ICC患者样本采集与多组学图谱构建
系统描绘ICC肿瘤、癌旁和边界区域巨噬细胞的异质性和空间分布
收集16例ICC患者肿瘤、癌旁和边界组织,进行scRNA-seq和空间转录组测序,并整合公共数据集GSE138709;同时进行流式、IHC和mIF验证。
Targeting TREM2+ and TIMD4+ Macrophages Reprograms the Tumor Microenvironment and Enhances PD-1 Blockade Efficacy in Intrahepatic Cholangiocarcinoma
整合scRNA-seq、空间转录组、流式、mIF、体外共培养及两种Trem2−/−小鼠ICC模型,含功能与机制验证
16例ICC患者肿瘤及配对癌旁/边界组织(scRNA-seq等) Kras-P19诱导ICC小鼠模型 Yap-Akt诱导ICC小鼠模型 Trem2−/− C57BL/6J小鼠ICC模型
单细胞RNA测序:16例ICC患者肿瘤与癌旁组织,另整合GSE138709 8例,共24例 空间转录组测序:ICC组织边界区域TREM2+巨噬细胞富集及与POSTN+ CAF共定位 Trem2−/−小鼠:Kras-P19和Yap-Akt诱导ICC,比较肿瘤负荷和生存 巨噬细胞特异性Trem2沉默:AAV8-F4/80Cre-sh-Trem2,比较肿瘤进展 治疗实验:抗Trem2、抗Timd4、抗Pd-1抗体每3天腹腔注射,共6次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
系统描绘ICC肿瘤、癌旁和边界区域巨噬细胞的异质性和空间分布
收集16例ICC患者肿瘤、癌旁和边界组织,进行scRNA-seq和空间转录组测序,并整合公共数据集GSE138709;同时进行流式、IHC和mIF验证。
鉴定ICC中巨噬细胞亚群并验证其在小鼠模型中的保守性
通过scRNA-seq聚类鉴定7个巨噬细胞亚群,包括TREM2+、TIMD4+等;在小鼠Yap-Akt和Kras-P19诱导ICC模型中分析对应亚群,并通过相似性分析评估跨物种保守性。
验证TREM2+巨噬细胞对ICC进展、CD8+ T细胞耗竭和Treg分化的影响
通过Trem2−/−小鼠、AAV8-F4/80Cre-sh-Trem2巨噬细胞特异性沉默、体外共培养和流式细胞术,评估肿瘤负荷、生存、CD8+ T细胞耗竭和Treg比例。
验证TREM2+巨噬细胞通过PLAU–PLAUR轴直接增强ICC细胞侵袭和迁移
ELISA检测PLAU水平,Western blot筛选高表达PLAUR的ICC细胞系,共培养实验和IPR-803抑制实验,以及AAV8介导的Plaur沉默和IPR-803体内给药。
验证TREM2+巨噬细胞诱导HSC向POSTN+ myCAF转化并形成限制CD8+ T细胞浸润的物理屏障
分析Trem2−/−小鼠成纤维细胞转录组,共培养LX-2 HSC与Trem2+或Trem2−巨噬细胞,mIF检测CD8+ T细胞浸润,并使用FAP靶向pirfenidone纳米粒诱导myCAF静默。
评估抗Trem2、抗Timd4单药及联合抗Pd-1在ICC小鼠模型中的疗效和安全性
在Kras-P19和Yap-Akt诱导ICC小鼠中,每3天腹腔注射抗体,共6次,评估肿瘤负荷、免疫细胞组成和生存,并进行安全性检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | univ-bio | abs9484 |
| DMEM培养基 | univ-bio | abs9483 | |
| 胎牛血清 | Cytiva | SH30088.03HI | |
| 青霉素-链霉素 | univ-bio | abs9244 | |
| 组织消化 | IV型胶原酶 | univ-bio | abs082456 |
| II型胶原酶 | univ-bio | abs082505 | |
| DNA酶I | Solarbio | D8071 | |
| 透明质酸酶 | univ-bio | abs42225221 | |
| 流式细胞术 | 红细胞裂解液 | Solarbio | R1010 |
| 流式染色缓冲液 | univ-bio | FC001 | |
| Fc受体阻断剂 | univ-bio | 88280S | |
| 活性染料 | BD Biosciences | 564406 | |
| 免疫荧光 | EDTA缓冲液 | univ-bio | 15575020 |
| 4′,6-二脒基-2-苯基吲哚 | univ-bio | sc-3598 | |
| 抗荧光淬灭封片剂 | univ-bio | abs090692 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| PVDF膜 | Beyotime | FFP101 | |
| Western无蛋白快速封闭液 | Beyotime | P0213 | |
| Transwell实验 | 基质胶 | Beyotime | C0372 |
| 细胞染色 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| 小鼠模型构建 | pT3-EF1α-HA-myr-Akt质粒 | Addgene | 31789 |
| pT3-EF1α-YAPS127A质粒 | Addgene | 46049 | |
| Sleeping Beauty转座酶100 | Addgene | 34879 | |
| 抗体治疗 | 抗Csf1r抗体 | BioXcell | BE0273 |
| 抗Pd-1抗体 | BioXcell | BE0213 | |
| 抗Trem2抗体 | BioXcell | BE0447 | |
| 抗Timd4抗体 | BioXcell | BE0171 | |
| 纳米粒制备 | 吡非尼酮 | Medchemexpress | HY-B0673 |
| Mal-DSPE-PEG2000 | Medchemexpress | HY-140739 | |
| 胆固醇 | Beyotime | ST1155 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本采集与区域定义 | 肿瘤组织取肿瘤边界内>0.5 cm,边界组织取肿瘤-非肿瘤界面约等比例,癌旁组织取距肿瘤边界>1 cm且避开超声刀热损伤区域;所有患者术前未接受抗癌治疗 阅读提示:Materials and Methods中Human subjects小节及Table S1 |
| 单细胞RNA测序 | 16例ICC患者新鲜手术标本;整合GSE138709 8例;质控标准:线粒体基因<10%,500<nCount<8000,nFeature>300;最终保留264,155细胞用于下游分析 阅读提示:Materials and Methods中Single-cell suspension preparation and single-cell library preparation and sequencing及scRNA-seq data quality control小节 |
| Trem2−/−小鼠ICC模型 | Trem2-KO小鼠品系NM-KO-190402,5-6周龄,19-20 g;Kras-P19模型通过 hydrodynamic tail vein injection 注射pCaggs-KRASG12D 20 μg、pX330-sg-p19 15 μg、SB100 3 μg;Yap-Akt模型注射pT3-EF1α-HA-myr-Akt 15 μg、pT3-EF1α-YAPS127A 30 μg、SB100 2 μg 阅读提示:Materials and Methods中ICC mice model construction小节 |
| 抗体治疗实验 | 抗Csf1r 200 μg/次,抗Pd-1 150 μg/次,抗Trem2 200 μg/次,抗Timd4 200 μg/次,isotype 150 μg/次;每3天腹腔注射200 μl,共6次;Kras-P19模型第20天开始,Yap-Akt模型第8天开始 阅读提示:Materials and Methods中ICC mouse treatment and survival analysis小节及Fig. 9J |
| 共培养与Treg分化实验 | Trem2+或Trem2−巨噬细胞与naive Cd4+ T细胞共培养;有/无TGF-β(5 ng/ml)和IL-2(100 U/ml)条件;共培养2天或9天;流式检测Foxp3+ Treg比例 阅读提示:Materials and Methods中Coculture system小节及Fig. 8B和8C图注 |