肿瘤坏死因子受体1调控结肠间充质细胞多样性与上皮干细胞生态位

Tumor Necrosis Factor Receptor 1 Regulates Colonic Mesenchymal Cell Diversity and the Epithelial Stem Cell Niche

作者信息Safina Gadeock, Nandini Girish, Cambrian Y Liu, Ying Huang, Barun Das, Tracy C Grikscheit, D Brent Polk
PMID42575201
发布时间2026-08-11
DOI10.1016/j.jcmgh.2026.101856

实验完整度

高

包含TNFR1−/−与Pdgfra-Cre;TNFR1fl/fl小鼠、原代肌成纤维细胞、scRNA-seq、bulk RNA-seq、类器官共培养及功能挽救。

主要模型

TNFR1−/−与TNFR1+/−小鼠结肠间充质 Pdgfra-Cre;TNFR1fl/fl小鼠结肠PDGFRα+间充质 原代小鼠结肠肌成纤维细胞 Lgr5::EGFP-IRES-CreERT2小鼠结肠类器官与间充质共培养

重点核对

TNFR1−/−与对照小鼠结肠间充质中VIM、αSMA、PDGFRα、GLI1、FOXL1的免疫染色定量 原代结肠肌成纤维细胞中ITGA6、PDGFRα、RSPO3的qPCR与免疫印迹 类器官共培养中r-RSPO3 0.5–50 ng/mL或抗RSPO3抗体0.005–5 μg/mL处理5天后Lgr5、Ephb3表达 TNFR1−/−肌成纤维细胞中抗ITGA6抗体0.2 μg处理后的PI3K/MAPK/RAP1信号、迁移与PDGFRα/RSPO3表达 人18Co肌成纤维细胞中抗TNFR1抗体0.5 μg/mL处理5天后的ITGA6、PDGFRA、RSPO3表达

摘要

背景与目的:肿瘤坏死因子受体1调控肠上皮存活与修复,但其在结肠间充质中的作用尚不清楚。我们研究间充质肿瘤坏死因子受体1信号如何控制基质细胞身份、干细胞生态位功能及上皮稳态。方法:使用免疫染色、Western blotting、bulk和单细胞RNA测序以及类器官-间充质共培养系统,分析来自种系肿瘤坏死因子受体1缺陷(TNFR1−/−)和间充质特异性Pdgfra-Cre;TNFR1fl/fl小鼠的结肠间充质细胞群。功能研究包括伤口愈合实验、重组R-spondin 3挽救及整合素A6阻断。结果:肿瘤坏死因子受体1缺失改变了间充质组成,在体内和体外降低血小板衍生生长因子受体α表达,同时增加α平滑肌肌动蛋白表达。单细胞RNA测序显示肿瘤坏死因子受体1缺失后间充质异质性丧失,包括一个独特的肿瘤坏死因子和干扰素响应性间充质亚群耗竭,该亚群富集Mmp9、Cd200、Traf1和Tnfrsf9。转录组分析显示干细胞生态位因子包括Rspo3、Wnt2b和Fgf2下调,同时细胞外基质和增殖信号通路增加,特别是整合素A6、磷脂酰肌醇3-激酶、丝裂原活化蛋白激酶和Ras相关蛋白1信号。间充质肿瘤坏死因子受体1缺失在体内损害上皮增殖并减少Lgr5+和Ephb3+肠干细胞表达。在类器官共培养系统中,肿瘤坏死因子受体1缺陷间充质细胞抑制上皮干细胞标志物表达并改变结肠类器官形态,这些效应可被重组R-spondin 3挽救。整合素A6阻断恢复了血小板衍生生长因子受体α和R-spondin 3表达,并使肿瘤坏死因子受体1缺陷肌成纤维细胞中的增殖信号和迁移正常化。类似地,在人结肠肌成纤维细胞中观察到肿瘤坏死因子受体1依赖的整合素A6、血小板衍生生长因子受体α和R-spondin 3调控。结论:间充质肿瘤坏死因子受体1维持结肠间充质多样性,支持R-spondin 3依赖性干细胞生态位信号,并维持肠干细胞稳态。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
间充质TNFR1信号如何控制结肠基质细胞身份、干细胞生态位功能及上皮稳态?
核心机制
间充质TNFR1维持结肠间充质多样性,并通过抑制ITGA6、维持PDGFRα+生态位细胞及RSPO3依赖性信号支持Lgr5+肠干细胞。
主要证据
TNFR1−/−和Pdgfra-Cre;TNFR1fl/fl小鼠中PDGFRα降低、αSMA升高、cluster 6间充质亚群缺失、Rspo3下调、Lgr5+/Ephb3+干细胞减少;类器官共培养中TNFR1−/−肌成纤维细胞抑制Lgr5/Ephb3,r-RSPO3挽救;抗ITGA6恢复PDGFRα、RSPO3及增殖/迁移。
研究意义
提示间充质TNFR1是上皮稳态的重要调控者,广泛抑制TNF/TNFR1可能干扰保护性间充质依赖的修复通路。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

