患者样本中真菌群分析
评估前列腺癌患者肠道、血液和肿瘤中N. glabratus的存在及其与生存的关联
对HSPC和CRPC患者粪便行ITS测序及鸟枪法宏基因组测序,对血液行qPCR,对新鲜冷冻肿瘤活检行PCR并Sanger测序排除污染
Commensal Nakaseomyces glabratus migrates into prostate tumors to accelerate cancer progression
含患者粪便/血液/肿瘤样本、两种小鼠模型、体外细胞与类器官、基因敲除及骨髓嵌合验证
TRAMP-C1同种移植瘤去势小鼠模型 Ptenpc−/−基因工程前列腺癌小鼠模型 CRPC患者粪便、血液及肿瘤样本 小鼠骨髓来源MDSCs(BM-MDSCs)与人源MDSCs AR阳性与AR阴性人前列腺癌类器官
N. glabratus口服剂量为100 μl含108 c.f.u.,于去势后给药 TRAMP-C1细胞接种量为2.5×10^6,肿瘤约100 mm3时去势 抗生素鸡尾酒:新霉素1 g/l、氨苄青霉素1 g/l、万古霉素0.5 g/l饮水,联合口服甲硝唑2 mg每周3次 PMN-MDSC清除:腹腔注射anti-Ly6G抗体(克隆1A8)150 μg,每周3次 A83-01使用浓度0.5 μM(部分实验1 μM),activin A为50 ng/ml
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估前列腺癌患者肠道、血液和肿瘤中N. glabratus的存在及其与生存的关联
对HSPC和CRPC患者粪便行ITS测序及鸟枪法宏基因组测序,对血液行qPCR,对新鲜冷冻肿瘤活检行PCR并Sanger测序排除污染
验证N. glabratus是否促进去势后前列腺癌进展
TRAMP-C1同种移植及Ptenpc−/−小鼠行假手术或去势,抗生素预处理后口服N. glabratus,监测肿瘤体积、重量、生存及病理和Ki67
确定N. glabratus是否通过PMN-MDSCs发挥促瘤作用
流式细胞术分析肿瘤浸润免疫细胞,anti-Ly6G清除PMN-MDSC,体外T细胞抑制实验及RT-qPCR/RNA-seq检测Nos2、Arg1等
明确识别N. glabratus的C型凝集素受体及下游信号
scRNA-seq与RT-qPCR筛选受体,siRNA敲低及Clec7a−/−、Clec4n−/− BM-MDSCs验证SYK、P38、ERK磷酸化,mannan刺激及骨髓嵌合小鼠体内验证
确定PMN-MDSC来源activin A及其对肿瘤细胞的作用
RNA-seq筛选分泌因子,RT-qPCR与ELISA检测Inhba/activin A,FAD培养TRAMP-C1加BM-MDSC条件培养基及A83-01,类器官实验,Inhbafl/flLyz2Cre+小鼠体内验证
验证雄激素剥夺导致肠道通透性增加及N. glabratus由肠道向肿瘤易位
FITC-dextran肠道通透性检测,紧密连接蛋白RT-qPCR/免疫荧光/Western blot,GFP标记N. glabratus的qPCR与共聚焦定位,皮下注射与氟康唑处理对照
验证恢复肠道屏障能否阻断真菌易位并抑制肿瘤
去势TRAMP-C1荷瘤小鼠口服N. glabratus并给予IT-水凝胶,检测肿瘤生长、瘤内真菌载量和PMN-MDSC浸润
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PMN-MDSC清除 | 抗Ly6G抗体(克隆1A8) | Bio X Cell | BP0075-1 |
| 同型对照 | InVivoPlus大鼠IgG2a同型对照(克隆2A3) | Bio X Cell | BP0089 |
| 免疫检测PMN-MDSCs | 抗小鼠Ly6G抗体(克隆S19018G) | BioLegend | 164504 |
| 细胞培养 | TRAMP-C1细胞 | ATCC | CRL-2730 |
| LNCaP细胞 | ATCC | CRL-1740 | |
| 支原体检测 | MycoAlert支原体检测试剂盒 | Lonza | LT07-218 |
| 真菌培养 | Nakaseomyces glabratus(光滑念珠菌) | ATCC | 2001TM |
| 白色念珠菌 | Leibniz Institute DSMZ | 11943 | |
| 粪便DNA提取 | QIAamp粪便快速DNA提取试剂盒 | QIAGEN | 51604 |
| InhibitEX缓冲液 | QIAGEN | 19593 | |
| 16S测序建库 | AMPure XP试剂盒 | Beckman Coulter | -- |
| 肿瘤组织DNA提取 | DNeasy血液与组织DNA提取试剂盒 | QIAGEN | -- |
| Sanger测序克隆 | pMD19-T Easy载体 | TaKaRa | 3271 |
| 血浆游离DNA提取 | MagMAX游离DNA提取试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | A29319 |
| 骨髓细胞裂解 | ACK缓冲液 | Gibco | A1049201 |
| 类器官培养 | GlutaMAX添加剂 | Gibco | 35050-068 |
| 人NRG1重组蛋白 | Peprotech | 100-03 | |
| Matrigel基质胶 | Corning | 356231 | |
| 96孔光学板 | Corning | 3904 | |
| 类器官增殖检测 | Incucyte S3活细胞分析系统 | SARTORIUS | -- |
| T细胞增殖标记 | 羧基荧光素琥珀酰亚胺酯 | Thermo Fisher Scientific | C34554 |
| T细胞活化 | 抗CD3/抗CD28磁珠 | Gibco | 11452D |
| 人T细胞活化 | 抗CD3/抗CD28磁珠 | Gibco | 11132D |
| 免疫荧光封片 | 含DAPI封片剂 | Invitrogen | P36931 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Ambion | 15596026 |
| cDNA合成 | ImProm-II试剂盒 | Promega | A3800 |
| RT-qPCR | GoTaq qPCR预混液 | Promega | A6002 |
| 肠道通透性检测 | FITC-葡聚糖 | Sigma-Aldrich | -- |
| 细胞分离 | Ficoll分离液 | Sigma-Aldrich | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 口服N. glabratus体内实验 | 真菌剂量100 μl 108 c.f.u.、去势时机(肿瘤约100 mm3)、ABX组成与预处理7天、每组样本量 阅读提示:Methods的In vivo experiments小节及Fig. 1f–h图注 |
| PMN-MDSC清除实验 | anti-Ly6G剂量150 μg、每周3次、同型对照克隆2A3 阅读提示:Methods的In vivo experiments小节及Fig. 2g,h图注 |
| Dectin-2机制实验 | N. glabratus MOI=5、mannan 5 μg/ml、siRNA靶基因与时间点 阅读提示:Methods的Cell stimulation小节及Fig. 3图注、Extended Data Fig. 5 |
| activin A通路实验 | A83-01浓度0.5 μM(部分1 μM)、activin A 50 ng/ml、FAD处理时长、条件培养基比例1:3 阅读提示:Methods的Cell stimulation与Human organoids小节及Fig. 4图注 |
| 肠道通透性与水凝胶实验 | FITC-dextran 50 mg/kg、4 h检测、IT-水凝胶4% w/v及口服100 μl 阅读提示:Methods的In vivo permeability assay与In vivo experiments小节及Fig. 6图注 |