me3;流式分析生殖细胞亚群;精子质量分析;生育力测试。
评估 Ezhip 敲除对卵母细胞成熟和雌性生育力的影响。
免疫荧光检测 P17 和成年雌性卵泡及 MII 卵母细胞中 H3K27me3 水平;卵泡计数;卵巢重量测量;生育力监测(产仔数、每胎幼崽数);单卵母细胞 RNA-seq。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 质谱分析 | Orbitrap Fusion 质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Q Exactive 质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | SuperSignal™ West Pico PLUS 化学发光底物 | Thermo Fisher | -- |
| Flag M2 磁珠 | SIGMA-ALDRICH | A4596 | |
| 免疫沉淀 | 抗CD25-FITC偶联抗体 | BD Biosciences | 553866 |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor偶联二抗 | -- | -- |
| DAPI | -- | -- | |
| 细胞培养 | 聚乙烯亚胺 | -- | -- |
| 潮霉素B | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 小鼠超排卵 | 孕马血清促性腺激素 | -- | -- |
| 人绒毛膜促性腺激素 | -- | -- | |
| 卵母细胞分离 | 二丁酰环磷酸腺苷 | Sigma-Aldrich | -- |
| 透明质酸酶 | -- | -- | |
| RNA提取 | RNeasy Mini 试剂盒 | Qiagen | -- |
| cDNA合成 | High Capacity cDNA 逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4368814 |
| RT-qPCR | SYBR Green 试剂 | Roche | -- |
| 单细胞RNA测序 | SMART-Seq™ v4 Ultra™ 低输入 RNA 试剂盒 | Clontech Laboratories | -- |
| Nextera XT | Illumina | -- | |
| CUT&RUN | 刀豆蛋白A包被磁珠 | -- | -- |
| 蛋白A-微球菌核酸酶 | -- | -- | |
| ChIP-seq | Bioruptor 超声破碎仪 | Diagenode | -- |
| Western blot | Starbright700 | Biorad | -- |
| BIORAD ChemiDoc MP 成像系统 | Biorad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| U2OS 细胞敲除与回补实验 | U2OS EZHIP−/− 和 EED−/− 细胞系的建立方法(gRNA、同源重组 cassette、抗生素筛选浓度)及回补实验用的 EZHIP 突变体设计 阅读提示:Methods 中 Cell lines 小节及 Fig. 2c 图注 |
| 小鼠模型构建与基因型鉴定 | Ezhip 敲除小鼠的 CRISPR/Cas9 策略(1.5 kb 缺失)、 founders 筛选及回交方案 阅读提示:Methods 中 Mouse lines 小节及 Supplementary Fig. 5A |
| H3K27me3 免疫荧光定量 | 卵母细胞和卵泡中 H3K27me3 免疫荧光染色的抗体、稀释比例、图像采集参数及定量方法 阅读提示:Methods 中 Immunofluorescent staining of GV and MII oocytes 小节及 Fig. 6c–e 图注 |
| 生育力监测 | 雌性小鼠生育力测试的周龄、交配方案、监测持续时间及产仔数统计方法 阅读提示:Methods 中 Mouse fertility evaluation 小节及 Fig. 8c–e 图注 |
| CUT&RUN 实验 | CUT&RUN 的细胞数量、spike-in 比例、抗体用量及消化条件 阅读提示:Methods 中 CUT and RUN 小节 |