无偏生化筛选NLGN3结合伙伴
寻找脱落NLGN3在胶质瘤细胞表面的候选相互作用蛋白。
将生物素化NLGN3胞外域固定于链霉亲和素树脂,捕获患者来源DIPG/DMG和GBM细胞溶解膜蛋白,经质谱鉴定候选结合蛋白;并用FSEC检测NLGN3与硫酸软骨素及肝素的结合。
Neuroligin-3-CSPG4 interaction maintains oligodendrocyte precursor cell progenitor state and promotes glioma proliferation through mechanotransduction
涵盖患者来源胶质瘤细胞、原代OPC、CRISPR敲除、生化结合、钙成像、电生理、RNA-seq及原位异种移植等多层级功能与机制验证
患者来源DIPG/DMG与GBM胶质瘤细胞系(SU-DIPG6、SU-DIPG13pons、SU-DIPG21、MGG8等) 原代大鼠和小鼠少突胶质前体细胞(OPC) SU-DIPG6 WT/PIEZO1 KO原位异种移植小鼠模型 患者脑脊液(CSF)样本
重组sNLGN3处理浓度与时间:200 nM(部分实验100 nM)处理1 h,或400 nM用于膜张力测量 ADAM10抑制剂GI254023X浓度5 µM、预处理15 min PIEZO1/机械敏感通道工具:Yoda1 10 µM、Gd3+ 10 µM、GsMTx4 2.5 µM 钙成像中NLGN3 200 nM、4-AP 2.5 mM、cytochalasin D 2 µM,按ΔF/F0>20%判定激活 原位异种移植:P28 NSG小鼠,约300,000细胞/3 µl植入脑桥或皮层,4周后评估Ki67+/HNA+
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
寻找脱落NLGN3在胶质瘤细胞表面的候选相互作用蛋白。
将生物素化NLGN3胞外域固定于链霉亲和素树脂,捕获患者来源DIPG/DMG和GBM细胞溶解膜蛋白,经质谱鉴定候选结合蛋白;并用FSEC检测NLGN3与硫酸软骨素及肝素的结合。
检验脱落NLGN3是否促进胶质瘤细胞和OPC的CSPG4胞外域脱落。
用重组NLGN3胞外域处理胶质瘤细胞和原代OPC,收集条件培养基经Western blot检测CSPG4胞外域,并联合ADAM10抑制剂验证依赖性。
验证膜去极化是否足以增强ADAM10介导的CSPG4脱落及其与去极化时长的关系。
通过GCaMP6s宽场钙成像、4-AP、光遗传ChR2刺激、膜片钳和cytochalasin D处理诱导去极化,检测钙反应与CSPG4脱落。
检验NLGN3–CSPG4结合是否增加膜张力并由PIEZO1等机械敏感通道介导去极化。
用Flipper-TR FLIM测量膜张力,结合scRNA-seq筛选机械转导器,使用GsMTx4、Gd3+、Yoda1、PIEZO1敲除及膜片钳记录机械敏感电流。
验证PIEZO1是否介导NLGN3诱导的PI3K–mTOR激活及体内胶质瘤增殖。
磷酸流式检测pAKT Ser473,bulk RNA-seq分析PIEZO1 KO转录组,原位异种移植PIEZO1 WT/KO细胞并计数Ki67+/HNA+细胞。
探究该通路在正常OPC增殖、分化及群体维持中的作用。
原代大鼠OPC在PDGFAA撤除条件下给予NLGN3及ADAM10抑制剂,检测EdU掺入、形态分化、CSPG4/MBP比例、bulk RNA-seq和qRT–PCR;并用条件性Nlgn3敲除小鼠评估OPC数量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 重组NLGN3纯化 | NLGN3胞外域DNA | Sino Biological | HG11160-UT |
| 重组蛋白表达 | Expi293细胞 | Thermo Fisher Scientific | A14635 |
| 蛋白纯化 | HisPur钴树脂 | Thermo Fisher Scientific | 89964 |
| 膜蛋白提取 | Halt蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | 78429 |
| 蛋白生物素化 | BirA生物素-蛋白连接酶标准反应试剂盒 | Avidity | EC 6.3.4.15 |
| 蛋白浓缩 | Amicon 30 kDa超滤管 | MilliporeSigma | UFC503096 |
| NLGN3亲和捕获 | Pierce ProFound生物素化蛋白相互作用下拉试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 21115 |
| WB与脱落实验 | 4× LDS上样缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | NP0007 |
| β-巯基乙醇 | Sigma-Aldrich | M6250 | |
| WB检测 | 抗NLGN3胞外域抗体 | Abcam | 90080 |
| 抗CSPG4 N端抗体 | Cell Signaling Technology | 52635 | |
| HRP偶联二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| WB显影 | SuperSignal West Femto化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 34580 |
| FSEC结合实验 | 硫酸软骨素 | Sigma-Aldrich | -- |
| 肝素(硫酸乙酰肝素) | US Biological | -- | |
| 原代OPC培养 | 多聚-D-赖氨酸 | Sigma-Aldrich | P6407 |
| 佛司可林 | Sigma-Aldrich | F6886 | |
| 血小板衍生生长因子 | Peprotech | 100-13A | |
| 睫状神经营养因子 | Peprotech | 450-02 | |
