肌层浸润性膀胱癌新辅助免疫化疗后肿瘤微环境重塑:来自单细胞和空间转录组学的见解

Remodeling of the tumor microenvironment in muscle-invasive bladder cancer: insights from single-cell and spatial transcriptomics after neoadjuvant immunochemotherapy

作者信息Guozhi Zhao, Yuanyuan Bai, Xin Chen, Junwu Li, Hai Chang, Yongtang Zhu, Haoyu Xu, Yiqing You, Gautam Sethi, Deyu Zuo, Wei Tang, Lei Yang, Weiyang He
PMID42464338
发布时间2026-07-17
DOI10.1186/s12943-026-02738-y

实验完整度

高

含scRNA-seq、空间转录组、体外细胞实验、多重免疫荧光及独立队列验证,具备功能与机制验证

主要模型

MIBC患者肿瘤组织(NT、R、NR组) THP-1巨噬细胞系 MRC-5人肺成纤维细胞系 健康供者外周血CD8+ T细胞

重点核对

患者分组依据RECIST 1.1:NT 4例、R 3例、NR 3例 nICT方案:PD-L1阻断联合顺铂为基础化疗,3–5周期 CXCL8过表达/敲除THP-1上清处理MRC-5细胞48 h SRT6处理及CD8+ T细胞Transwell迁移实验(48 h) 多重免疫荧光检测SPP1、FAP、CXCL8、CD206、PD-1共定位

摘要

背景:新辅助免疫化疗(nICT,本研究定义为PD-L1阻断联合顺铂为基础的化疗)在肌层浸润性膀胱癌(MIBC)中提供显著的临床获益。然而,肿瘤免疫微环境(TIME)高度异质,导致患者反应不一和持续的治疗抵抗。本研究探讨MIBC的TIME中关键免疫细胞亚群、细胞间通讯网络和空间分布,重点关注与nICT反应相关的细胞和空间特征。方法:根据RECIST 1.1为基础的影像学评估将患者分为响应者和非响应者组。响应者定义为达到完全或部分缓解的患者,而非响应者定义为在充分nICT暴露和可评估影像后疾病稳定或进展的患者。收集四例未治疗对照(NT)、三例nICT响应者(R)和三例nICT非响应者(NR)的代表性计算机断层扫描图像和新鲜组织样本。样本进行单细胞RNA测序和空间转录组测序。注释细胞群体以评估浸润丰度、细胞间通讯网络和拟时序轨迹。识别抵抗相关细胞亚群及其空间生态位。结果:经过质量控制,根据经典标志物将肿瘤微环境(TME)分为十个主要细胞亚群。横断面组间比较分析显示NR和R组的TME发生显著重塑。NR组B细胞浸润升高,而R组巨噬细胞、成纤维细胞和肥大细胞富集。活化CD4+ T细胞的功能改变和naive CD8+ T细胞分化受损被确定为获得性治疗抵抗的关键驱动因素。还观察到巨噬细胞来源的CXCL8积累作为抵抗驱动因素。癌症相关成纤维细胞(CAFs)作为物理屏障,促进免疫抑制性TME的建立。值得注意的是,在NR肿瘤中观察到巨噬细胞来源的CXCL8与CAFs之间的强空间共定位,提示在介导nICT抵抗中的协同作用。使用空间转录组学的进一步细胞间通讯分析表明,来自巨噬细胞(CXCL8)的SPP1信号传导至CAFs有助于TME重编程和nICT抵抗。结论:综合分析确定了MIBC中nICT差异反应背后的不同免疫特征。这些发现为优化个性化新辅助治疗策略提供了理论基础。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
MIBC患者接受nICT后,肿瘤免疫微环境中哪些免疫细胞亚群、细胞间通讯网络和空间分布特征与治疗反应或抵抗相关?
核心机制
Macro-CXCL8分泌SPP1作用于myCAFs,促进CAFs活化和基质重塑,形成免疫抑制性空间屏障,限制CD8+ T细胞浸润和功能,从而驱动nICT抵抗。
主要证据
对10例MIBC样本(NT 4例、R 3例、NR 3例)进行scRNA-seq和空间转录组分析,结合CellChat/CellPhoneDB通讯分析、体外CXCL8过表达/敲除THP-1与MRC-5共培养、CD8+ T细胞迁移实验、多重免疫荧光,并在IMvigor210、ABACUS、GSE176307等独立队列中验证Macro-CXCL8和SPP1–CAF特征。
研究意义
研究识别了与nICT抵抗相关的TME细胞和空间特征,为优化MIBC个性化新辅助治疗策略提供了理论基础,并提示CXCL8和FAP/SPP1可能作为nICT敏感性生物标志物。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

患者分组与样本采集

依据nICT反应状态建立NT、R、NR三组样本,用于比较TME差异。

收集10例MIBC患者手术切除的新鲜肿瘤组织,根据RECIST 1.1将接受nICT的6例分为响应者(R)和非响应者(NR),另4例未治疗者为NT;新鲜组织用于scRNA-seq,匹配的冰冻切片用于空间转录组。

