rOER体系建立与ciMGPs筛选
建立量化T细胞亚型ciMGPs特异性的评估系统。
从自有数据和公共数据库收集约300个候选ciMGPs,经去重和标准化后保留170–262个,基于Box-Whisker原理计算rOER,将ciMGPs分为ss-、sa-、sr-ciMGPs。
Single-cell identifies and validates human circulating Treg subtype/state Tregfci in non-small cell lung cancer.
包含scRNA-seq、Stereo-seq、流式、多重免疫组化、体外敲低/敲除、类器官及ETS1-cKO小鼠模型等多层验证。
NSCLC患者外周血和肺组织样本 人T细胞系Tfci及A549、HBE等细胞系 自体人源化NSCLC类器官模型 Ets1flox/floxFOXP3-Cre条件敲除小鼠LLC肺癌模型
Tregfci定义:FOXP3+CTLA4+IL2RA+(3g-Tregfci),部分分析使用5g-Tregfci(CD4+CD45+FOXP3+CTLA4+IL2RA+) Tregfci在术前血和NSCLC组织中富集,术后血中减少或缺失 流式细胞术验证:健康对照N=19,NSCLC患者N=18(3g-Tregfci)或N=102(5g-Tregfci) ETS1敲低/敲除影响FOXP3、CTLA4、IL2RA表达及线粒体-内质网接触位点 Ets1flox/floxFOXP3-Cre小鼠LLC模型中脾脏Tregfci比例显著降低(n=6/组)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立量化T细胞亚型ciMGPs特异性的评估系统。
从自有数据和公共数据库收集约300个候选ciMGPs,经去重和标准化后保留170–262个,基于Box-Whisker原理计算rOER,将ciMGPs分为ss-、sa-、sr-ciMGPs。
识别NSCLC相关T细胞亚型ciMGPs。
对NSCLC患者术前/术后外周血及肿瘤/癌旁肺组织进行scRNA-seq,比较ciMGPs存在频率和rOER分类。
验证Tregfci在NSCLC中的特异性及临床相关性。
比较Tregfci在31种疾病、17个器官/组织及术前术后血中的分布;利用Kaplan-Meier分析预后;流式细胞术检测健康对照和NSCLC患者外周血Tregfci频率。
明确Tregfci在NSCLC组织中的空间定位。
对NSCLC和癌旁组织进行Stereo-seq和HE染色,结合多重免疫组化检测FOXP3、CTLA4、IL2RA。
探究Tregfci ciMGPs及ETS1对T细胞功能、代谢和迁移的调控。
利用慢病毒shRNA敲低FOXP3、CTLA4、IL2RA(单独或联合),与A549或HBE共培养,检测增殖、凋亡、细胞因子、ROS、钙离子、线粒体呼吸和MERC;敲低或过表达ETS1,检测Tregfci ciMGPs表达及MERC。
在体内验证ETS1对Tregfci的调控。
构建Ets1flox/floxFOXP3-Cre条件敲除小鼠,皮下接种LLC细胞,流式检测WBC、脾和肺组织中Tregfci频率;对小鼠血液和肺组织进行scRNA-seq和代谢组学。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 血样采集 | EDTA真空采血管 | BD Biosciences | -- |
| 红细胞裂解 | 1×红细胞裂解液 | eBioscience | 00-4333-57 |
| 组织消化 | IV型胶原酶 | Sigma | C5138 |
| DNase I | Sigma | -- | |
| 70微米细胞筛网 | Corning | FAL352350 | |
| 流式细胞术 | 流式细胞术缓冲液 | BD Biosciences | 554656 |
| Stereo-seq | STOmics基因表达试剂盒-S1 | BGI | 1000028493 |
| RNeasy微型试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| scRNA-seq | BD Rhapsody单细胞系统 | BD Biosciences | -- |
| NovaSeq 6000测序系统 | Illumina | -- | |
| S1试剂盒v1.5 | Illumina | -- | |
| 免疫组化 | 抗FOXP3抗体 | Xiamen Zhiwei Electronic and Pharmaceutical Co., Ltd. | AB3199 |
| 抗IL2RA抗体 | Xiamen Zhiwei Electronic and Pharmaceutical Co., Ltd. | AB2709 | |
| 抗CTLA4抗体 | Xiamen Zhiwei Electronic and Pharmaceutical Co., Ltd. | AB3659 | |
| 抗ETS1抗体 | Xiamen Zhiwei Electronic and Pharmaceutical Co., Ltd. | AB3669 | |
| EnVision检测试剂盒 | Agilent DAKO | -- | |
| 免疫荧光 | 抗ETS1抗体 | Abclonal | -- |
| Cy3标记抗体 | Beyotime | -- | |
| DAPI | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 抗caspase3抗体 | Abclonal | A0214 | |
| 抗 cleaved caspase 3抗体 | Proteintech | 25128-1-AP | |
| 抗Bax抗体 | Abclonal | A19684 | |
| 抗Bcl2抗体 | Abclonal | A19693 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abclonal | A19056 | |
| 抗IL4抗体 | Abclonal | A23277 | |
| 抗IL10抗体 | Abclonal | A12255 | |
| 抗CD73抗体 | Abclonal | A25914 | |
| 抗CD29抗体 | Abclonal | A23497 | |
| 抗CD69抗体 | Abclonal | A26620 | |
| 抗CD223抗体 | Abclonal | A2996 | |
| ECL Plus化学发光试剂盒 | Beyotime | P0018S | |
| qRT-PCR | 通用RNA纯化试剂盒 | eBiosciences | EZB-RN4 |
| PrimeScript逆转录预混液 | Takara | RR036A | |
| TB Green预混Ex Taq | Takara | RR420A | |