| 神经营养因子3 | Peprotech | 450-03 | |
| 原代OPC分化 | 三碘甲状腺原氨酸 | Sigma-Aldrich | T6397 |
| N21-MAX添加剂 | R&D Systems | AR008 | |
| 细胞脱落实验 | CSPG4脱落实验30 kDa超滤管 | MilliporeSigma | UFC503096 |
| WB检测CSPG4 C端 | 抗CSPG4 C端抗体 | Abcam | ab139406 |
| F-actin染色 | F-actin可视化试剂盒 | Cytoskeleton | BK005 |
| 磷酸化流式 | 磷酸化AKT Ser473兔单抗 | Cell Signaling Technology | 4075 |
| 膜张力测量 | Flipper-TR膜张力探针 | Spirochrome | -- |
| 膜片钳 | 硼硅酸盐膜片钳玻璃电极 | Harvard Apparatus | -- |
| MultiClamp 700B放大器 | Molecular Devices | -- | |
| Digidata 1400数模转换器 | Molecular Devices | -- | |
| HSPC-1压力钳装置 | ALA Scientific | -- | |
| CRISPR敲除 | pL-CRISPR.EFS.GFP质粒 | Addgene | 57818 |
| 慢病毒浓缩 | Takara Lenti-X浓缩试剂 | Takara | 631231 |
| 病毒滴度检测 | Takara Lenti-X GoStix Plus | Takara | 631280 |
| PIEZO1敲除 | PIEZO1 CRISPR引导RNA 3_pLentiCRISPR v2 | Genscript | CATCCCCAACGCCATCCGGC |
| FACS分选 | Alexa Fluor 647标记抗CSPG4抗体 | BD Biosciences | 562414 |
| 单细胞解离 | Accutase细胞解离液 | Stem Cell Technologies | 07920 |
| RNA提取 | RLT缓冲液 | Qiagen | 74134 |
| 逆转录 | 模板转换逆转录酶混合物 | NEB | M0466L |
| cDNA扩增 | KAPA HiFi预混液 | Roche | KK2102 |
| 文库构建 | 转座酶建库试剂盒 | Illumina | FC-131-1096 |
| 双重唯一索引 | Illumina | 20027213 | |
| 文库检测 | 高灵敏度DNA Bioanalyzer试剂盒 | Agilent | 50674626 |
| 测序 | P2测序试剂盒 | Illumina | 20046812 |
| EdU检测 | Click-iT EdU Alexa Fluor 594成像试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | C10339 |
| EdU实验 | 八孔腔室载玻片 | Thermo Fisher Scientific | 154534PK |
| 免疫组化 | 兔抗Ki67抗体 | Abcam | ab15580 |
| 免疫荧光 | 兔PIEZO1抗体 | Proteintech | 15939-1-AP |
| 鸡抗GFP抗体 | Abcam | ab13970 | |
| 免疫荧光二抗 | 抗鸡488二抗 | Jackson ImmunoResearch | 703-545-155 |
| 抗兔594二抗 | Jackson ImmunoResearch | 111-585-144 | |
| OPC分化染色 | 抗MBP抗体 | Abcam | ab7349 |
| OLIG2抗体 | R&D Systems | AF2418 | |
| 封片 | ProLong Gold封片剂 | Life Technologies | P36930 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| NLGN3诱导CSPG4脱落 | sNLGN3浓度与处理时间(100 nM或200 nM,1 h)、ADAM10抑制剂GI254023X 5 µM预处理15 min、条件培养基浓缩倍数、独立生物学重复数n=3–4 阅读提示:Methods“CSPG4 shedding assay”及Fig. 2图注 |
| 膜去极化诱导脱落 | 4-AP 2.5 mM、cytochalasin D 2 µM(15–18 min)、ChR2光刺激参数470 nm/1 mW mm−2/0–60 s每15 min共1 h;钙成像判定阈值ΔF/F0>20% 阅读提示:Methods“Wide-field GCaMP6s Ca2+ imaging”及Fig. 3图注 |
| 膜张力与机械转导 | Flipper-TR 1 µM染色30 min、NLGN3 400 nM、GsMTx4 2.5 µM、Gd3+ 10 µM、Yoda1 10 µM;细胞贴附记录负压步进0至−60 mmHg 阅读提示:Methods“Live cell membrane tension measurement”“Electrophysiology”及Fig. 4图注 |
| PIEZO1敲除与原位移植 | PIEZO1 sgRNA序列、嘌呤霉素筛选浓度0.5–1 µg/ml、移植细胞数约300,000/3 µl、注射位点坐标、移植后4周评估Ki67+/HNA+ 阅读提示:Methods“CRISPR KO of PIEZO1”“High-grade glioma xenografts”及Fig. 5图注 |
| OPC分化与体内敲除 | NLGN3 400 nM、ADAM10抑制剂5 µM、GsMTx4 5 µM、PDGFAA撤除48 h、他莫昔芬P21起连续5天、OPC计数区域为胼胝体 阅读提示:Methods“OPC differentiation assay”及Extended Data Fig. 7图注 |