TNFR1缺失小鼠间充质标志物分析

验证TNFR1缺失是否改变结肠间充质细胞标志物表达。

对16周龄TNFR1+/−和TNFR1−/−小鼠远端结肠进行免疫染色和Western blotting,检测VIM、αSMA、PDGFRα、GLI1、FOXL1。

2

间充质特异性TNFR1缺失验证

验证Pdgfra-Cre;TNFR1fl/fl小鼠中PDGFRα+间充质TNFR1缺失及其表型。

生成Pdgfra-Cre;TNFR1fl/fl小鼠,检测TNFR1 RNA和蛋白,并免疫染色αSMA、VIM、PDGFRα和RSPO3。

3

单细胞RNA测序分析间充质异质性

确定TNFR1是否维持结肠肌成纤维细胞多样性和特定亚群。

从3只TNFR1+/−和3只TNFR1−/−小鼠分离原代结肠肌成纤维细胞,扩增后进行scRNA-seq,聚类并分析标志基因和通路。

4

bulk RNA测序分析生态位因子

鉴定TNFR1缺失后肌成纤维细胞中低表达或高表达的关键基因。

对原代对照和TNFR1−/−结肠肌成纤维细胞进行bulk RNA-seq,分析差异表达基因及KEGG/GO通路。

5

体内肠干细胞和上皮增殖分析

确定间充质TNFR1缺失是否影响肠干细胞和上皮增殖。

在Pdgfra-Cre;TNFR1fl/fl和TNFR1−/−小鼠远端结肠中检测Lgr5、Ephb3、Ki67、MPO和Ph2AX。

6

类器官-肌成纤维细胞共培养功能验证

验证TNFR1−/−间充质细胞对上皮干细胞标志物和类器官形态的功能影响。

对照或TNFR1−/−类器官与对照或TNFR1−/−结肠肌成纤维细胞以10:1比例在Matrigel中共培养5天,检测Lgr5、Ephb3和类器官形态。

7

RSPO3挽救与中和实验

验证RSPO3是否足以挽救或必要于维持Lgr5+干细胞。

Lgr5::EGFP-IRES-CreERT2类器官与TNFR1−/−肌成纤维细胞共培养,加入r-RSPO3或抗RSPO3抗体,检测Lgr5和Ephb3。

8

ITGA6阻断与机制验证

验证ITGA6是否介导TNFR1−/−肌成纤维细胞的增殖、迁移和生态位因子缺陷。

TNFR1−/−结肠肌成纤维细胞用抗ITGA6抗体处理,检测PI3K/MAPK/RAP1信号、迁移、PDGFRα和RSPO3。

9

人肌成纤维细胞验证

确定小鼠发现是否可转化至人结肠间充质。

人18Co肌成纤维细胞用抗TNFR1抗体处理5天,检测ITGA6、PDGFRA、RSPO3。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
青霉素-链霉素(10,000 U/mL)Gibco15140163
胎牛血清Corning35-010-CV
重组小鼠表皮生长因子Peprotech315-09
DispaseGibco17105041
XI型胶原酶Gibco17104019
IntestiCultSTEMCELL06005
肿瘤坏死因子R&D Systems410-MT
重组R-spondin 3R&D Systems4120-RS
抗RSPO3抗体R&D SystemsAF35001
IgG同型对照R&D Systems5-001-A
FM4-64XThermo Fisher ScientificF34653
抗波形蛋白抗体Abcamab137321
α平滑肌肌动蛋白,克隆1A4R&D SystemsMAB1420
抗FOXL1抗体Abcamab190226
抗GLI1抗体Rockland Antibodies and Assays100-401-223
CD140a(PDGFRA)抗体,克隆APA5Thermo Fisher Scientific14-1401-82
p27/Kip1抗体,克隆225,501R&D SystemsMAB2256
磷酸化Akt(Ser473)抗体Cell Signaling9271
Akt抗体,克隆40D4Cell Signaling2920
