患者样本EGFR表达验证
确认RMC肿瘤中EGFR蛋白表达水平及分布特征
对11例RMC患者肿瘤组织进行CLIA认证的EGFR免疫组化,采用H-score法定量膜性染色强度
Panitumumab-Based EGFR Blockade in SMARCB1-Deficient Renal Medullary Carcinoma: Preclinical Basis and Prospective Clinical Activity
包含CLIA-IHC、RNA-seq/ChIP-seq、细胞系、PDX/CDX动物模型及26例患者前瞻性注册研究,含功能与机制验证。
RMC细胞系UOK360、UOK353、RMC219、RMC2C1 ccRCC细胞系786-O(阴性对照) RMC32X患者来源异种移植瘤(PDX)模型 UOK360细胞系来源异种移植瘤(CDX)模型
RMC肿瘤及细胞系中EGFR表达的H-score与免疫印迹定量 帕尼单抗与厄洛替尼在PDX(RMC32X)及CDX(UOK360)中的体内比较 帕尼单抗处理后pAKT及pERK1/2抑制的免疫印迹分析 EGFR与LAMP1共定位的共聚焦Manders系数分析 26例RMC患者帕尼单抗为基础治疗的RECIST v1.1疗效评估
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认RMC肿瘤中EGFR蛋白表达水平及分布特征
对11例RMC患者肿瘤组织进行CLIA认证的EGFR免疫组化,采用H-score法定量膜性染色强度
探究RMC中EGFR高表达的转录及表观遗传调控机制
整合RNA-seq和ChIP-seq(H3K27ac、H3K4me3)分析未经治疗的原发RMC肿瘤与邻近正常肾脏,评估EGFR位点及配体基因的表达和染色质状态
确定RMC中高EGFR表达是否直接由SMARCB1缺失驱动
在多种SMARCB1缺陷细胞系中比较EGFR蛋白水平,并通过四环素诱导系统重新表达SMARCB1后检测EGFR水平变化
比较EGFR单抗帕尼单抗与EGFR TKI厄洛替尼在RMC及其他RCC模型中的抗肿瘤效果
在RMC32X(PDX)、FH-RCC1X(PDX)、UOK360(CDX)和786-O(CDX)异种移植瘤模型中,比较帕尼单抗、厄洛替尼与溶媒对照的肿瘤生长抑制作用
评估帕尼单抗对RMC肿瘤组织形态、EGFR表达、增殖和凋亡的影响
对帕尼单抗、厄洛替尼或溶媒处理后的肿瘤组织进行H&E、EGFR、Ki67、cleaved caspase-3和cleaved PARP染色及定量分析
明确帕尼单抗抑制EGFR信号的分子机制及对受体细胞内转运的影响
在UOK360和786-O细胞中,用帕尼单抗或厄洛替尼处理后,通过免疫印迹检测pAKT和pERK1/2水平,并通过共聚焦免疫荧光及Manders共定位分析评估EGFR与LAMP1的共定位
确定帕尼单抗是否通过NK细胞介导的抗体依赖性细胞毒性发挥抗肿瘤作用
将UOK360或786-O靶细胞与来自不同供体的脐带血来源人NK细胞以2:1比例共培养24小时,在帕尼单抗、厄洛替尼或溶媒存在下,通过PI染色和实时成像定量细胞死亡
评估帕尼单抗单药及与nab-paclitaxel和/或卡铂联合在RMC细胞中的生长抑制效果
在UOK360和UOK353细胞中进行帕尼单抗单药IC50测定及固定剂量联合实验,包括帕尼单抗、nab-paclitaxel和卡铂的单药、双药和三药组合
评估帕尼单抗与nab-paclitaxel联合在RMC CDX模型中的抗肿瘤效果及组织学变化
在UOK360 CDX小鼠模型中,比较帕尼单抗单药、nab-paclitaxel单药、两者联合与溶媒对照的肿瘤生长,并对治疗后肿瘤组织进行EGFR、Ki67、纤维化和cleaved caspase-3分析
在RMC患者中前瞻性评估帕尼单抗为基础治疗的疗效和安全性
在两大洲十个中心对26例RMC患者进行前瞻性注册研究,患者接受帕尼单抗为基础的治疗,包括三联(帕尼单抗+nab-paclitaxel+卡铂)、双联(帕尼单抗+nab-paclitaxel)或帕尼单抗单药,评估客观缓解率、PFS、OS及不良事件
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 抗EGFR小鼠单克隆抗体(克隆EGFR.113) | Leica Biosystems | NCL-L-EGFR |
| 纯化小鼠抗BAF47克隆25/BAF47 | BD Biosciences | -- | |
| MIB-1小鼠单克隆抗体 | Dako | -- | |
| cleaved caspase-3(CP229兔多克隆抗体) | BioCare | -- | |
| cleaved PARP(5625兔单克隆抗体) | Cell Signaling | -- | |
| 细胞培养 | DMEM高糖培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | 帕尼单抗(Vectibix) | Amgen | -- |
| 帕尼单抗 | MedChemExpress | HY-P99041 | |
| 卡铂 | Selleckchem | S1215 | |
| 白蛋白结合型紫杉醇 | Selleckchem | E1068 | |
| 二甲基亚砜 | MilliporeSigma | D2438 | |
| 厄洛替尼 | Sun Pharmaceuticals Industries | -- | |
| 白蛋白结合型紫杉醇 | Sandoz | -- | |
| 细胞活力检测 | CellTiter-Glo 2.0细胞活力检测试剂盒 | Promega | G9241 |
| 重组蛋白处理 | 重组人EGF蛋白 | Gibco | PHG0313 |
| 细胞周期分析 | 细胞周期分析试剂盒 | Abcam | ab287852 |
| 流式分析 | 细胞筛网 | Corning | 352235 |
