TNFR1缺失小鼠间充质标志物分析
验证TNFR1缺失是否改变结肠间充质细胞标志物表达。
对16周龄TNFR1+/−和TNFR1−/−小鼠远端结肠进行免疫染色和Western blotting,检测VIM、αSMA、PDGFRα、GLI1、FOXL1。
Tumor Necrosis Factor Receptor 1 Regulates Colonic Mesenchymal Cell Diversity and the Epithelial Stem Cell Niche
包含TNFR1−/−与Pdgfra-Cre;TNFR1fl/fl小鼠、原代肌成纤维细胞、scRNA-seq、bulk RNA-seq、类器官共培养及功能挽救。
TNFR1−/−与TNFR1+/−小鼠结肠间充质 Pdgfra-Cre;TNFR1fl/fl小鼠结肠PDGFRα+间充质 原代小鼠结肠肌成纤维细胞 Lgr5::EGFP-IRES-CreERT2小鼠结肠类器官与间充质共培养
TNFR1−/−与对照小鼠结肠间充质中VIM、αSMA、PDGFRα、GLI1、FOXL1的免疫染色定量 原代结肠肌成纤维细胞中ITGA6、PDGFRα、RSPO3的qPCR与免疫印迹 类器官共培养中r-RSPO3 0.5–50 ng/mL或抗RSPO3抗体0.005–5 μg/mL处理5天后Lgr5、Ephb3表达 TNFR1−/−肌成纤维细胞中抗ITGA6抗体0.2 μg处理后的PI3K/MAPK/RAP1信号、迁移与PDGFRα/RSPO3表达 人18Co肌成纤维细胞中抗TNFR1抗体0.5 μg/mL处理5天后的ITGA6、PDGFRA、RSPO3表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证TNFR1缺失是否改变结肠间充质细胞标志物表达。
对16周龄TNFR1+/−和TNFR1−/−小鼠远端结肠进行免疫染色和Western blotting,检测VIM、αSMA、PDGFRα、GLI1、FOXL1。
验证Pdgfra-Cre;TNFR1fl/fl小鼠中PDGFRα+间充质TNFR1缺失及其表型。
生成Pdgfra-Cre;TNFR1fl/fl小鼠,检测TNFR1 RNA和蛋白,并免疫染色αSMA、VIM、PDGFRα和RSPO3。
确定TNFR1是否维持结肠肌成纤维细胞多样性和特定亚群。
从3只TNFR1+/−和3只TNFR1−/−小鼠分离原代结肠肌成纤维细胞,扩增后进行scRNA-seq,聚类并分析标志基因和通路。
鉴定TNFR1缺失后肌成纤维细胞中低表达或高表达的关键基因。
对原代对照和TNFR1−/−结肠肌成纤维细胞进行bulk RNA-seq,分析差异表达基因及KEGG/GO通路。
确定间充质TNFR1缺失是否影响肠干细胞和上皮增殖。
在Pdgfra-Cre;TNFR1fl/fl和TNFR1−/−小鼠远端结肠中检测Lgr5、Ephb3、Ki67、MPO和Ph2AX。
验证TNFR1−/−间充质细胞对上皮干细胞标志物和类器官形态的功能影响。
对照或TNFR1−/−类器官与对照或TNFR1−/−结肠肌成纤维细胞以10:1比例在Matrigel中共培养5天,检测Lgr5、Ephb3和类器官形态。
验证RSPO3是否足以挽救或必要于维持Lgr5+干细胞。
Lgr5::EGFP-IRES-CreERT2类器官与TNFR1−/−肌成纤维细胞共培养,加入r-RSPO3或抗RSPO3抗体,检测Lgr5和Ephb3。
验证ITGA6是否介导TNFR1−/−肌成纤维细胞的增殖、迁移和生态位因子缺陷。
TNFR1−/−结肠肌成纤维细胞用抗ITGA6抗体处理,检测PI3K/MAPK/RAP1信号、迁移、PDGFRα和RSPO3。
确定小鼠发现是否可转化至人结肠间充质。
人18Co肌成纤维细胞用抗TNFR1抗体处理5天,检测ITGA6、PDGFRA、RSPO3。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 青霉素-链霉素(10,000 U/mL) | Gibco | 15140163 |
| 胎牛血清 | Corning | 35-010-CV | |
| 重组小鼠表皮生长因子 | Peprotech | 315-09 | |
| 组织消化 | Dispase | Gibco | 17105041 |
| XI型胶原酶 | Gibco | 17104019 | |
| 类器官培养 | IntestiCult | STEMCELL | 06005 |
| TNF处理 | 肿瘤坏死因子 | R&D Systems | 410-MT |
| RSPO3挽救 | 重组R-spondin 3 | R&D Systems | 4120-RS |
| RSPO3中和 | 抗RSPO3抗体 | R&D Systems | AF35001 |
| IgG同型对照 | R&D Systems | 5-001-A | |
| 共培养成像 | FM4-64X | Thermo Fisher Scientific | F34653 |
| 免疫印迹 | 抗波形蛋白抗体 | Abcam | ab137321 |
| α平滑肌肌动蛋白,克隆1A4 | R&D Systems | MAB1420 | |
| 抗FOXL1抗体 | Abcam | ab190226 | |
| 抗GLI1抗体 | Rockland Antibodies and Assays | 100-401-223 | |