磷酸化p44/42 MAPK(Erk1/2)(Thr202/Tyr204),克隆D13.14.4E XP抗体Cell Signaling4370
p44/42 MAPK(Erk1/2)抗体Cell Signaling9102
重组抗RAP1GAP抗体,克隆Y134Abcamab32373
抗RAP1抗体,克隆4c8/1Abcamab14404
RSPO3抗体Proteintech17193-1-AP
抗β-肌动蛋白抗体,克隆AC-15Millipore SigmaA5441
GAPDH抗体GenetexGTX100118
TNFRI/TNFRSF1A抗体R&D SystemsMAB225
磷酸化IκBα(Ser32)(14D4)抗体Cell Signaling2859
IκBα抗体Cell Signaling9242
IRDye 800CW IgG二抗LICOR926-32213
IRDye 680RD IgG二抗LICOR926-68070
抗整合素α6抗体,克隆NKI-GoH3Millipore SigmaMAB1378
IgG对照Millipore Sigma12-370
TNFR1/CD120a/TNFRSF1A中和抗体SinoBiological150496-M08H
IgG对照SinoBiologicalCR1
TNFR2重组抗体(ARC0397)Thermo Fisher ScientificMA5-35276
Ambion PureLink RNA分离试剂盒Thermo Fisher Scientific12183025
Verso cDNA合成试剂盒Thermo Fisher ScientificAB1453B
TaqMan Fast Advanced Master MixThermo Fisher Scientific4444557
SYBR Premix Ex Taq II(Tli RNase H Plus),ROX PlusTakaraRR82WR
Click-iT Plus EdU Alexa Fluor488成像试剂盒ThermoFisher ScientificC10632
EasySep死细胞去除(Annexin V)试剂盒STEMCELL17899
RNAscope 2.5 HD检测试剂-棕色ACD322310

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
小鼠模型与分组
小鼠品系、周龄、性别、对照组设置和TNFR1缺失验证
阅读提示:Methods中Experimental Animals与Figure 1C、Figure 1D图注
间充质细胞分离和培养
原代结肠肌成纤维细胞分离步骤、培养基组成、传代比例和培养时间
阅读提示:Methods中Isolation of primary colonic myofibroblasts
类器官-间充质共培养
细胞比例、基质、培养基比例、培养天数和类器官数量
阅读提示:Methods中Organoid and myofibroblasts coculture,Figure 5图注
RSPO3挽救与抗RSPO3处理
r-RSPO3浓度5 ng/mL与50 ng/mL差异、处理5天、抗RSPO3剂量0.05 μg对照
阅读提示:Methods中Coculture experiments with recombinant R-spondin 3 and anti–R-spondin 3 treatments,Figure 5D、F
ITGA6阻断
抗ITGA6抗体0.2 μg或0.2 μg/mL、处理时间5天或0–16小时、IgG对照
阅读提示:Methods中Immunoblotting与Wound healing assay,Figure 6C–E
人18Co细胞抗TNFR1处理
抗TNFR1抗体0.5 μg/mL、处理5天、IgG同型对照
阅读提示:Methods中Human primary myofibroblast culture and anti–tumor necrosis factor receptor 1 experiments,Figure 6F