PHF6复合物在染色质重塑、复制动力学和DNA修复中的功能图谱

Functional mapping of PHF6 complexes in chromatin remodeling, replication dynamics, and DNA repair

作者信息Silvia Alvarez, Ana C da Silva Almeida, Robert Albero, Mayukh Biswas, Angelica Barreto-Galvez, Thomas S Gunning, Anam Shaikh, Tomas Aparicio, Agnieszka Wendorff, Erich Piovan, Pieter Van Vlierberghe, Steven Gygi, Jean Gautier, Advaitha Madireddy, Adolfo A Ferrando
PMID35338774
期刊Blood
发布时间2022-06-09
DOI10.1182/blood.2021014103

摘要

植物同源结构域6基因(PHF6)编码一种核仁及染色质相关白血病肿瘤抑制因子,在转录调控中具有重要作用。然而,PHF6调控的具体分子机制仍知之甚少。本文研究表明,PHF6可与多种核小体重塑蛋白复合物相互作用,包括核小体重塑与去乙酰化酶复合物、SWI/SNF及ISWI因子、DNA复制机制以及DNA修复蛋白。此外,在DNA损伤发生后,PHF6会定位至DNA损伤位点,其缺失会削弱DNA断裂修复能力,导致单链和双链DNA损伤的累积。天然染色质免疫沉淀测序分析显示,PHF6特异性地结合于富含组蛋白H3赖氨酸9三甲基化修饰的卫星DNA区域——这些区域属于难以复制的异染色质;单分子位点特异性分析进一步证实PHF6是基因组脆弱位点稳定性的重要调控因子。这些发现将PHF6置于染色质重塑、复制叉动态调控和DNA修复的交叉节点,从而拓展了我们对调控造血干细胞稳态及白血病转化分子机制的理解。

实验方法

产品清单

名称品牌货号
抗Flag M2磁珠Sigma-AldrichM8823
Flag肽Sigma-AldrichF3290
抗HA磁珠Thermo Fisher Scientific26182
HA肽Sigma-AldrichI2149
磁珠Sigma-Aldrich16-662
蛋白酶K----
NanoDrop分光光度计----
Diagenode MicroPlex Kit for Illumina平台DiagenodeC05010012
KAPA文库定量试剂盒 for Illumina平台Kappa BiosystemsKR0405
AMPure XP磁珠Beckman CoulterA63880
Illumina NextSeq500/550测序仪IlluminaNextSeq500
Illumina NextSeq500/550测序仪IlluminaNextSeq550