| CD140a(PDGFRA)抗体,克隆APA5 | Thermo Fisher Scientific | 14-1401-82 | |
| p27/Kip1抗体,克隆225,501 | R&D Systems | MAB2256 | |
| 磷酸化Akt(Ser473)抗体 | Cell Signaling | 9271 | |
| Akt抗体,克隆40D4 | Cell Signaling | 2920 | |
| 磷酸化p44/42 MAPK(Erk1/2)(Thr202/Tyr204),克隆D13.14.4E XP抗体 | Cell Signaling | 4370 | |
| p44/42 MAPK(Erk1/2)抗体 | Cell Signaling | 9102 | |
| 重组抗RAP1GAP抗体,克隆Y134 | Abcam | ab32373 | |
| 抗RAP1抗体,克隆4c8/1 | Abcam | ab14404 | |
| RSPO3抗体 | Proteintech | 17193-1-AP | |
| 抗β-肌动蛋白抗体,克隆AC-15 | Millipore Sigma | A5441 | |
| GAPDH抗体 | Genetex | GTX100118 | |
| TNFRI/TNFRSF1A抗体 | R&D Systems | MAB225 | |
| 磷酸化IκBα(Ser32)(14D4)抗体 | Cell Signaling | 2859 | |
| IκBα抗体 | Cell Signaling | 9242 | |
| IRDye 800CW IgG二抗 | LICOR | 926-32213 | |
| IRDye 680RD IgG二抗 | LICOR | 926-68070 | |
| ITGA6阻断 | 抗整合素α6抗体,克隆NKI-GoH3 | Millipore Sigma | MAB1378 |
| IgG对照 | Millipore Sigma | 12-370 | |
| TNFR1中和 | TNFR1/CD120a/TNFRSF1A中和抗体 | SinoBiological | 150496-M08H |
| IgG对照 | SinoBiological | CR1 | |
| TNFR2检测 | TNFR2重组抗体(ARC0397) | Thermo Fisher Scientific | MA5-35276 |
| RNA分离 | Ambion PureLink RNA分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 12183025 |
| cDNA合成 | Verso cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | AB1453B |
| qPCR | TaqMan Fast Advanced Master Mix | Thermo Fisher Scientific | 4444557 |
| SYBR Premix Ex Taq II(Tli RNase H Plus),ROX Plus | Takara | RR82WR | |
| EdU增殖检测 | Click-iT Plus EdU Alexa Fluor488成像试剂盒 | ThermoFisher Scientific | C10632 |
| 单细胞RNA测序 | EasySep死细胞去除(Annexin V)试剂盒 | STEMCELL | 17899 |
| RNAscope原位杂交 | RNAscope 2.5 HD检测试剂-棕色 | ACD | 322310 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型与分组 | 小鼠品系、周龄、性别、对照组设置和TNFR1缺失验证 阅读提示:Methods中Experimental Animals与Figure 1C、Figure 1D图注 |
| 间充质细胞分离和培养 | 原代结肠肌成纤维细胞分离步骤、培养基组成、传代比例和培养时间 阅读提示:Methods中Isolation of primary colonic myofibroblasts |
| 类器官-间充质共培养 | 细胞比例、基质、培养基比例、培养天数和类器官数量 阅读提示:Methods中Organoid and myofibroblasts coculture,Figure 5图注 |
| RSPO3挽救与抗RSPO3处理 | r-RSPO3浓度5 ng/mL与50 ng/mL差异、处理5天、抗RSPO3剂量0.05 μg对照 阅读提示:Methods中Coculture experiments with recombinant R-spondin 3 and anti–R-spondin 3 treatments,Figure 5D、F |
| ITGA6阻断 | 抗ITGA6抗体0.2 μg或0.2 μg/mL、处理时间5天或0–16小时、IgG对照 阅读提示:Methods中Immunoblotting与Wound healing assay,Figure 6C–E |
| 人18Co细胞抗TNFR1处理 | 抗TNFR1抗体0.5 μg/mL、处理5天、IgG同型对照 阅读提示:Methods中Human primary myofibroblast culture and anti–tumor necrosis factor receptor 1 experiments,Figure 6F |