| 流式细胞术 | FVS510活/死细胞染料 | BD Biosciences | 564406 |
| FITC标记抗CD3抗体 | BD Biosciences | 555339 | |
| APC标记抗CD4抗体 | BD Biosciences | 555349 | |
| PE标记抗CD25抗体 | BD Biosciences | 555432 | |
| BV421标记抗CD127抗体 | BD Biosciences | 562436 | |
| APC-Cy7标记抗CD45抗体 | BD Biosciences | 557833 | |
| PE-Cy7标记抗CTLA4抗体 | BD Biosciences | 567341 | |
| AF647标记抗FOXP3抗体 | BioLegend | 560045 | |
| BD Cytofix/Cytoperm固定透化试剂盒 | BD Biosciences | -- | |
| FOXP3/转录因子染色缓冲液套装 | eBioscience | 00-5523-00 | |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Keygen Bio | KGM31800-500 |
| 胎牛血清 | Hyclone | SH30084.03 | |
| 共培养 | Transwell小室(0.4微米孔径) | Corning | -- |
| 慢病毒包装 | Lipofectamine 2000 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 慢病毒滴度测定 | QuickTiter慢病毒滴度试剂盒 | Cell Biolabs | -- |
| 慢病毒转导 | Polybrene | GeneChem | -- |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Beyotime | ST551 |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂 | Keygen | KGA317 |
| 结晶紫染色 | 结晶紫 | Beyotime Institute of Biotechnology | KGA317 |
| 凋亡实验 | Alexa Fluor 488/annexin V/PI细胞凋亡试剂盒 | Beyotime | -- |
| ROS检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | S0033 |
| 钙离子检测 | Fluo-4钙离子检测试剂盒 | Beyotime | S1061S |
| 线粒体染色 | MitoTracker深红染料 | Yeasen | 40743ES50 |
| Hoechst 33342 | Beyotime | -- | |
| OCR测定 | Seahorse XF96细胞外流量分析仪 | Seahorse Bioscience | -- |
| 寡霉素 | -- | -- | |
| FCCP | -- | -- | |
| PBMC分离 | Ficoll分离液 | Axis-Shield/Alere Technologies AS | 1114546 |
| ETS1抑制 | TK216 | ShangHai Caerulum Pharma Discovery Co., Ltd. | HY-122903 |
| 小鼠组织消化 | 0.25%胰蛋白酶 | Thermo Fisher | 25200-072 |
| DNase I | Sigma | 11284932001 | |
| 小鼠scRNA-seq | ABcellar单细胞芯片套装 | ABclonal | RK30150 |
| ABcellar单细胞封装仪 | ABclonal | AI50001 | |
| ABcellar单细胞3' RNA-seq文库构建试剂盒 | ABclonal | RK20390 | |
| 代谢组学 | ACQUITY UPLC HSS T3色谱柱 | Waters | -- |
| Vanquish超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Orbitrap Exploris 120质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| rOER体系建立 | 健康个体样本量n=31,rOER cutoff值设定为每样本ciMGPs总数的10%并据亚型数调整;敏感性>70%、假阳性率<25%、重复性>60% 阅读提示:Results 'Selection of rOER-based Ts/s ciMGPs'及Supplementary Sections 6–7 |
| NSCLC患者scRNA-seq | 患者年龄47–78岁,分期I–III;术前/术后血及肿瘤/癌旁组织样本量;scRNA-seq分析122,747个T细胞;测序深度约50,000 reads/细胞 阅读提示:Methods 'Study populations'、'Blood and tissue preparations for scRNA-seq'及Results 'Identification of NSCLC-specific T cell ciMGPs' |
| Tregfci流式验证 | 健康对照N=19,NSCLC患者N=18(3g-Tregfci)或N=102(5g-Tregfci);抗体克隆号及染色方案;门控策略 阅读提示:Results 'Validation of selected target Tregfci'及Methods 'Flow cytometry assay' |
| Tregfci功能敲低实验 | shRNA序列;MOI 10–20;嘌呤霉素3 μg/mL筛选5–7天;PHA刺激浓度及时间;共培养比例1:1至1:10,24 h 阅读提示:Methods 'Construction of stable multi-gene knockdown'、'Co-culture assay'及Supplementary Section 10–11 |
| ETS1-cKO小鼠体内实验 | 小鼠6–8周龄雌性,n=6–8/组;LLC细胞1×10^6皮下接种;肿瘤监测约30天;流式检测WBC、脾、肺Tregfci频率 阅读提示:Methods 'Construction of Treg-specific Ets1-deficient mice'及Supplementary Fig. 6d–e |
| ETS1抑制剂处理人PBMC | TK216浓度0.25 μM处理24 h;健康志愿者n=22(scRNA-seq n=11/组) 阅读提示:Methods 'ETS1 roles in human and mouse Tregfci' |