公共数据库分析与关键基因筛选
探究PNI与预后及免疫景观的关系,并筛选与PNI和免疫浸润相关的关键基因。
利用TCGA等数据库进行生存分析、xCell免疫评分、WGCNA、LASSO-Cox回归和GSEA,鉴定ITGA5为与PNI和免疫抑制相关的关键基因。
ITGA5-expressing tumor cells interact with Schwann cells to drive nerve growth factor-mediated immunosuppression of NK cells
包含公共数据库分析、多种细胞系体外实验、小鼠舌癌/坐骨神经PNI/皮下移植瘤模型及患者组织样本,并进行了功能与机制验证。
SCC-7小鼠舌鳞癌细胞系及C3H小鼠舌癌同种移植模型 Panc-02小鼠胰腺癌细胞系及C57BL/6J小鼠坐骨神经PNI模型 H22小鼠肝癌细胞系及BALB/c小鼠皮下移植瘤模型 人舌鳞状细胞癌患者组织样本
ITGA5过表达/敲低/敲除的肿瘤细胞模型(SCC-7、Panc-02)及其对照 坐骨神经PNI模型中Ro 08-2750(13.75 mg/kg,每3天一次,共2周)或西仑吉肽(125 μg,每周两次,共2周)给药方案 NK细胞清除使用抗NK1.1抗体(100 μg/只,第7、14天腹腔注射) 共培养模型中siRNA沉默SC的Fn1及NGF中和/抑制 免疫治疗联合方案:anti-PD-1抗体(10 mg/kg)联合西仑吉肽(125 μg),每周两次,共2周
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究PNI与预后及免疫景观的关系,并筛选与PNI和免疫浸润相关的关键基因。
利用TCGA等数据库进行生存分析、xCell免疫评分、WGCNA、LASSO-Cox回归和GSEA,鉴定ITGA5为与PNI和免疫抑制相关的关键基因。
验证ITGA5表达对肿瘤生长、神经密度和NK细胞浸润的影响。
构建ITGA5过表达/敲低/敲除的SCC-7和Panc-02细胞,接种于小鼠舌癌、坐骨神经PNI和皮下移植瘤模型,检测肿瘤体积、神经密度、NK细胞比例及下肢功能。
探究ITGA5如何通过SC影响NGF产生及其信号通路。
对PNI模型肿瘤组织进行转录组分析,体外共培养肿瘤细胞与RSC96 SC,利用siRNA沉默Fn1,检测NGF表达、SC修复标志物及JAK-STAT通路激活。
验证NGF对NK细胞细胞毒性和IFN-γ分泌的抑制作用,以及阻断NGF信号的体内效应。
用NGF处理NK-92细胞,通过CCK-8和LDH实验评估活性和细胞毒性,流式检测CD107a和IFN-γ;在坐骨神经PNI模型中使用Ro 08-2750阻断NGF,检测肿瘤负荷和NK细胞浸润。
评估ITGA5抑制剂西仑吉肽增强免疫治疗疗效的潜力。
在舌癌同种移植、皮下移植瘤和坐骨神经PNI模型中,单独或联合使用西仑吉肽与anti-PD-1抗体,监测肿瘤生长、神经功能及PD-L1表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| α-改良Eagle培养基 | -- | -- | |
| 马血清 | -- | -- | |
| 白细胞介素-2 | -- | -- | |
| Iscove改良MEM培养基 | -- | -- | |
| DMEM/F12培养基 | GIBCO | -- | |
| DMEM培养基 | GIBCO | -- | |
| 慢病毒转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | -- | -- |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 质粒提取 | 无内毒素质粒大提试剂盒 | TIANGEN | DP118 |
| siRNA转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Opti-MEM I减血清培养基 | Invitrogen | -- | |
| 细胞活性检测 | CCK-8试剂盒 | -- | -- |
| 细胞毒性检测 | LDH细胞毒性检测试剂盒 | Beyotime | C0017 |
| Western blot | RIPA裂解液 | MCE | -- |
| 抗ITGA5抗体 | Proteintech | 66230-1-Ig | |
| 抗STAT3抗体 | Affinity | AF6294 | |
| 抗磷酸化STAT3抗体 | Affinity | AF3293 | |
| 抗JAK2抗体 | Affinity | AF6022 | |
| 抗磷酸化JAK2抗体 | Affinity | AF3024 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| ELISA | 抗NGF抗体 | MEIMIAN | 1127 |
| 免疫荧光 | 抗Ki-67抗体 | Abcam | ab16667 |
| 抗PGP9.5抗体 | Proteintech | 66230-1-Ig | |
| 抗GFAP抗体 | Cell Signaling Technology | 3670 | |
| 抗ITGA5抗体 | Proteintech | 10569-1-AP | |
| 体内NGF抑制 | Ro 08-2750 | MedChemExpress | HY-108466 |
| 免疫治疗 | 抗PD-1抗体 | BioXCell | BE0146 |
| 大鼠IgG2a同型对照 | BioXCell | BE0089 | |
| 药物治疗 | 西仑吉肽 | MCE | -- |
| NK细胞清除 | 抗NK1.1抗体 | MCE | -- |
| 流式细胞术 | 抗小鼠CD45-EV450 | Elabscience | -- |
| 抗小鼠CD3-PE | Elabscience | -- | |
| 抗小鼠CD4-FITC | Elabscience | -- | |
| 抗小鼠CD8-PerCP/Cyanine5.5 | Elabscience | -- | |
| 抗小鼠NK1.1-APC | Elabscience | -- | |
| 抗小鼠CD49b-APC | Elabscience | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠舌癌同种移植模型 | 细胞接种量(1×10^7 cells/mL,5 μL)、小鼠品系(C3H,雄性6周龄)、每组动物数(6只)、观察终点(接种后2周) 阅读提示:Methods 'In vivo murine tongue tumor model' |
| 坐骨神经PNI模型 | 细胞接种量(1×10^6 Panc-02细胞与Matrigel 1:1混合,总50 μL)、小鼠品系(C57BL/6J,雄性6周龄)、每组动物数(6只)、PNI模型构建方式(注射于坐骨神经周围) 阅读提示:Methods 'In vivo murine sciatic nerve model of PNI' |
| Ro 08-2750给药 | 给药剂量(13.75 mg/kg)、给药途径(腹腔注射)、给药频率(每3天一次)、给药持续时间(2周)、开始时间(肿瘤接种后7天)、每组动物数(5只) 阅读提示:Methods 'In vivo murine sciatic nerve model of PNI' |
| 西仑吉肽联合anti-PD-1治疗 | 西仑吉肽剂量(125 μg)、anti-PD-1抗体剂量(10 mg/kg)、给药频率(每周两次)、给药持续时间(2周)、肿瘤接种细胞数(1×10^6 H22)、小鼠品系(BALB/c,雄性6周龄)、每组动物数(5只) 阅读提示:Methods 'Treatment of mice carrying subcutaneous tumors' 及 Figure 7 legend |
| NK细胞清除 | 抗体剂量(100 μg/只)、给药途径(腹腔注射)、给药时间(肿瘤接种后第7、14天)、每组动物数(3只) 阅读提示:Methods 'Treatment of mice carrying subcutaneous tumors' |
| NGF对NK细胞功能的影响 | NGF预处理浓度(0.5或5 ng/mL)、预处理时间(48 h)、效靶比(40:1或20:1)、共培养时间(4 h) 阅读提示:Methods 'Cell viability assays and cellular cytotoxicity assays' |