患者分组与样本采集
依据nICT反应状态建立NT、R、NR三组样本,用于比较TME差异。
收集10例MIBC患者手术切除的新鲜肿瘤组织,根据RECIST 1.1将接受nICT的6例分为响应者(R)和非响应者(NR),另4例未治疗者为NT;新鲜组织用于scRNA-seq,匹配的冰冻切片用于空间转录组。
Remodeling of the tumor microenvironment in muscle-invasive bladder cancer: insights from single-cell and spatial transcriptomics after neoadjuvant immunochemotherapy
含scRNA-seq、空间转录组、体外细胞实验、多重免疫荧光及独立队列验证,具备功能与机制验证
MIBC患者肿瘤组织(NT、R、NR组) THP-1巨噬细胞系 MRC-5人肺成纤维细胞系 健康供者外周血CD8+ T细胞
患者分组依据RECIST 1.1:NT 4例、R 3例、NR 3例 nICT方案:PD-L1阻断联合顺铂为基础化疗,3–5周期 CXCL8过表达/敲除THP-1上清处理MRC-5细胞48 h SRT6处理及CD8+ T细胞Transwell迁移实验(48 h) 多重免疫荧光检测SPP1、FAP、CXCL8、CD206、PD-1共定位
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
依据nICT反应状态建立NT、R、NR三组样本,用于比较TME差异。
收集10例MIBC患者手术切除的新鲜肿瘤组织,根据RECIST 1.1将接受nICT的6例分为响应者(R)和非响应者(NR),另4例未治疗者为NT;新鲜组织用于scRNA-seq,匹配的冰冻切片用于空间转录组。
解析nICT后MIBC肿瘤微环境的细胞组成和亚群分布。
制备单细胞悬液,使用10X Genomics平台建库测序,质控后整合、聚类并注释细胞类型,比较各组细胞亚群比例。
在空间维度验证细胞亚群分布、共定位和细胞邻接关系。
对10例MIBC冰冻切片进行Visium空间转录组测序,使用RCTD反卷积注释细胞类型,分析细胞比例、空间邻接和共定位。
识别与nICT反应相关的上皮、T细胞、B细胞、巨噬细胞和CAF亚群及其功能状态。
对上皮细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞、B细胞、髓系细胞和成纤维细胞进行再聚类和亚群注释,评估免疫抑制、细胞毒性、耗竭、血管生成、TGF-β等特征评分,并进行拟时序和差异表达分析。
解析nICT响应与非响应肿瘤中细胞亚群间的信号通讯差异。
使用CellChat和CellPhoneDB从scRNA-seq和空间转录组数据推断细胞间通讯,比较NR和R组的信号通路和通讯强度,识别SPP1等抵抗相关信号。
验证CXCL8激活CAFs及CAFs限制CD8+ T细胞迁移的因果关系。
构建CXCL8过表达和敲除的THP-1细胞,收集上清处理MRC-5细胞,流式检测FAP表达;使用SRT6处理并检测CD44依赖的通讯;Transwell实验检测CD8+ T细胞迁移。
在患者组织中原位验证Macro-CXCL8与CAFs的空间共定位及抵抗相关标志物表达。
对NR和R肿瘤切片进行多重免疫荧光染色,检测SPP1、PD-1、CXCL8、FAP、CD206和DAPI,分析标志物表达和空间共定位。
评估Macro-CXCL8和SPP1–CAF特征在免疫治疗和化疗队列中的临床相关性及治疗特异性。
在IMvigor210、ABACUS、GSE176307免疫治疗队列和GSE169455、GSE212810化疗队列中计算ssGSEA评分,比较生存、治疗反应及治疗前后变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织解离 | 肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
| 单细胞建库 | Chromium Next GEM单细胞5'试剂盒v3 | 10X Genomics | -- |
| 单细胞测序 | Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- |
| 空间转录组建库 | Visium空间基因表达试剂盒 | 10x Genomics | -- |
| 空间转录组测序 | Illumina HiSeq X Ten测序平台 | Illumina | -- |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Corning | -- |
| 胎牛血清 | Pricella | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Beyotime | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 上样缓冲液 | YamayBio | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗CXCL8抗体 | Proteintech | 27095–1-AP | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 66009–1-Ig | |
| 抗兔IgG二抗 | CST | 7074 | |
| 抗鼠IgG二抗 | CST | 7076 | |
| 流式细胞术 | FAP单克隆抗体 | Proteintech | 98,622–1-RR |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman | -- | |
| CD8+ T细胞分离与培养 | 抗CD3/CD28抗体 | Proteintech | KMS310 |
| 重组IL-2 | PeproTech | -- | |
| CD8+ T细胞分离 | 人CD8+ T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130–096–495 |
| 多重免疫荧光 | 抗SPP1抗体 | Proteintech | 22,952–1-AP |
| 抗PD-1抗体 | Proteintech | 18,106–1-AP | |
| 抗CXCL8抗体 | Proteintech | 27,095–1-AP | |
| 抗FAP抗体 | Proteintech | 11,779–1-AP | |
| 抗CD206抗体 | Proteintech | 18,704–1-AP | |
| DAPI | Proteintech | PR30021 | |
| 化学发光检测 | Bio-Rad ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者分组与nICT方案 | nICT具体药物、剂量和周期;R/NR判定标准(RECIST 1.1);NT组无新辅助治疗 阅读提示:Materials and methods中Human sample acquisition小节 |
| scRNA-seq质控与整合 | UMI计数阈值、基因数范围、线粒体UMI比例、Harmony主成分数 阅读提示:Materials and methods中Single-cell RNA-Seq data processing和Integration and clustering小节 |
| 差异表达与功能评分 | DEG筛选阈值、免疫抑制和血管生成模块基因列表、评分方法 阅读提示:Materials and methods中Differentially gene expression analysis和Enrichment analysis and gene set scoring小节 |
| 空间转录组与反卷积 | 切片厚度、RIN阈值、Visium试剂盒、RCTD参考数据 阅读提示:Materials and methods中Spatial transcriptomic library preparation和Preprocessing of ST data小节 |
| 体外共培养与迁移实验 | THP-1上清处理MRC-5时间、SRT6浓度(文中未明确说明)、CD8+ T细胞迁移实验时长和趋化梯度来源 阅读提示:Materials and methods中Co-culture assay和CD8+ T cell migration assays小节及Fig. 8图注 |
| 多重免疫荧光抗体与成像 | 抗体货号、稀释比例(文中未明确说明)、成像设备 阅读提示:Materials and methods中Multiplex immunofluorescence staining小节及Fig. 8O图注 |
| 外部队列验证 | IMvigor210、ABACUS、GSE176307、GSE169455、GSE212810队列的评分方法和分组阈值 阅读提示:Results中Clinical relevance and external validation小节及Fig. 9图注 |