2

单细胞转录组测序与细胞图谱构建

解析nICT后MIBC肿瘤微环境的细胞组成和亚群分布。

制备单细胞悬液,使用10X Genomics平台建库测序,质控后整合、聚类并注释细胞类型,比较各组细胞亚群比例。

3

空间转录组测序与空间定位分析

在空间维度验证细胞亚群分布、共定位和细胞邻接关系。

对10例MIBC冰冻切片进行Visium空间转录组测序,使用RCTD反卷积注释细胞类型,分析细胞比例、空间邻接和共定位。

4

关键细胞亚群鉴定与功能评分

识别与nICT反应相关的上皮、T细胞、B细胞、巨噬细胞和CAF亚群及其功能状态。

对上皮细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞、B细胞、髓系细胞和成纤维细胞进行再聚类和亚群注释,评估免疫抑制、细胞毒性、耗竭、血管生成、TGF-β等特征评分,并进行拟时序和差异表达分析。

5

细胞间通讯网络分析

解析nICT响应与非响应肿瘤中细胞亚群间的信号通讯差异。

使用CellChat和CellPhoneDB从scRNA-seq和空间转录组数据推断细胞间通讯,比较NR和R组的信号通路和通讯强度,识别SPP1等抵抗相关信号。

6

体外功能验证Macro-CXCL8对CAFs的激活及对CD8+ T细胞迁移的影响

验证CXCL8激活CAFs及CAFs限制CD8+ T细胞迁移的因果关系。

构建CXCL8过表达和敲除的THP-1细胞,收集上清处理MRC-5细胞,流式检测FAP表达;使用SRT6处理并检测CD44依赖的通讯;Transwell实验检测CD8+ T细胞迁移。

7

多重免疫荧光空间验证

在患者组织中原位验证Macro-CXCL8与CAFs的空间共定位及抵抗相关标志物表达。

对NR和R肿瘤切片进行多重免疫荧光染色,检测SPP1、PD-1、CXCL8、FAP、CD206和DAPI,分析标志物表达和空间共定位。

8

独立队列外部验证

评估Macro-CXCL8和SPP1–CAF特征在免疫治疗和化疗队列中的临床相关性及治疗特异性。

在IMvigor210、ABACUS、GSE176307免疫治疗队列和GSE169455、GSE212810化疗队列中计算ssGSEA评分,比较生存、治疗反应及治疗前后变化。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
肿瘤解离试剂盒Miltenyi Biotec--
Chromium Next GEM单细胞5'试剂盒v310X Genomics--
Illumina NovaSeq 6000测序平台Illumina--
Visium空间基因表达试剂盒10x Genomics--
Illumina HiSeq X Ten测序平台Illumina--
RPMI-1640培养基Corning--
胎牛血清Pricella--
青霉素-链霉素Beyotime--
RIPA裂解液Beyotime--
上样缓冲液YamayBio--
PVDF膜Millipore--
抗CXCL8抗体Proteintech27095–1-AP
抗β-actin抗体Proteintech66009–1-Ig
抗兔IgG二抗CST7074
抗鼠IgG二抗CST7076
FAP单克隆抗体Proteintech98,622–1-RR
CytoFLEX流式细胞仪Beckman--
抗CD3/CD28抗体ProteintechKMS310
重组IL-2PeproTech--
人CD8+ T细胞分离试剂盒Miltenyi Biotec130–096–495
抗SPP1抗体Proteintech22,952–1-AP
抗PD-1抗体Proteintech18,106–1-AP
抗CXCL8抗体Proteintech27,095–1-AP
抗FAP抗体Proteintech11,779–1-AP
抗CD206抗体Proteintech18,704–1-AP
DAPIProteintechPR30021
Bio-Rad ChemiDoc MP成像系统Bio-Rad--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
患者分组与nICT方案
nICT具体药物、剂量和周期;R/NR判定标准(RECIST 1.1);NT组无新辅助治疗
阅读提示:Materials and methods中Human sample acquisition小节
scRNA-seq质控与整合
UMI计数阈值、基因数范围、线粒体UMI比例、Harmony主成分数
阅读提示:Materials and methods中Single-cell RNA-Seq data processing和Integration and clustering小节
差异表达与功能评分
DEG筛选阈值、免疫抑制和血管生成模块基因列表、评分方法
阅读提示:Materials and methods中Differentially gene expression analysis和Enrichment analysis and gene set scoring小节
空间转录组与反卷积
切片厚度、RIN阈值、Visium试剂盒、RCTD参考数据
阅读提示:Materials and methods中Spatial transcriptomic library preparation和Preprocessing of ST data小节
体外共培养与迁移实验
THP-1上清处理MRC-5时间、SRT6浓度(文中未明确说明)、CD8+ T细胞迁移实验时长和趋化梯度来源
阅读提示:Materials and methods中Co-culture assay和CD8+ T cell migration assays小节及Fig. 8图注
多重免疫荧光抗体与成像
抗体货号、稀释比例(文中未明确说明)、成像设备
阅读提示:Materials and methods中Multiplex immunofluorescence staining小节及Fig. 8O图注
外部队列验证
IMvigor210、ABACUS、GSE176307、GSE169455、GSE212810队列的评分方法和分组阈值
阅读提示:Results中Clinical relevance and external validation小节及Fig. 9图注