构建PMOS卵泡液单细胞图谱
解析PMOS不同亚型排卵前卵泡微环境的细胞组成与异质性。
采集PMOS、Hyper、Met-IR患者及健康对照的排卵前卵泡液,进行scRNA-seq,经质控、整合、聚类和细胞类型注释。
Cell-resolved genetic risk reveals hyperandrogenism-associated immune and metabolic rewiring in the PMOS follicular microenvironment
含人卵泡液scRNA-seq、GWAS/scDRS/snATAC整合、卵泡液生化检测、KGN细胞DHT功能实验及小鼠数据集再分析,多层级证据并有功能验证。
人排卵前卵泡液原代细胞(PMOS各亚型及健康对照) KGN颗粒细胞系(DHT处理) DHEA诱导的小鼠PMOS样卵巢单细胞数据集
PMOS诊断依据Rotterdam标准,分PMOS组、Hyper组(高雄激素)和Met-IR组(二甲双胍治疗的胰岛素抵抗),健康对照来源于既往数据集 入选卵泡直径>8 mm,hCG给药后34–38 h取卵并收集卵泡液 KGN细胞DHT处理浓度500 nM、1 μM、2 μM,处理2、4、7天后检测 Seahorse线粒体应激实验依次注射oligomycin 1.5 μM、FCCP 0.5 μM、rotenone/antimycin A 1 μM 卵泡液生化指标(ASD、E1、E2、ATP、柠檬酸、乳酸、β-羟基丁酸、延胡索酸水合酶等)按试剂盒说明书检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
解析PMOS不同亚型排卵前卵泡微环境的细胞组成与异质性。
采集PMOS、Hyper、Met-IR患者及健康对照的排卵前卵泡液,进行scRNA-seq,经质控、整合、聚类和细胞类型注释。
确定PMOS遗传易感性在卵泡细胞群体中的富集位置。
整合PMOS及相关性状GWAS汇总统计量,使用MAGMA和scDRS计算细胞疾病相关性评分;整合卵巢snATAC-seq进行S-LDSC和SNP-DAR重叠分析。
鉴定与PMOS遗传风险和临床亚型相关的颗粒细胞状态及其代谢程序。
对颗粒细胞进行亚聚类,结合scDRS、代谢通量建模(scCellFie)、差异表达和通路活性分析。
验证转录组推断的类固醇激素和能量代谢改变。
使用ELISA和微孔板试剂盒检测卵泡液中类固醇激素和代谢物。
检验雄激素暴露是否直接导致颗粒细胞线粒体代谢损伤。
KGN细胞经DHT处理不同浓度和时间,检测线粒体呼吸、ATP、乳酸和线粒体膜电位。
在独立实验模型中评估类固醇生成通路扰动是否可重现。
再分析DHEA诱导的小鼠PMOS样卵巢单细胞转录组数据,进行代谢通量推断。
解析PMOS不同亚型中颗粒细胞与免疫细胞间的信号通讯改变。
使用CellPhoneDB和CellChat推断配体-受体相互作用及差异通讯。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| ELISA | 雌酮ELISA试剂盒 | Mkbio | MK0125ZA |
| 雌二醇ELISA试剂盒 | Mkbio | MK0376OA | |
| 雄烯二酮ELISA试剂盒 | Mkbio | MK0121ZA | |
| 乳酸检测试剂盒 | Adsbio | ADS-W-T009-96 | |
| ATP检测试剂盒 | Adsbio | ADS-W-A001-96 | |
| 柠檬酸检测试剂盒 | Adsbio | ADS-W-S002-96 | |
| β-羟基丁酸检测试剂盒 | Adsbio | ADS-W-D015-48 | |
| 延胡索酸水合酶活性检测试剂盒 | Adsbio | ADS-W-FM019 | |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | GIBCO | -- |
| 胎牛血清 | GIBCO | -- | |
| 青霉素-链霉素 | GIBCO | -- | |
| 药物处理 | 二氢睾酮 | TargetMol | T84319 |
| ATP和乳酸检测 | ATP检测试剂盒 | Beyotime | S0026 |
| 乳酸检测试剂盒 | APPLYGEN | E2063 | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Epizyme | ZJ102 |
| Seahorse线粒体呼吸 | 线粒体氧化磷酸化检测试剂盒 | Alicelligent | ALS22012 |
| Agilent Seahorse XFe96分析仪 | Agilent | -- | |
| Seahorse XF DMEM检测培养基 | Agilent | 103,680–100 | |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1线粒体膜电位检测试剂盒 | DOJINDO | MT09 |
| 细胞核染色 | Hoechst 33342细胞核染色液 | DOJINDO | H342 |
| 共聚焦成像 | 激光扫描共聚焦显微镜 | Nikon | AXR |
| 单细胞测序 | BD Rhapsody单细胞系统 | BD | -- |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| 文库质控 | Agilent 2200生物分析仪 | Agilent | -- |
| Qubit高灵敏度DNA检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者分组与样本采集 | PMOS诊断标准(Rotterdam)、Hyper组高雄激素定义(血清总睾酮高于上限和/或游离雄激素指数升高或mFG>4)、Met-IR组胰岛素抵抗定义(HOMA-IR)及二甲双胍治疗状态;各组样本量PMOS n=7、Hyper n=6、Met-IR n=7、NC n=3 阅读提示:Methods中Study design and patient sample collection小节 |
| 卵泡液处理与单细胞测序 | 卵泡直径>8 mm、hCG 0.25 mg触发后34–38 h取卵、红细胞裂解和洗涤流程、BD Rhapsody平台及WTA建库流程 阅读提示:Methods中Follicular fluid sample processing和Single-cel library preparation and sequencing小节 |
| scRNA-seq质控与整合 | UMI≥500、基因数≥200、线粒体转录本<25%的质控阈值;scVI整合参数(top 2,000 HVGs,percent_mito协变量);小鼠数据集调整阈值n_counts≥2,000、n_genes≥1,000、percent_mito≤15% 阅读提示:Methods中Quality control and doublet detection和Batch correction, clustering, and cell type annotation小节 |
| KGN细胞DHT处理与功能检测 | DHT浓度500 nM、1 μM、2 μM及处理2、4、7天;Seahorse每孔5,000细胞、注射oligomycin 1.5 μM、FCCP 0.5 μM、rotenone/antimycin A 1 μM;JC-1检测在day 2接种、day 4染色 阅读提示:Methods中Cell culture、Seahorse和JC-1 staining probes for live cell imaging小节及Fig. 5图注 |
| 卵泡液生化检测 | 各组样本量NC n=9、PMOS n=12、Hyper n=18、Met-IR n=8;ELISA和微孔板试剂盒品牌及货号;双因素方差分析及Tukey多重比较 阅读提示:Methods中ELISA小节及Fig. 5图注 |
| 细胞通讯分析 | CellPhoneDB配体-受体对表达阈值(≥10%细胞)和差异表达阈值(adjusted P<0.05,log2FC>0.25);CellChat每条件降采样至20,000 barcodes 阅读提示:Methods中Cell–cell interaction analyses小节 |