| Beckman Coulter Gallios流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 免疫荧光 | 兔抗EGFR抗体 | Cell Signaling Technology | 4267 |
| 小鼠抗LAMP1抗体 | Cell Signaling Technology | 15665 | |
| Alexa Fluor偶联二抗 | Invitrogen | -- | |
| DAPI | ThermoFisher | -- | |
| ProLong Gold或Glass抗荧光淬灭封片剂 | ThermoFisher | -- | |
| Leica SP8激光扫描共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | ThermoFisher Scientific | PI89901 |
| Pierce蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | ThermoFisher Scientific | A32961 | |
| Pierce BCA蛋白检测试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 23227 | |
| PROTEAN TGX预制胶 | Bio-Rad | -- | |
| 兔单克隆抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| 兔单克隆抗磷酸化AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4058 | |
| 兔单克隆抗p44/42 MAPK(ERK1/2)抗体 | Cell Signaling Technology | 9102 | |
| 兔单克隆抗磷酸化p44/42 MAPK(ERK1/2)抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 兔单克隆抗PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 9542 | |
| 兔单克隆抗caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9662 | |
| 兔单克隆抗cleaved caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| 小鼠单克隆抗β-Actin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 | |
| HRP偶联二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| HRP偶联二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| Pierce ECL底物 | ThermoFisher Scientific | PI35050 | |
| Amersham ECL Prime | Cytiva | RPN2236 | |
| ADCC实验 | 碘化丙啶 | Thermo Fisher Scientific | P1304MP |
| IL-2(Proleukin) | Chiron | -- | |
| EVOS显微镜 | EVOS | -- | |
| 体内实验 | 基质胶 | BD Biosciences | -- |
| SMARCB1再表达 | pIND20-fSNF5-HA载体 | -- | -- |
| 多西环素 | -- | -- | |
| 大肠杆菌DH5α菌株 | Invitrogen | 18265017 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本EGFR免疫组化 | RMC患者数量(n=11)、抗体克隆号(EGFR.113)及稀释比(1:20)、阳性判定标准(膜性染色)、H-score计算公式 阅读提示:Methods中Tissue Immunohistochemistry小节及Figure 1A-B图注 |
| 异种移植瘤体内治疗实验 | 帕尼单抗剂量(3 mg/kg,腹腔注射,每周两次)、厄洛替尼剂量(25 mg/kg,口服灌胃,每天一次,5天给药/2天停药)、溶媒对照(生理盐水)、小鼠品系(NSG)、治疗起始肿瘤体积(100-200 mm³)、RMC32X治疗至第39天 阅读提示:Methods中In Vivo Therapeutic Studies小节及Figure 2图注 |
| 帕尼单抗联合nab-paclitaxel体内实验 | 帕尼单抗剂量(1.5 mg/kg,腹腔注射,每周两次)、nab-paclitaxel剂量(30 mg/kg,静脉注射,每周一次)、UOK360细胞接种量(5×10^6)、治疗起始肿瘤体积(60-100 mm³)、治疗持续时间(28天) 阅读提示:Methods中In Vivo Therapeutic Studies小节及Figure 6D图注 |
| ADCC实验 | NK细胞来源(脐带血,3个独立供体)、效靶比(2:1)、帕尼单抗/厄洛替尼浓度(100 nM)、共培养时间(24小时)、PI浓度(0.5 μM)、预处理时间(过夜或2小时) 阅读提示:Methods中Antibody Dependent Cellular Cytotoxicity小节及Figure 3E-F图注 |
| 前瞻性临床注册研究 | 患者数(n=26)、治疗方案(三联:帕尼单抗+nab-paclitaxel+卡铂,20例;双联:帕尼单抗+nab-paclitaxel,2例;单药:帕尼单抗,4例)、疗效评估标准(RECIST v1.1)、毒性评估标准(CTCAE v5)、中位随访时间(19.8个月) 阅读提示:Methods中Prospective Clinical Study Design and Participants小节及Table S5-S8 |