生信分析PD-L1表达谱
比较乳腺癌与正常组织、TNBC与非TNBC的PD-L1 mRNA和DNA拷贝数差异。
使用Oncomine平台分析TCGA乳腺数据集,比较不同亚型乳腺癌中CD274表达;使用UCSC Xena数据库分析PD-L1表达与巨噬细胞相关基因的相关性。
Obesity and metabolic syndrome related macrophage promotes PD-L1 expression in TNBC through IL6/JAK/STAT pathway and can be reversed by telmisartan.
包含生信分析、细胞系实验、原代巨噬细胞和动物模型(Wistar大鼠)等多个独立证据层级,并进行机制验证(siRNA干扰、信号通路检测)和药物干预验证。
MDA-MB-231三阴性乳腺癌细胞系 THP-1单核细胞系极化M1巨噬细胞 Wistar大鼠肥胖/MetS模型来源的腹膜巨噬细胞
巨噬细胞极化条件:PMA、LPS、IFN-γ、IL-6处理浓度及时间 共培养体系:MDA-MB-231与巨噬细胞共培养48小时 IL6/JAK/STAT通路验证:siRNA干扰JAK1、JAK2、STAT1、STAT3 替米沙坦处理浓度:10 μM,处理时间24小时 患者分组:正常体重、超重、肥胖,各20例,共60例(最终57例)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较乳腺癌与正常组织、TNBC与非TNBC的PD-L1 mRNA和DNA拷贝数差异。
使用Oncomine平台分析TCGA乳腺数据集,比较不同亚型乳腺癌中CD274表达;使用UCSC Xena数据库分析PD-L1表达与巨噬细胞相关基因的相关性。
分析TNBC患者中PD-L1表达与BMI及代谢并发症的关系。
收集60例TNBC患者(最终57例)的肿瘤标本,进行免疫组化染色和评分,并统计分析PD-L1表达与临床特征的相关性。
验证肥胖/MetS相关M1巨噬细胞能否促进乳腺癌细胞PD-L1表达,并检测替米沙坦的作用。
将MDA-MB-231、MCF-7、MCF-10A与不同来源巨噬细胞(THP-1极化的M0/M1、Wistar大鼠来源的NWM/ORM,及替米沙坦预处理组)共培养48小时,通过Western blot和qPCR检测PD-L1表达。
确定M1巨噬细胞分泌的IL6是否是促进PD-L1表达的关键因子。
通过ELISA检测巨噬细胞培养上清中IL6和TNF-α浓度;用重组IL6、TNF-α处理乳腺癌细胞;建立IL6敲低M1(shIL6)共培养体系并加入IL6抑制剂tocilizumab,检测PD-L1表达变化。
探究IL6促进PD-L1表达所依赖的具体信号通路。
Western blot检测共培养后MDA-MB-231中JAK1/2、STAT1/3及磷酸化水平;使用siRNA干扰JAK1、JAK2、STAT1、STAT3表达,观察PD-L1变化;同时利用STRING/CYTOSCAPE分析蛋白互作网络。
验证替米沙坦能否通过PPARG和NFKB p65调控M1巨噬细胞IL6分泌。
Western blot和ELISA检测M0/M1巨噬细胞中PPARG、p-NFKB p65表达及IL6分泌,并使用PPARG抑制剂T0070907和NFKB抑制剂JSH-23验证通路。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养和诱导分化 | 佛波醇-12-肉豆蔻酸酯-13-乙酸酯 | Solarbio | P6741 |
| 脂多糖 | Sigma | L4391 | |
| 干扰素-γ | Peprotech | 200–06 | |
| 白细胞介素-6 | Peprotech | 300–01A | |
| 药物处理 | 替米沙坦 | Sigma | T8949 |
| 托珠单抗 | Selleck Chemicals | A2012 | |
| T0070907 | Selleck Chemicals | S287104 | |
| JSH-23 | Selleck Chemicals | S735101 | |
| 免疫组化 | 抗PD-L1抗体 | Abcam | ab205921 |
| 生物素化兔二抗 | ZSGB-Bio | SP-9001 | |
| ELISA | 人IL6 ELISA试剂盒 | NeoBioscience | EHC007 |
| TNF-α ELISA试剂盒 | NeoBioscience | EHC103a | |
| qRT-PCR | Prime Script RT试剂 | Takara | RR036A |
| SYBR Green PCR试剂 | Takara | RR820A | |
| 病毒转染 | IL6 shRNA慢病毒载体 | GeneChem | -- |
| 嘌呤霉素 | Merck | -- | |
| RNA干扰 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与极化 | 细胞系来源、培养基条件(DMEM/L-15/RPMI-1640)、FBS浓度、PMA/LPS/IFN-γ/IL-6处理浓度和时间,以及M0/M1极化判定标准 阅读提示:Materials and methods - Cell lines and treatments |
| 共培养体系 | 共培养的细胞数量、共培养时间(48小时)、transwell孔径(0.4 μm) 阅读提示:Materials and methods - Coculture systems |
| 临床样本分析 | BMI分组标准、代谢并发症定义、PD-L1 IHC评分标准、病理医生盲评 阅读提示:Materials and methods - Patients and samples, Immunohistochemistry and scoring |
| 机制验证 | siRNA序列、转染浓度和时间、Western blot检测的蛋白及磷酸化抗体、STAT/JAK干扰效果 阅读提示:Materials and methods - RNA interference; Results - M1 macrophage-derived IL-6 promotes PD-L1 expression through JAK1/STAT1 pathway |
| 药物干预 | 替米沙坦处理浓度(10 μM)和时间(24小时)、T0070907和JSH-23的浓度及处理时间 阅读提示:Materials and methods - Cell lines and treatments; Results - Telmisartan reduces IL6 secretion by activating PPAR-γ and inhibiting NF-κB in M1 macrophage |